Informacije

1.7: Komandna linija BLAST - Biologija

1.7: Komandna linija BLAST - Biologija


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Dok su prethodna poglavlja pokrivala instaliranje i korištenje nekoliko alata za bioinformatiku kao primjere procesa, postoji jedan gotovo sveprisutan alat: BLAST ili osnovni alat za pretraživanje lokalnog poravnanja.[1]

Dato jedno ili više upit sekvence (obično u FASTA formatu), BLAST traži odgovarajuće regije sekvence između njih i a predmet set.

Dovoljno blisko podudaranje među podsekvencijama (označeno strelicama na gornjoj slici, iako su podudaranja obično duža nego što je ovdje prikazano) naziva se par s visokim bodovanjem (HSP), dok se za niz upita kaže da hit ciljni niz ako dijele jedan ili više HSP -ova. Ponekad se, međutim, izraz "pogodak" koristi labavo, bez razlike između njih dvoje. Svaki HSP pridružen je „bitscore“ -u koji se temelji na sličnosti podsljedova kako je određeno posebnim skupom pravila. Budući da će se u većim skupovima tema vjerojatno slučajno pronaći dobra podudaranja, svaki HSP je također povezan s „E vrijednost“, koji predstavlja očekivani broj podudaranja koje bi se moglo slučajno pronaći u skupu predmeta te veličine s tim rezultatom ili boljim. Na primjer, an E vrijednost 0,05 znači da možemo slučajno očekivati ​​podudaranje u 1 u 20 sličnih pretraživanja, dok je an E vrijednost 2,0 znači da možemo očekivati ​​2 slučajna podudaranja za svako slično pretraživanje.

BLAST nije samo jedan alat, već skup alata (a paket raste s godinama kako se dodaje više funkcija i srodnih alata). Najmoderniju verziju softvera, nazvanu BLAST+, održava Nacionalni centar za biotehnološke informacije (NCBI) i može se preuzeti u binarnom i izvornom obliku na ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe ... eksplozija+/NAJNOVIJE/.

Ovo poglavlje samo ukratko prikazuje pokretanje BLAST -a u komandnoj liniji na jednostavne načine. Čitanje informacija pomoći (npr. Sablastn --pomoć) i Korisnički priručnik za aplikacije komandne linije NCBI BLAST na www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/ se toplo preporučuje. NCBI priručnik pokriva dosta moćnih i praktičnih funkcija BLAST-a na komandnoj liniji koje ova knjiga nema.

BLAST Tipovi

Programi u paketu BLAST+ mogu pretraživati ​​i protiv sekvenci u proteinskom formatu (kao što smo radili za primjer HMMER -a) i u nukleotidnom formatu (A, C, T i G). Ovisno o vrsti skupova upita i tema, koriste se različiti BLAST programi.

Dok se dvije nukleotidne sekvence (N poređenja na gornjoj slici) mogu direktno uporediti (kao i dvije proteinske sekvence, predstavljene sa P), kada želimo uporediti nukleotidnu sekvencu sa proteinskom sekvencom, moramo uzeti u obzir koji okvir čitanja nukleotidna sekvenca odgovara proteinu. Theblastxitblastnprogrami to rade pretvaranjem nukleotidnih sekvenci u proteinske sekvence u svih šest okvira za čitanje (tri na prednjoj niti DNK i tri na poleđini) i upoređujući ih sa svima. Općenito, takvi programi rezultiraju sa šest puta više posla koji treba obaviti. ThetblastxProgram uspoređuje upite nukleotida s subjektima nukleotida, ali to čini u prostoru proteina sa svih šest konverzija u usporedbi sa svih šest s obje strane.

Ostali egzotičniji alati BLAST uključujupsiblast, koji proizvodi početnu pretragu i podešava pravila bodovanja na osnovu rezultata; ova prilagođena pravila bodovanja koriste se u drugom pretraživanju, općenito pronalazeći još više podudaranja. Ovaj proces se ponavlja onoliko puta koliko korisnik želi, s tim da će se u kasnijim iteracijama otkriti više različitih podudaranja. Thedeltablastprogram razmatra unapred izračunatu bazu podataka pravila bodovanja za različite tipove uobičajeno pronađenih (konzerviranih) sekvenci. Konačno,rpsblasttraži podudaranje sekvenci sa skupovima profila, od kojih svaki predstavlja zbirku sekvenci (kao u HMMER -u, iako nije zasnovano na skrivenim Markovljevim modelima).

Sva ova priča o pravilima bodovanja ukazuje na to da su specifična pravila bodovanja važna, posebno kada se porede dve proteinske sekvence. Na primjer, uspoređujući proteinske sekvence iz dvije slične vrste, možda bismo htjeli dati lošu ocjenu relativno malo vjerojatnom podudaranju nepolarnog valina (V) s polarnim tirozinom (Y). Ali za različite vrste razdvojene velikim evolucijskim vremenom, takvo neslaganje možda i nije tako loše u odnosu na druge mogućnosti. Matrice za bodovanje koje predstavljaju ove skupove pravila sa imenima kao što su BLOSUM i PAM razvijene su korišćenjem različitih metoda da bi se obuhvatila ova razmatranja. Rasprava o ovim detaljima može se pronaći u drugim publikacijama.

Svaki od različitih programa u BLAST paketu prihvata veliki broj opcija; probaj trčatiblastn -pomoćda ih vidim zablastnprogram. Ovdje je sažetak nekoliko parametara koji se najčešće koristeblastnet al .:

  • -upit
    • Ime (ili putanja) datoteke formatirane u FASTA-i za traženje kao sekvence upita.
  • -subjekt
    • Naziv (ili putanja) datoteke formatirane u FASTA-i za pretraživanje kao sekvence predmeta.
  • -evalue
    • Samo HSP -ovi sa E treba prijaviti vrijednosti manje od ove. Na primjer:-vrednost 0,001ili-vrednost 1e-6.
  • -outfmt
    • Kako formatirati izlaz. Zadano,0, pruža čovjeku čitljiv (ali ne i programski raščlanjen) tekstualni fajl. Vrednosti6i7proizvodi redove i stupce razdvojene tabulatorima u tekstualnoj datoteci, sa7pružanje reda za komentare s objašnjenjem. Slično, vrijednost od10proizvodi izlaz razdvojen zarezima;11proizvodi format koji se kasnije može brzo pretvoriti u bilo koji drugi pomoću drugog programa koji se zoveblast_formatter. Opcije6,7, i10mogu se visoko konfigurirati u smislu prikazanih stupaca.
  • -max_target_seqs
    • Kada je izlazni format6,7, ili10za svaku sekvencu upita najbolje prijavljujte samo HSP -ove<integer>različite sekvence predmeta.
  • -max_hsps
    • Za svaki par upit/cilj, prijavite samo najbolje<integer>HSP-ovi.
  • -out
    • Zapišite izlaz na<output file>za razliku od zadanog standardnog izlaza.

BLAST baze podataka

Bez sumnje su čitaoci upoznati sa BLAST-om bili znatiželjni: zar ne baze podataka neke vrste uključene u BLAST pretrage? Nije nužno. Kao što smo vidjeli, jednostavne FASTA datoteke će biti dovoljne i za upit i za skup predmeta. Ispostavilo se, međutim, da iz računske perspektive, jednostavne FASTA datoteke nije lako pretraživati. Tako BLAST+ pruža alat tzvmakeblastdbkoja pretvara predmetnu FASTA datoteku u indeksiranu i brzo pretraživu (ali ne i čitljivu) verziju istih podataka, pohranjenu u skupu datoteka sa istim imenom (često najmanje tri koje završavaju na.pin,.psq, i.phrza proteinske sekvence i.nin,.nsq, i.nhrza nukleotidne sekvence). Ovaj skup datoteka predstavlja „bazu podataka“, a ime baze podataka je zajednički prefiks naziva datoteke ovih datoteka.

Trčanjemakeblastdbna FASTA datoteci prilično je jednostavno:makeblastdb -in -out -dbtype -title -parse_seqids</code>, gdje<code><type></code>je jedan od<code>prot</code>ili<code>nucl</code>, i<code><title></code>je naslov čitljiv ljudima (po potrebi u navodnicima). The<code>-parse_seqids</code>zastavica označava da ID-ovi sekvenci iz FASTA datoteke trebaju biti uključeni u bazu podataka kako bi se mogli koristiti u izlazima kao i drugim alatima kao što su<code>blastdbcmd</code>(o čemu se govori u nastavku).</p><p>Nakon što se kreira BLAST baza podataka, mogu se koristiti i druge opcije<code>blastn</code>et al.:</p><ul><li><code>-db <naziv baze podataka></code><ul><li>Naziv baze podataka za pretraživanje (za razliku od upotrebe<code>-predmet</code>).</li></ul></li><li><code>-broj_voja <cijeli broj></code><ul><li>Upotreba<code><integer></code>CPU jezgre na višejezgrenom sistemu, ako su dostupne.</li></ul></li></ul><p>Kada koristite<code>-db</code>opciju, alati BLAST će tražiti datoteke baze podataka na tri lokacije: (1) sadašnji radni direktorij, (2) vaš kućni direktorij i (3) staze navedene u<code>$BLASTDB</code>varijabla okruženja.</p><p>Alat<code>blastdbcmd</code>mogu se koristiti za dobijanje informacija o BLAST bazama podataka - na primjer, sa<code>blastdbcmd -db <naziv baze podataka> -info</code>—I mogu prikazati baze podataka na zadanoj putanji sa<code>blastdbcmd -list <path></code>(pa,<code>blastdbcmd -list $ BLASTDB</code>će prikazati baze podataka koje se nalaze na zadanim stazama pretraživanja). Ovaj alat se također može koristiti za izdvajanje sekvenci ili informacija o njima iz baza podataka na osnovu informacija kao što su ID-ovi prijavljeni u izlaznim datotekama. Kao i uvijek, vrlo se preporučuje čitanje pomoći i dokumentacije za softver kao što je BLAST.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <h2>Pokretanje Self-BLAST-a</h2><p>Da bismo koristili ove različite alate i opcije, razmislimo o upotrebi<code>blastp</code>tražiti proteine ​​koji su slijedom slični drugim proteinima u egzomu kvasca. Prvo, trebat ćemo koristiti<code>wget</code>da preuzmete skup podataka o proteinima (nakon što ih pronađete na http://yeastgenome.org), a zatim<code>gzip -d</code>da ga dekompresuje, pozivajući ga <strong><code>orf_trans.fasta</code></strong>.</p><p><img src=""></p><p>Kako bismo pronašli sekvence koje su slične drugima, htjet ćemo<code>blastp</code>ovaj fajl protiv <em>samog sebe</em>. Dakle, počet ćemo stvaranjem baze podataka ovih nizova.</p><p><img src=""></p><p>Sada moramo odrediti koje ćemo opcije koristiti za<code>blastp</code>. Konkretno, želimo li ograničiti broj HSP -ova i ciljnih sekvenci prijavljenih za svaki upit? Budući da nas uglavnom zanima da odredimo koji proteini se podudaraju s drugima, vjerovatno trebamo zadržati samo jedan pogodak. No, najbolji pogodak svakog proteina vjerojatno će biti sam za sebe! Zato je bolje da zadržimo prva dva<code>-max_target_seqs 2</code>i samo najbolji HSP po pogotku<code>-max_hsps 1</code>. Koristit ćemo i an<code>-vrednost 1e-6</code>, najčešće korištena granica.<sup>[2]</sup></p><p>Za izlaz ćemo stvoriti izlaz odvojen tabulatorima sa linijama komentara (<code>-outfmt 7</code>), kreiranje kolona za ID sekvence upita, ID sekvence subjekta, HSP dužinu poravnanja, procentualni identitet poravnanja, dužinu sekvence subjekta, dužinu sekvence upita, početnu i završnu poziciju u upitu i predmetu i <em>E </em>vrijednost. (Šifrana imena—<code>qseqid</code>,<code>sseqid</code>,<code>dužine</code>itd. - može se pronaći pokretanjem<code>blastp -pomoć</code>.) Konačno, pozvaćemo izlaznu datoteku <strong><code>yeast_blastp_yeast_top2.txt</code></strong> i upotrijebite četiri procesora za ubrzanje izračuna (što će zaista pomoći samo ako mašina na koju smo prijavljeni ima barem toliko).</p><p><img src=""></p><p>To je duga komanda, svakako! Ova operacija traje nekoliko minuta da se završi, čak i sa<code>-broj_voja 4</code>specificirano. Kada se završi, možemo vidjeti sa<code>manje</code>da izlazna datoteka sadrži stupce koje smo naveli isprepletene linijama komentara koje pruža<code>-outfmt 7</code>.</p><p><img src=""></p><p>U izlaznom isječku iznad, YAL0005C ima HSP sa sobom (prirodno), ali i jedan sa YLL024C. Razmotrićemo osnovne analize koje sadrže ovu vrstu podataka - redove i kolone uskladištene u tekstualnim datotekama, isprekidane stranim linijama - u kasnijim poglavljima.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <h2>Vježbe</h2><ol><li>Ako već niste instalirali alate NCBI Blast+, instalirajte ih. Kada to učinite, provjerite sadržaj<code>$ BLASTDB</code>varijabla okruženja. Ako nije prazan, koristite<code>blastdbcmd</code>kako biste utvrdili imate li na raspolaganju bazu podataka „nr“ i sve informacije o njoj (kada je preuzeta, koliko sekvenci ima itd.)</li><li>Kreirajte novi folder u svom<code>projekti</code>folder pozvan<code>blast</code>. U ovom direktoriju preuzmite <strong><code>p450s.fasta</code></strong> file i kvasac exome <strong><code>orf_trans.fasta</code></strong> sa web stranice knjige. Kreirajte bazu podataka tzv<code>orf_trans</code>koristeći<code>makeblastdb</code>, i koristite<code>blastp</code>da pretražujete<code>p450s.fasta</code>dosije protiv toga. Prilikom pretraživanja koristite an <em>E</em>-krajna vrijednost<code>1e-6</code>, zadržite jednu od prvih ciljnih sekvenci i proizvedite izlaznu datoteku pod nazivom<code>p450s_blastp_yeast_top1.blast</code>u izlaznom formatu<code>11</code>.</li><li>Koristiti<code>blast_formatter</code>alat za pretvaranje izlaznog formata<code>11</code>gornju datoteku u izlazni format<code>6</code>pozvao<code>p450s_blastp_yeast_top1.txt</code>, sa kolonama za: (1) Upit Seq-id, (2) Subjekt Seq-id, (3) Dužina sekvence subjekta, (4) Postotak identičnih podudaranja, (5) <em>E</em> Vrijednost, (6) Pokrivenost upita po predmetu i (7) Naslov predmeta. (Možda ćete pronaći pregledavanje priručnika NCBI BLAST+ i rezultata<code>blast_formatter -help</code>da bude informativan.) Izlaz, kada se gleda sa<code>manje -S</code>, trebalo bi izgledati otprilike ovako:<img src="">Šta predstavljaju ove različite izlazne kolone?</li><li>Fajl <strong><code>yeast_selected_ids.txt</code></strong> sadrži kolonu od 25 identifikacijskih dokumenata koji su na neki način identificirani kao zanimljivi. Upotreba<code>blastdbcmd</code>da biste izvukli samo te zapise sekvenci iz<code>orf_trans</code>baza podataka kao FASTA fajl pod nazivom<code>yeast_selected_ids.fasta</code>. (Opet, pregledavanje BLAST+ priručnika i izlaza<code>blastdbcmd -pomoć</code>bit će korisno.)</li></ol><hr> <br> <h2>Trenutna verzija - 1.79 - 3. juna 2021</h2> <p>Sve podržane verzije Pythona uključuju alatku za upravljanje paketima Python pip, koja omogućava laku instalaciju iz komandne linije na svim platformama. Pokušajte:</p> <p>Za ažuriranje starije verzije Biopythona pokušajte:</p> <p>Ovo će ukloniti starije verzije Biopythona i NumPy -a prije nego što instalira najnovije verzije.</p> <p>Ako želite deinstalirati Biopython:</p> <p>Ako pip već nije instaliran, možda ćete morati ažurirati svoj Python, ali prvo pokušajte:</p> <p>Ako trebate instalirati pod određenom verzijom Pythona, pokušajte ovako:</p> <p>Uključeno <strong>Windows</strong>, prema zadanim postavkama python i pip nisu na PATH. Možete ponovo instalirati Python i označiti ovu opciju ili umjesto toga dati punu putanju. Pokušajte ovako nešto, ovisno o tome gdje je vaša kopija Pythona instalirana:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <h3>Ostali paketi</h3> <p>Iako općenito preporučujemo korištenje pip-a za instaliranje Biopython-a pomoću paketa kotača koje nudimo na PyPI (kao gore), postoje i Biopython paketi za Conda, Linux, itd.</p> <h3>Instalacija iz izvora</h3> <p>Za instalaciju s izvora potreban je odgovarajući C kompajler, na primjer GCC uključen <strong>Linux</strong>, i MSVC uključen <strong>Windows</strong>. Za <strong>Mac OS X</strong>, ili kako je sada brendirano, <strong>macOS</strong>, ako želite kompajlirati Biopython iz izvora, morate imati instalirane Appleove alate za naredbeni redak, što se može učiniti pomoću naredbe terminala:</p> <p>Ovo će ponuditi instaliranje Appleovog razvojnog paketa XCode - možete, ali nije potrebno i zauzima puno prostora na disku.</p> <p>Zatim možete preuzeti i raspakirati izdanje izvornog koda Biopythona ili preuzeti naš kod sa GitHub -a. Zatim pokrenite:</p> <p>Ako ste i dalje zaglavljeni, prijavite se na mailing listu Biopython i tamo zatražite pomoć.</p> <h3>Potreban softver</h3> <ul> ili PyPy, uključujući datoteke zaglavlja razvoja Python -a poput python.h <li>C kompajler (ako se kompajlira iz izvora) Potreban vam je C kompajler koji podržava setuptools, <strong>gcc</strong> će raditi dobro na platformama sličnim UNIX-u. Ovo nije potrebno na Windows-u ako koristite kompajlirane pakete. Na Mac OS -u trebate instalirati Appleove alate za kompajliranje kako je gore opisano. .</li></ul> <h3>Opcioni softver</h3> <p>Neki dijelovi Biopythona koriste sljedeće dodatne python biblioteke:</p> <ul> – koristi se za pdf grafički kod – koristi se za BioSQL sa PostgreSQL bazom podataka – koristi se za BioSQL sa MySQL bazom podataka – alternativna MySQL biblioteka koju koristi BioSQL </ul> <p>Osim toga, Biopython uključuje omotni kod za pozivanje brojnih alata treće strane za komandnu liniju uključujući:</p> <ul> – za alat komandne linije dnal <li>NCBI samostalni BLAST – alat komandne linije za pokretanje BLAST-a na vašoj lokalnoj mašini – alat komandne linije za pravljenje poravnanja sekvenci i FDist – alati komandne linije za genetiku populacije – puno korisnih alata komandne linije.</li></ul> <br> <h2>Tuples (nepromjenjive liste)</h2> <p>Kao što je gore navedeno, liste su promjenjive, što znači da se mogu mijenjati nakon kreiranja. U nekim posebnim slučajevima, korisno je kreirati nepromjenjivu verziju liste, koja se u Pythonu naziva "torka". Kao i liste, i tuple se mogu kreirati na dva načina: pomoću funkcije tuple () (koja vraća praznu tuple) ili direktno.</p> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_s650cotYUxtEJoNn7nwVU1.png"></p> <p>Kompleti funkcioniraju poput lista - na njima možemo pozvati len () i izvući elemente ili kriške s sintaksom []. Ne možemo mijenjati, uklanjati ili umetati elemente. [2] </p> <br> <h2>Sadržaj</h2> <p>FASTQ datoteka obično koristi četiri retka po nizu.</p> <ul> <li>Red 1 počinje znakom '@', a iza njega slijede identifikator sekvence i an <i>opcionalno</i> opis (kao naslovna linija FASTA).</li> <li>Red 2 je neobrađena slova sekvence.</li> <li>Red 3 počinje znakom '+' i jest <i>opciono</i> nakon čega slijedi isti identifikator sekvence (i bilo koji opis).</li> <li>Red 4 kodira vrijednosti kvalitete za niz u retku 2 i mora sadržavati isti broj simbola kao slova u nizu.</li></ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>FASTQ datoteka koja sadrži jednu sekvencu može izgledati ovako:</p> <p>Bajt koji predstavlja kvalitetu kreće se od 0x21 (najniži kvalitet '!' U ASCII) do 0x7e (najviši kvalitet '</p> <p>' u ASCII). Evo znakova vrijednosti kvalitete u rastućem slijedu s lijeva na desno (ASCII):</p> <p>Originalne datoteke Sanger FASTQ također su dozvoljavale premotavanje nizova i nizova kvalitete (podijeljenih u više redova), ali to se općenito ne preporučuje [<i> potreban citat </i>] jer može otežati raščlanjivanje zbog nesretnog izbora "@" i "+" kao markera (ti se znakovi mogu pojaviti i u nizu kvalitete).</p> <h3>Illumina identifikatori sekvence Uredi</h3> <p>Sekvence iz softvera Illumina koriste sistematski identifikator:</p> <p><table><tbody><tr><th>HWUSI-EAS100R</th> <td>jedinstveno ime instrumenta</td></tr><tr><th>6</th> <td>flowcell traka</td></tr><tr><th>73</th> <td>broj pločica unutar protočne ćelije</td></tr><tr><th>941</th> <td>'x'-koordinata klastera unutar pločice</td></tr><tr><th>1973</th> <td>'y'-koordinata klastera unutar pločice</td></tr><tr><th>#0</th> <td>indeksni broj za multipleksirani uzorak (0 bez indeksiranja)</td></tr><tr><th>/1</th> <td>član para, /1 ili /2 <i>(samo za čitanje u paru ili u paru za čitanje)</i></td></tr></tbody></table></p> <p>Čini se da se koriste verzije plinovoda Illumina od 1.4 <b>#NNNNNNN</b> umjesto <b>#0</b> za multipleks ID, gde <b>NNNNNN</b> je niz multipleks oznake.</p> <p>Sa Casavom 1.8 format linije '@' se promijenio:</p> <p><table><tbody><tr><th>EAS139</th> <td>jedinstveno ime instrumenta</td></tr><tr><th>136</th> <td>id pokretanja</td></tr><tr><th>FC706VJ</th> <td>id protočne ćelije</td></tr><tr><th>2</th> <td>flowcell traka</td></tr><tr><th>2104</th> <td>broj pločica unutar protočne ćelije</td></tr><tr><th>15343</th> <td>'x'-koordinata klastera unutar pločice</td></tr><tr><th>197393</th> <td>'y'-koordinata klastera unutar pločice</td></tr><tr><th>1</th> <td>član para, 1 ili 2 <i>(samo za čitanje uparenog kraja ili parnog para)</i></td></tr><tr><th>Y</th> <td>Y ako je čitanje filtrirano (nije prošlo), N inače</td></tr><tr><th>18</th> <td>0 kada nijedan kontrolni bit nije uključen, inače je to paran broj</td></tr><tr><th>ATCACG</th> <td>indeksni niz</td></tr></tbody></table></p> <p>Imajte na umu da novije verzije Illumina softvera umjesto broja indeksa ispisuju broj uzorka (preuzet sa lista primjera). Na primjer, sljedeće zaglavlje može se pojaviti u prvom uzorku serije:</p> <h3>NCBI sekvenca čitanja arhive Uređivanje</h3> <p>FASTQ datoteke iz arhive za čitanje sekvence INSDC često sadrže opis, npr.</p> <p>U ovom primjeru postoji identifikator dodijeljen od NCBI-a, a opis sadrži originalni identifikator iz Solexa/Illumine (kao što je gore opisano) plus dužinu čitanja. Sekvenciranje je izvedeno u uparenom načinu rada (</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>500bp veličina umetka), pogledajte SRR001666.Zadani izlazni format fastq-dumpa proizvodi čitave spotove, koji sadrže sva tehnička čitanja i tipično pojedinačna ili uparena biološka čitanja.</p> <p>Moderna upotreba FASTQ-a gotovo uvijek uključuje podjelu spota na njegove biološke podatke, kako je opisano u metapodacima koje je poslao podnosilac:</p> <p>Kada je prisutan u arhivi, fastq-dump može pokušati vratiti imena za čitanje u izvorni format. NCBI prema zadanim postavkama ne pohranjuje originalna imena za čitanje:</p> <p>U gornjem primjeru korištena su originalna imena za čitanje umjesto pristupnog imena za čitanje. NCBI pristupi izvode i čitanja koja sadrže. Originalna imena za čitanje, dodijeljena sekvencerom, mogu funkcionirati kao lokalno jedinstveni identifikatori čitanja i prenose točno onoliko informacija koliko i serijski broj. Gore navedeni ID -ovi su algoritamski dodijeljeni na osnovu informacija o izvođenju i geometrijskih koordinata. Rani SRA učitavači su analizirali ove ID-ove i interno pohranili njihove dekomponirane komponente. NCBI je prestao da bilježi pročitana imena jer se često mijenjaju u odnosu na originalni format dobavljača kako bi povezali neke dodatne informacije značajne za određeni procesni proces, što je uzrokovalo kršenje formata imena što je rezultiralo velikim brojem odbijenih podnesaka. Bez jasne sheme za imena za čitanje, njihova funkcija ostaje jedinstvenog ID -a za čitanje, koji prenosi istu količinu informacija kao i pročitani serijski broj. Pogledajte razna pitanja SRA Toolkita za detalje i diskusije.</p> <p>Takođe imajte na umu da fastq-dump konvertuje ove FASTQ podatke iz originalnog Solexa/Illumina kodiranja u Sanger standard (pogledajte kodiranja ispod). To je zato što SRA služi kao spremište za NGS informacije, a ne format. Različiti *-dump alati mogu proizvesti podatke u nekoliko formata iz istog izvora. Zahtjeve za to diktirali su korisnici nekoliko godina, a većina ranih zahtjeva dolazi od projekta 1000 genoma.</p> <h3>Kvalitetno uređivanje</h3> <p>Vrijednost kvaliteta <i>P</i> je cjelobrojno preslikavanje <i>str</i> (tj. vjerovatnoća da je odgovarajući osnovni poziv netačan). U upotrebi su dvije različite jednadžbe. Prva je standardna Sanger varijanta za procjenu pouzdanosti osnovnog poziva, inače poznata kao Phred ocjena kvalitete:</p> <p>Solexa cevovod (tj. softver isporučen sa Illumina Genome Analyzer) je ranije koristio drugačije mapiranje, kodirajući šanse <i>str</i>/(1-<i>str</i>) umjesto vjerovatnoće <i>str</i>:</p> <p>Iako su oba preslikavanja asimptotski identična pri višim vrijednostima kvalitete, razlikuju se pri nižim razinama kvalitete (tj. Otprilike <i>str</i> & gt 0,05, ili ekvivalentno, <i>Q</i> & lt 13).</p> <p>Povremeno je bilo neslaganja oko toga koje mapiranje Illumina zapravo koristi. U korisničkom priručniku (Dodatak B, stranica 122) za verziju 1.4 plinovoda Illumina navodi se: "Rezultati su definirani kao Q = 10*log10 (p/(1-p)) [<i>sic</i>], gdje je p vjerovatnoća osnovnog poziva koji odgovara dotičnoj bazi ". [2] U retrospektivi, čini se da je ovaj unos u priručniku bio greška. Korisnički vodič (Šta je novo, stranica 5) za verziju 1.5 Illumina pipeline-a umjesto toga navodi ovaj opis: "Važne promjene u cjevovodu v1.3 [<i>sic</i>]. Shema bodovanja kvaliteta promijenjena je u Phred [tj. Sanger] shemu bodovanja, kodiranu kao ASCII znak dodavanjem 64 Phred vrijednosti. Phred rezultat baze je: Q phred = - 10 log 10 ⁡ e < displaystyle Q _ < text<phred>>=-10log _< ext<10>>e> , gdje <i>e</i> je procijenjena vjerovatnoća da je baza pogrešna. [3] <p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <h3>Encoding Edit</h3> <ul> <li>Sanger format može kodirati Phred ocjenu kvalitete od 0 do 93 koristeći ASCII 33 do 126 (iako u neobrađenim podacima Phred ocjena kvalitete rijetko prelazi 60, veće ocjene su moguće u sklopovima ili čitati mape). Koristi se i u SAM formatu. [4] Do kraja februara 2011. Illuminina najnovija verzija (1.8) njihovog cevovoda CASAVA direktno će proizvoditi fastq u Sanger formatu, prema najavi na forumu seqanswers.com. [5]</li> <li>PacBio HiFi čitanja, koja su obično pohranjena u SAM/BAM formatu, koriste Sangerovu konvenciju: Phred ocjene kvalitete od 0 do 93 kodirane su pomoću ASCII 33 do 126. Sirove PacBio podčitaje koriste istu konvenciju, ali obično dodjeljuju osnovnu kvalitetu čuvara mjesta (Q0 ) na sve baze u čitanju. [6]</li> <li>Solexa/Illumina 1.0 format može kodirati Solexa/Illumina ocjenu kvalitete od -5 do 62 koristeći ASCII 59 do 126 (iako se u sirovim podacima Solexa očekuju samo rezultati od -5 do 40)</li> <li>Počevši od Illumine 1.3 i prije Illumine 1.8, format je kodirao Phred ocjenu kvalitete od 0 do 62 koristeći ASCII 64 do 126 (iako se u neobrađenim podacima za čitanje očekuju samo Phred ocjene od 0 do 40).</li> <li>Počevši od Illumine 1.5 i prije Illumine 1.8, Phred bodovi 0 do 2 imaju malo drugačije značenje. Vrijednosti 0 i 1 se više ne koriste, a vrijednost 2, kodirana ASCII 66 "B", koristi se i na kraju čitanja kao <i>Pročitajte Pokazatelj kontrole kvalitete segmenta</i>. [7] Illumina priručnik [8] (stranica 30) navodi sljedeće: <i>Ako se čitanje završi segmentom uglavnom niskog kvaliteta (Q15 ili niže), tada se sve vrijednosti kvaliteta u segmentu zamjenjuju vrijednošću 2 (kodirano kao slovo B u Illumininom tekstualnom kodiranju ocjena kvaliteta). Ovaj Q2 indikator ne predviđa specifičnu stopu greške, već ukazuje na to da određeni završni dio očitanja ne treba koristiti u daljim analizama.</i> Također, ocjena kvalitete kodirana kao slovo "B" može se interno pojaviti unutar očitavanja barem do kraja verzije 1.6, kako je prikazano u sljedećem primjeru:</li></ul> <p>Predloženo je alternativno tumačenje ovog ASCII kodiranja. [9] Takođe, u Illumininim radnjama koristeći PhiX kontrole, uočeno je da znak 'B' predstavlja "nepoznati rezultat kvaliteta". Stopa grešaka čitanja 'B' bila je otprilike 3 phred ocjena niža od prosječne uočene ocjene datog trčanja.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <ul> <li>Počevši od Illumine 1.8, ocjene kvaliteta su se u osnovi vratile na upotrebu Sanger formata (Phred+33).</li></ul> <p>Za neobrađeno čitanje, raspon rezultata ovisit će o tehnologiji i korištenom osnovnom pozivaocu, ali će obično biti do 41 za noviju Illumina hemiju. Budući da je maksimalna promatrana ocjena kvalitete ranije bila samo 40, razne skripte i alati se lome kad naiđu na podatke s vrijednostima kvalitete većim od 40. Za obrađena čitanja, ocjene mogu biti i veće. Na primjer, vrijednosti kvaliteta od 45 primjećuju se pri očitavanjima iz Illuminine službe za dugo čitanje sekvenciranja (ranije Moleculo).</p> <h3>Prostor boja Uredi</h3> <p>Za SOLiD podatke, niz je u prostoru boja, osim prve pozicije. Vrijednosti kvaliteta su one u Sanger formatu. Alati za poravnavanje razlikuju se u željenoj verziji vrijednosti kvalitete: neki uključuju ocjenu kvalitete (postavljenu na 0, tj. '!') Za vodeći nukleotid, drugi ne. Arhiva pročitanog niza uključuje ovu ocjenu kvaliteta.</p> <h3>Simulation Edit</h3> <p>FASTQ simulaciji čitanja pristupilo se s nekoliko alata. [10] [11] Poređenje ovih alata može se vidjeti ovdje. [12] </p> <h3>Uređivanje kompresije</h3> <h4>Opšti kompresori Uredi</h4> <p>Alati opšte namjene kao što su Gzip i bzip2 smatraju FASTQ običan tekstualni fajl i rezultiraju neoptimalnim omjerima kompresije. NCBI-jev Sequence Read Archive kodira metapodatke koristeći LZ-77 šemu. Generalni FASTQ kompresori obično komprimiraju različita polja (čitana imena, sekvence, komentare i ocjene kvaliteta) u FASTQ datoteci odvojeno, a to su Genozip, [13] DSRC i DSRC2, FQC, LFQC, Fqzcomp i Slimfastq.</p> <h4>Čita Edit</h4> <p>Imati referentni genom u blizini je zgodno jer tada umjesto pohranjivanja samih nukleotidnih sekvenci, može se jednostavno poravnati čitanja sa referentnim genomom i pohraniti pozicije (pokazivače) i nepodudarnosti pokazivača se zatim mogu sortirati prema njihovom redoslijedu u referentnom nizu i kodirano, npr. kodiranjem dužine izvođenja. Kada je pokrivenost ili sadržaj ponavljanja sekvenciranog genoma visok, to dovodi do visokog omjera kompresije. Za razliku od SAM/BAM formata, FASTQ datoteke ne navode referentni genom. <b>FASTQ kompresori zasnovani na poravnanju</b> podržava korištenje bilo korisničkih ili <i>de novo</i> sastavljena referenca: LW-FQZip koristi dostavljeni referentni genom i Quip, Leon, k-Path i KIC izvode <i><b>de novo</b></i> sastavljanje koristeći pristup zasnovan na de Bruijn grafu. Genozip [13] može opcionalno koristiti referencu ako je korisnik navede, što može biti referentna datoteka s jednom ili više vrsta.</p> <p>Eksplicitno mapiranje čitanja i <i>de novo</i> montaža je obično spora. <b>FASTQ kompresori zasnovani na naručivanju</b> prvo čitanje klastera koje dijeli dugačke podnizove, a zatim neovisno komprimira čitanja u svakom klasteru nakon što ih preuredi ili sastavi u duže kontige, postižući možda najbolji kompromis između vremena izvođenja i stope kompresije. SCALCE je prvi takav alat, a slijede ga Orcom i Mince. BEETL koristi generaliziranu Burrows-Wheeler transformaciju za promjenu redoslijeda čitanja, a HARC postiže bolje performanse s preuređivanjem zasnovanim na hash-u. AssemblTrie umjesto toga sastavlja čitanja u referentna stabla sa što manjim ukupnim brojem simbola u referenci. [14] [15] </p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Mjerila za ove alate su dostupna u. [16] </p> <h4>Vrijednosti kvalitete Edit</h4> <p>Vrijednosti kvaliteta čine oko polovinu potrebnog prostora na disku u FASTQ formatu (prije kompresije), pa stoga kompresija vrijednosti kvaliteta može značajno smanjiti zahtjeve za skladištenjem i ubrzati analizu i prijenos podataka sekvenciranja. U literaturi se nedavno razmatraju i kompresija bez gubitaka i sa gubicima. Na primjer, algoritam QualComp [17] izvodi kompresiju s gubicima sa brzinom (broj bitova po vrijednosti kvaliteta) koju je odredio korisnik. Na osnovu rezultata teorije izobličenja brzine, dodeljuje broj bitova tako da minimizira MSE (srednja kvadratna greška) između originalne (nekomprimovane) i rekonstruisane (nakon kompresije) vrednosti kvaliteta. Ostali algoritmi za kompresiju vrijednosti kvaliteta uključuju SCALCE [18] i Fastqz. [19] Oba su algoritmi kompresije bez gubitaka koji pružaju opcijski kontrolirani pristup transformaciji s gubicima. Na primjer, SCALCE smanjuje veličinu abecede na osnovu zapažanja da su "susjedne" vrijednosti kvalitete općenito slične. Za referentnu vrijednost, vidi. [20] </p> <p>Od HiSeq 2500 Illumina daje mogućnost ispisa kvaliteta grubo zrnatih u kvalitetne kante. Binned rezultati se računaju direktno iz empirijske tabele ocjena kvaliteta, koja je sama vezana za hardver, softver i hemiju koji su korišteni tokom eksperimenta sekvenciranja. [21] </p> <p>Genozip [13] koristi svoj DomQual algoritam za komprimiranje biniranih rezultata kvaliteta, poput onih koje generira Illumina ili Genozipov vlastiti <i>--optimizuj</i> opciju koja generira kante slične Illumini.</p> <h3>Enkripcija Uredi</h3> <p>Genozip [13] šifrira FASTQ datoteke (kao i druge genomske formate), primjenom standardne AES enkripcije na svom najsigurnijem nivou od 256 bita (<i>--lozinka</i> opcija).</p> <p>Cryfa [22] koristi AES enkripciju i omogućava kompaktiranje podataka osim enkripcije. Također se može obratiti FASTA datotekama.</p> <p>Ne postoji standardna ekstenzija datoteke za FASTQ datoteku, ali se obično koriste .fq i .fastq.</p> <br> <h2>1.7: Komandna linija BLAST - Biologija</h2> <p>DGINN: Otkrivanje cjevovoda genetskih INNovations</p> <p>DGINN je cijev posvećen otkrivanju genetskih inovacija, počevši od nukleotidne sekvence.</p> <p>Automatizira sve potrebne preliminarne korake za evolucijske analize, uključujući pronalaženje homologa, dodjeljivanje ortološkim skupinama, usklađivanje kodona i rekonstrukciju filogenije gena.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Automatizira sve potrebne preliminarne korake za evolucijske analize, uključujući pronalaženje homologa, dodjeljivanje ortološkim skupinama, usklađivanje kodona i rekonstrukciju filogenije gena. Nakon dobijanja alignemenata i odgovarajućih filogenija, otkrivene su tri velike genetske inovacije: događaji duplikacije, rekombinacijski događaji i potpisi pozitivne selekcije.</p> <p>DGINN je potvrđen na devetnaest gena primata sa poznatom evolucionom istorijom, a rezultati se mogu konsultovati na BioRxiv (doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.25.964155). Rezultati provjere valjanosti su dostupni u odgovarajućem spremištu. Verzija DGINN-a korištena u radu odnosi se na urezivanje 5db0253 i može se preuzeti putem:</p> <p>Docker je dostupan i za papirnu i za trenutnu verziju DGINN -a.</p> <p>Sva pitanja ili prijedlozi o programu mogu se uputiti na lea.picard [at] ens-lyon.fr, laurent.gueguen [at] univ-lyon1.fr ili lucie.etienne [at] ens-lyon.fr.</p> <p>1/ Potrebne zavisnosti i softver</p> <ul> <li>Softver i verzije: EMBOSS:6.6, PhyML 3.0, PRANK v.170427, Treerecs v1.0, HYPHY 2.3, Bio++ v.2</li> <li>Python (& gt3.5) i paketi: Biopython, ete3, zbirke, evidentiranje, shlex, os, numpy, scipy, zahtjevi, pande, statistika, vrijeme, re, argparse</li></ul> <p>Docker slika je dostupna kako bi se omogućio način korištenja DGINN-a bez potrebe za instalacijom bilo kojeg softvera osim Dockera.</p> <p>Da preuzmete određenu verziju docker-a:</p> <p>Naredba bi se trebala izvoditi kakva jest i trebala bi raditi i na Mac i na Linux sistemima, pod uvjetom da korisnik pripada grupi 'docker' (molimo pogledajte Docker dokumentaciju za pomoć oko postavljanja korisnika kao dijela ove grupe na Linuxu.)</p> <p>Svi ostali argumenti se prosljeđuju točno kao da se DGINN izvodi kroz naredbenu liniju direktno iz skripte (kao što je -p parameters.txt / pogledajte sljedeći odjeljak). Međutim, jedna je glavna razlika u tome što bi se sve datoteke trebale pozivati ​​na svoje ime u datoteci parametara i nalaziti se u radnom direktoriju, dok se na njih može uputiti putem i nalaziti se u drugom direktoriju pri izvođenju verzije skripte.</p> <p>DGINN koristi datoteku parametara da prenese sve potrebne argumente za pokretanje cjevovoda. U direktoriju primjera nalaze se dva primjera fajla:</p> <ol> <li>jedan izvodi korake 1-7 (vidi Pregled) od CDS-a gena od interesa do detekcije rekombinacije (parameters.txt)</li> <li>jedan korak 8 za otkrivanje pozitivne selekcije (parameters_possel.txt)</li></ol> <p>Ovo je preporučena upotreba za DGINN, tako da se analize za pozitivnu selekciju mogu paralelizirati preko svih poravnanja umjesto da se rade uzastopno.</p> <p>Imajte na umu da je naziv sekvence fasta <strong>i</strong> queryName mora pratiti format speSpe_GENE_Id (npr. homSap_MX1_CCDS13673, macMul_APOBEC3G_NM_001198693).</p> <table> <thead> <tr><th>Korak</th> <th>Neophodni fajl(ovi)</th> <th>Format</th></tr> <tbody> <tr><td>blast</td> <td>CDS gena od interesa</td> <td>Fasta</td></tr> <tr><td>pristupanja</td> <td>Lista rezultata eksplozije</td> <td>NCBI tabelarni format (tsv)</td></tr> <tr><td>fasta</td> <td>Spisak pristupnih identifikatora (jedan/red)</td> <td>Poruka</td></tr> <tr><td>orf</td> <td>mRNA sekvence ortologa</td> <td>Fasta</td></tr> <tr><td>poravnanje</td> <td>CDS sekvence ortologa</td> <td>Fasta</td></tr> <tr><td>drvo</td> <td>(kodon) poravnanje ortologa</td> <td>Fasta</td></tr> <tr><td>dupliranje</td> <td>(kodon) poravnanje, stablo gena</td> <td>Fasta, newick</td></tr> <tr><td>rekombinacija</td> <td>(kodon) poravnanje</td> <td>Fasta</td></tr> <tr><td>positiveSelection</td> <td>poravnanje kodona, stablo gena</td> <td>Fasta, genetsko stablo</td></tr></tbody> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> </thead></table> <p>Redoslijed dosjea mora se poštivati ​​i slijediti redoslijed naveden u ovoj tablici.</p> <p>Iako usklađivanje kodona nije tehnički potrebno za korake phyml, duplikacije i rekombinacije, ono je za pozitivan izbor. Dakle, počevši od koraka uzvodno od pozitivnog odabira s nekodonskim poravnanjima vjerovatno će dovesti do neuspjeha u koraku pozitivnog odabira.</p> <p>DGINN uključuje različite softvere za provjeru pozitivne selekcije:</p> <ul> <li>BUSTED (Murrel et al., Molekularna biologija i evolucija, 2015.) iz Hyphyja</li> <li>MEME (Murrel et al., PLoS Genetics, 2012) iz Hyphy</li> <li>PAML kodml (Yang, Molecular Biology and Evolution, 2007) za modele stranica M0, M1, M2, M7 i M8</li> <li>BIO++ (Guéguen et al., Molecular Biology and Evolution, 2013) za modele lokacije M0, M1, M2, M7 i M8</li> <li>BIO ++ za model jedne po grani (OPB) (sličan modelu PAML codeml FreeRatio) za testiranje pozitivne selekcije na granama</li></ul> <p>Prve tri metode se automatski parametrizuju u DGINN-u.</p> <p>Za BIO++, datoteke parametara mogu biti automatski generirane od strane DGINN-a, ali korisnik također može dati svoje vlastite datoteke parametara ako želi dodatno podesiti parametre. Opcija OPB se također može koristiti za različite analize pomoću Bio ++ jer njeni rezultati ne utječu na bilo koji sljedeći korak. Primjeri datoteka parametara za bppml i bppmixedlikelihoods (za modele web lokacija) dati su u primjerima/, kao i datoteka parametara za pokretanje modela jedan po grani.</p> <p>Korisnici koji žele da izvrše najbržu moguću provjeru gena koji ih zanimaju se ohrabruju da pokreću samo BIO++ modele lokacija, jer naši rezultati validacije ukazuju na to da oni pružaju najbolji kompromis solidnih rezultata i kraćeg vremena rada.</p> <p>U mapi Primjeri nalaze se dvije datoteke parametara.</p> <p>Napomena: ove datoteke treba ažurirati apsolutnim putanjama do navedenih datoteka umjesto samo njihovim imenom kada se koristi DGINN kroz komandnu liniju, a ne kroz docker.</p> <p>python3 DGINN.py -p parameters.txt</p> <p>Pokrenut će DGINN korake 1-7 na ex_CCDS.fasta:</p> <ul> <li>pronalaženje homologa vrsta primata u NCBI <em>nr</em> baza podataka</li> <li>otkrivanje dupliciranja i dodjeljivanje ortoloških grupa od najmanje 8 vrsta na osnovu ex_spTree.tree</li> <li>otkrivanje događaja rekombinacije</li></ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>python3 DGINN.py -p parametri_possel.txt</p> <p>Pokrenut će DGINN korak 8 na ex_aln.fasta i ex_genetree.tree od:</p> <ul> <li>tražeći pozitivnu selekciju na genu koristeći BUSTED</li> <li>traženje lokacija pod epizodičnom pozitivnom selekcijom koristeći MEME</li> <li>tražim mjesta pod pozitivnom selekcijom koristeći modele M0-NS, M1-NS, M2-NS, M7-NS i M8-NS iz BIO ++</li> <li>traženje lokacija pod pozitivnom selekcijom koristeći modele M0, M1, M2, M7 i M8 iz PAML codeml-a</li> <li>tražim grane pod pozitivnom selekcijom pomoću BIO ++</li></ul> <p>DGINN je potvrđen na devetnaest gena primata sa poznatom evolucijskom istorijom, a rezultati se mogu konsultovati na BioRxiv (doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.25.964155). Rezultati provjere valjanosti su dostupni u odgovarajućem spremištu.</p> <p>U fasciklu etc uključena je skripta pod nazivom CCDSquery.py. Ova skripta omogućava korisniku da preuzme CCDS sekvence ljudskih gena, pružajući pravilno formatiranu datoteku dobijenu putem HGNC -a. Ova datoteka bi trebala sadržavati barem stupac pod nazivom "Odobreni simbol" i drugi naslov "Pristup CCDS -u".</p> <p>Druga skripta pod nazivom parseResults.py se takođe može naći u folderu etc.</p> <p>Ulazna datoteka se sastoji od dvije kolone razdvojene tabulatorima: prva označava punu putanju do direktorija koji sadrže pozitivne rezultate odabira (direktorij koji sadrži poddirektorije zauzete, bpp_site, paml_site itd.), Druga puna putanja do poravnanja na kojima su te analize izvršene.</p> <p>Primjer: /PATH/TO/GENENAME_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank_results_TIMESTAMP1/positive_selection_results_TIMESTAMP2 /PATH/TO/GENENAME_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_fa</p> <p>Skripta će ispisati 3 različita fajla:</p> <ol> <li>sažetak rezultata (jedan gen po retku)</li> <li>postoci pokrivenosti na svakoj poziciji svakog poravnanja (Napomena: savjetuje se da ne mijenjate ovu datoteku u bilo kojem svojstvu kako biste osigurali pravilnu vizualizaciju rezultata)</li> <li>vjerovatnoće izračunate pomoću Bio ++ (Bpp) i PAML codeml za svaki gen.</li></ol> <p>Različite izlazne datoteke dobijene ovom skriptom mogu se koristiti za generiranje figura sličnih onima izloženim u DGINN papiru putem aplikacije Shiny, čija se dokumentacija može naći u odgovarajućem spremištu.</p> <br> <h2>1.7: Komandna linija BLAST - Biologija</h2> <p>Kontakti za Github spremište BRAKER-a na https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER:</p> <p>Katharina J. Hoff, Univerzitet u Greifswaldu, Njemačka, katharina.hoff@uni-greifswald.de, +49 3834 420 4624</p> <p>Katharina J. Hoff a, b, Simone Lange a, Alexandre Lomsadze c, Tomas Bruna c, Mark Borodovsky c, d, e, Mario Stanke a, b </p> <p><b>[a]</b> Univerzitet u Greifswaldu, Institut za matematiku i računarstvo, Walther-Rathenau-Str. 47, 17489 Greifswald, Njemačka</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p><b>[b]</b> Univerzitet u Greifswaldu, Centar za funkcionalnu genomiku mikroba, Felix-Hausdorff-Str. 8, 17489 Greifswald, Njemačka</p> <p><b>[c]</b> Joint Georgia Tech and Emory University Wallace H Coulter Department of Biomedical Engineering, 30332 Atlanta, USA</p> <p><b>[d]</b> Škola računskih nauka i inženjeringa, 30332 Atlanta, SAD</p> <p><b>[e]</b> Moskovski institut za fiziku i tehnologiju, Moskovska oblast 141701, Dolgoprudni, Rusija</p> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_p9B4QkVtrL6RD.png"><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_onvb0cQGt9Hw8ZpI3oh3.png"><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_LmihFkBpvqn247nDc.png"></p> <p>Slika 1: Trenutni autori BRAKER -a, slijeva nadesno: Mario Stanke, Alexandre Lomsadze, Katharina J. Hoff, Tomas Bruna i Mark Borodovsky.</p> <p>Razvoj BRAKER -a podržali su Nacionalni instituti za zdravlje (NIH) [GM128145 do M.B. i M.S.].</p> <p>Selektor transkripta za KOČNIK (TSEBRA) dostupan je na https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA.</p> <p>Brzo rastući broj sekvenciranih genoma zahtijeva potpuno automatizirane metode za precizno bilježenje strukture gena. S tim ciljem na umu, razvili smo BRAKER1 R1 R0, kombinaciju GeneMark-ET R2 i AUGUSTUS R3, R4, koji koristi podatke genoma i RNA-Seq za automatsko generiranje oznaka potpune strukture gena u novom genomu.</p> <p>Međutim, kvalitet RNA-Seq podataka koji su dostupni za označavanje novog genoma je promjenjiv, au nekim slučajevima podaci o RNA-Seq-u uopće nisu dostupni.</p> <p>BRAKER2 je proširenje BRAKER1 koje omogućuje <strong>potpuno automatizovana obuka</strong> alata za predviđanje gena GeneMark-EX R14, R15, R17, F1 i AUGUSTUS iz informacija o homologiji RNA-Seq i/ili proteina, i koji integrira vanjske dokaze iz informacija o RNA-Seq i homologije proteina u <strong>predviđanje</strong>.</p> <p>Za razliku od drugih dostupnih metoda koje se oslanjaju na informacije o homologiji proteina, BRAKER2 postiže visoku tačnost predviđanja gena čak i u odsustvu napomena vrlo blisko povezanih vrsta i u odsustvu RNA-Seq podataka.</p> <p>U ovom korisničkom vodiču, BRAKER1 i BRAKER2 ćemo pozvati jednostavno kao <strong>BRAKER</strong> jer ih izvršava ista skripta ( braker.pl ).</p> <p>Ključevi uspešnog predviđanja gena</p> <p>Koristite visokokvalitetni sklop genoma. Ako u svom sklopu genoma imate ogroman broj vrlo kratkih skela, te kratke skele će vjerovatno dramatično povećati vrijeme izvođenja, ali neće povećati tačnost predviđanja.</p> <p>Koristite jednostavna imena skela u datoteci genoma (npr. & Gtcontig1 će raditi bolje od & gtcontig1my prilagođene vrste, neke navodne funkcije/više/informacija/i puno posebnih znakova %& amp!*() <>). Učinite nazive skela u svim vašim fasta datotekama jednostavnim prije pokretanja bilo kojeg programa za poravnanje.</p> <p>Kako bi se geni točno predvidjeli u novom genomu, genom bi trebao biti maskiran za ponavljanja. Ovo će izbjeći predviđanje lažno pozitivnih genskih struktura u regijama koje se ponavljaju i niske složenosti. Ponavljanje maskiranja je također bitno za mapiranje RNA-Seq podataka u genom pomoću nekih alata (drugi RNA-Seq maperi, kao što je HISAT2, zanemaruju informacije o maskiranju). U slučaju GeneMark-EX i AUGUSTUS-a, meko označavanje (tj. Stavljanje ponavljajućih regija na mala slova, a sve ostale regije na velika slova) dovodi do boljih rezultata od hardmaskinga (tj. Zamjena slova u regijama koje se ponavljaju slovom N za nepoznati nukleotid). Ako je genom maskiran, upotrijebite --softmasking zastavu braker.pl.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Mnogi genomi imaju genske strukture koje će se točno predvidjeti standardnim parametrima GeneMark-EX i AUGUSTUS unutar BRAKER-a. Međutim, neki genomi imaju karakteristike specifične za kladu, tj. Poseban model tačke grananja u gljivama, ili nestandardne obrasce mjesta spajanja. Molimo pročitajte odjeljak o opcijama [opcije] kako biste utvrdili može li bilo koja od prilagođenih opcija poboljšati tačnost predviđanja gena u genomu vaše ciljne vrste.</p> <p>Uvijek provjerite rezultate predviđanja gena prije daljnje upotrebe! Možete npr. koristiti pretraživač genoma za vizualnu inspekciju modela gena u kontekstu s vanjskim dokazima. BRAKER podržava generiranje čvorišta podataka o stazi za UCSC Genome Browser sa MakeHub-om za ovu svrhu.</p> <p>Pregled načina rada BRAKER</p> <p>BRAKER uglavnom sadrži polunekontrolirane, vanjske podatke o dokazima (RNA-Seq i/ili proteine ​​spojene informacije o poravnanju) podržane obukom GeneMark-EX [F1] i kasnijom obukom AUGUSTUS-a s integracijom vanjskih dokaza u posljednjem koraku predviđanja gena. Međutim, sada postoji niz dodatnih cjevovoda uključenih u BRAKER. U nastavku dajemo pregled mogućih ulaznih datoteka i cjevovoda:</p> <ul> <li>Samo datoteka genoma. U ovom načinu rada, GeneMark-ES se trenira samo na sekvenci genoma. Dugi geni predviđeni GeneMark-ES odabrani su za obuku AUGUSTUS-a. Konačna predviđanja AUGUSTUS-a su <em>ab initio</em>. Ovaj pristup će vjerovatno dati manju preciznost predviđanja od svih ostalih ovdje opisanih cevovoda. (vidi sliku 2),</li></ul> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_ncpbHGirXW0FfKgDoAOGyu.png"></p> <p>Slika 2: BRAKER cjevovod A: samo obuka GeneMark-ES o podacima genoma <em>ab initio</em> predviđanje gena sa AUGUSTUSOM</p> <ul> <li>Genom i RNA-Seq datoteka iz iste vrste (vidi sliku 3) ovaj pristup je pogodan za biblioteke RNA-Seq sa kratkim čitanjem s dobrom pokrivenošću transkriptoma, <strong>bitan:</strong> ovaj pristup zahtijeva da svaki intron bude pokriven mnogim poravnanjima, odnosno da ne radi sa sastavljenim preslikavanjem transkriptoma. U principu, poravnavanje dugo čitljivih podataka o RNA-Seq može dovesti do dovoljnih podataka za pokretanje funkcije BRAKER, ali samo ako je svaki transkript koji će ići na obuku više puta sekvenciran i usklađen s genomom. Imajte na umu da BRAKER u ovom trenutku još uvijek službeno ne podržava integraciju dugo čitanih RNA-Seq podataka.</li></ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_PB7MFzezyU28mtkgqI7y.png"></p> <p>Slika 3: BRAKER cevovod B: obuka GeneMark-ET podržana RNA-Seq informacijama o spojenom poravnanju, predviđanje sa AUGUSTUS-om sa istom informacijom o spojenom poravnanju.</p> <ul> <li>Genomski fajl i baza podataka proteina koji mogu biti od <strong>nepoznato</strong> evolucijskoj udaljenosti do ciljnih vrsta (vidi sliku 4) ovaj pristup je posebno prikladan ako nema dostupnih podataka o RNA-Seq. Ova metoda će bolje funkcionirati s proteinima iz vrsta koje su prilično blizu ciljnih vrsta, ali točnost će pasti samo vrlo malo ako su referentni proteini udaljeniji od ciljnih vrsta. <strong>Bitan:</strong> Ovaj pristup zahtijeva bazu podataka o proteinima, odnosno mnogi predstavnici svake porodice proteina moraju biti prisutni u bazi podataka. BRAKER je uspješno testiran sa OrthoDB R19. ProtHint R18 cevovod za mapiranje proteina za generisanje potrebnih nagoveštaja za BRAKER dostupan je za preuzimanje na https://github.com/gatech-genemark/ProtHint, uputstva o tome kako da pripremite OrthoDB ulazne proteine ​​su dokumentovana na https://github. com/gatech-genemark/ProtHint#protein-database-preparation. Možete dodati proteine ​​blisko povezane vrste u datoteku OrthoDB fasta kako biste uključili dodatne dokaze u predviđanje gena.</li></ul> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_QGg2EgrqUsmdavPzVd6Fds9W.png"></p> <p>Slika 4: CIJEK BRAKER-a C: obuka GeneMark-EP+ o poravnanju spojenih proteina, informacijama o početku i zaustavljanju, predviđanje s AUGUSTUS-om s tim istim informacijama, uz dodatno vezane CDSpart natuknice. Proteini koji se ovdje koriste mogu biti na bilo kojoj evolucijskoj udaljenosti do ciljnog organizma.</p> <ul> <li>Genom i RNA-Seq datoteka iz iste vrste, te proteini koji mogu biti <strong>nepoznato</strong> evolucijska udaljenost do ciljne vrste (vidi sliku 5) <strong>bitan:</strong> ovaj pristup zahtijeva bazu podataka porodica proteina, tj. mnogi predstavnici svake porodice proteina moraju biti prisutni u bazi podataka, npr. OrthoDB je prikladan. (Možete dodati proteine ​​blisko povezane vrste u datoteku OrthoDB fasta kako biste uključili dodatne dokaze u predviđanje gena.)</li></ul> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_83zotw6zjCwlxutv7D1w6sl.png"></p> <p>Slika 5: BRAKER kanal D: obuka GeneMark-ETP+ podržana informacijama o poravnanju RNA-Seq i informacijama iz proteina (proteini mogu biti bilo koje evolucijske udaljenosti). Imajte na umu da je GeneMark-ETP+ još uvijek u razvoju, BRAKER trenutno može pokrenuti prethodnicu zrele verzije. Introni koje podržavaju i RNA-Seq i informacije o poravnanju proteina tretiraju se kao "istinski pozitivni introni", njihovo predviđanje u strukturama gena od strane GeneMark-ETP+ i AUGUSTUS-a se provodi. <strong>Bitan:</strong> Nije uvijek najbolje koristiti sve dokaze! Do sada smo otkrili da ovaj pristup dobro funkcionira za velike genome, ali je preciznost na malim i srednjim genomima nestabilna. Molimo pogledajte poster sa PAG-a 2020 prije nego pokrenete ovaj kanal.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <ul> <li>Genom datoteka i datoteka s proteinima kratke evolucijske udaljenosti (vidi sliku 6) ovaj pristup je prikladan ako podaci o RNA-Seq nisu dostupni i ako su referentne vrste vrlo blisko povezane. <em><em>Bilješka</em>:</em> Ovaj cjevovod je zastario jer cjevovod C može koristiti i proteine ​​blisko povezanih vrsta osim OrthoDB -a.</li></ul> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_c8ocb9q8nXQGO0.png"></p> <p>Slika 6: Dodatni tok B: obuka AUGUSTUS -a na osnovu informacija o poravnanju spojenih proteina vrlo bliske vrste u odnosu na ciljani genom.</p> <ul> <li>Genom i RNA-Seq datoteka i proteini kratke evolucijske udaljenosti (vidi slike 6 i 7). U oba slučaja, GeneMark-ET je obučen podržan RNA-Seq podacima, a rezultirajuća predviđanja gena koriste se za obuku AUGUSTUS-a. U pristupu A), informacije o poravnanju proteina koriste se samo u koraku predviđanja gena sa AUGUSTUS-om. U pristupu C), podaci o poravnanju spojenih proteina se koriste kao dopuna treningu za AUGUSTUS. Potonji pristup je posebno prikladan ako podaci RNA-Seq ne proizvode dovoljno veliki broj struktura gena za obuku AUGUSTUS-a, te ako su na raspolaganju vrlo bliske i već označene vrste. <em><em>Bilješka</em>:</em> Ovaj cevovod je zastareo jer cevovod D takođe može da koristi proteine ​​blisko povezanih vrsta pored OrthoDB.</li></ul> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_9zialfldascz4UYds7.png"></p> <p>Slika 7: Dodatni cjevovod A: GeneMark-ET za obuku podržan od RNA-Seq spojenih informacija o poravnanju, predviđanje s AUGUSTUS-om sa spojenim podacima o poravnanju iz RNA-Seq podataka i sa svojstvima gena određenim poravnanjima iz proteina vrlo bliske vrste u odnosu na metu genom. <em><em>Bilješka</em>:</em> Ovaj cjevovod je zastario jer cjevovod C može koristiti i proteine ​​blisko povezanih vrsta osim OrthoDB -a.</p> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_mw43DyzpDX46l3g9wo19N.png"></p> <p>Slika 8: Dodatni cjevovod C: obuka GeneMark-ET-a na osnovu RNA-Seq informacija o poravnanju, obuka AUGUSTUS-a o skupu struktura gena za obuku sastavljenih od struktura gena podržanih od RNA-Seq predviđenih od strane GeneMark-ET i spojenog poravnanja proteina veoma bliska vrsta. <em><em>Bilješka</em>:</em> Ovaj cjevovod je zastario jer cjevovod D može koristiti i proteine ​​blisko povezanih vrsta pored OrthoDB -a.</p> <p>Podržane verzije softvera</p> <p>U vrijeme izdavanja, ova verzija BRAKER-a je testirana sa:</p> <p>Ovisnosti Perl cjevovoda</p> <p>Za pokretanje BRAKER-a potreban je Linux sistem sa bash-om i Perl-om. Nadalje, BRAKER zahtijeva instaliranje sljedećih CPAN-Perl modula:</p> <p>Za ProtHint, koji se koristi kada se unosi unos proteina, instalirajte i:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Na Ubuntu, na primjer, instalirajte module sa CPANminus F4: sudo cpanm Module :: Name, npr. sudo cpanm Hash :: Spajanje.</p> <p>BRAKER također koristi Perl modul helpMod.pm koji nije dostupan na CPAN-u. Ovaj modul je dio izdanja BRAKER i ne zahtijeva posebnu instalaciju.</p> <p>Ako nemate root dozvole na Linux stroju, pokušajte postaviti <strong>Anakonda</strong> (https://www.anaconda.com/distribution/) okruženje na sljedeći način:</p> <p>Nakon toga instalirajte BRAKER i drugi softver "kao i obično" dok ste u svom conda okruženju. <strong>Bilješka:</strong> Postoji paket kočnica bioconda i paket bioconda augustus. Oni rade. Ali oni obično zaostaju za razvojnim kodom oba alata na githubu. Stoga preporučujemo ručnu instalaciju i korištenje najnovijih izvora.</p> <p>BRAKER je kolekcija Perl i Python skripti i Perl modula. Glavna skripta koja će biti pozvana da bi se pokrenuo BRAKER je braker.pl. Dodatne Perl i Python komponente su:</p> <p>Sve skripte (datoteke koje završavaju sa *.pl i *.py) koje su dio BRAKER-a moraju biti izvršne da bi se pokrenuo BRAKER. To bi već trebao biti slučaj ako preuzmete BRAKER s GitHub -a. Izvršljivost se može prebrisati ako npr. prebacite BRAKER na USB štapiću na drugo računalo. Da biste provjerili jesu li potrebne datoteke izvršne, pokrenite sljedeću naredbu u direktoriju koji sadrži BRAKER Perl skripte:</p> <p>Izlaz bi trebao biti sličan ovome:</p> <p>Važno je da je x u -rwxr-xr-x prisutan za svaku skriptu. Ako to nije slučaj, trčite</p> <p>kako biste promijenili atribute datoteke.</p> <p>Možda će vam biti korisno dodati direktorij u kojem se nalaze BRAKER perl skripte u vašu varijablu okruženja $ PATH. Za jednu bash sesiju unesite:</p> <p>Da biste ovu modifikaciju $ PATH učinili dostupnom za sve bash sesije, dodajte gornje redove u skriptu za pokretanje (npr.</p> <p>Ovisnosti o bioinformatičkom softveru</p> <p>BRAKER se poziva na razne bioinformatičke softverske alate koji nisu dio BRAKER-a. Neki alati su obavezni, tj. BRAKER se uopće neće pokrenuti ako ti alati nisu prisutni na vašem sistemu. Ostali alati su izborni. Molimo instalirajte sve alate koji su potrebni za pokretanje funkcije BRAKER u načinu rada po vašem izboru.</p> <p>Preuzmite GeneMark-EX F1 sa http://exon.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi (opcija GeneMark-ES/ET/EP). Raspakujte i instalirajte GeneMark-EX kao što je opisano u README datoteci GeneMark-EX.</p> <p>Ako je već sadržano u vašoj varijabli $ PATH, BRAKER će automatski pogoditi lokaciju gmes_petap.pl. U suprotnom, BRAKER može pronaći GeneMark-EX izvršne datoteke bilo tako što će ih locirati u varijablu okruženja GENEMARK_PATH, ili uzimajući argument komandne linije ( --GENEMARK_PATH=/your_path_to_GeneMark-EX/).</p> <p>Da biste postavili varijablu okruženja za vašu trenutnu Bash sesiju, otkucajte:</p> <p>Dodajte gornje retke u skriptu za pokretanje (npr.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>/.bashrc ) kako bi bio dostupan svim bash sesijama. F5 </p> <p><strong>Bitan:</strong> GeneMark-EX će se pokrenuti samo ako se valjana datoteka ključa nalazi u vašem kućnom direktoriju. Datoteka ključa će isteći nakon 200 dana, što znači da morate preuzeti novo izdanje GeneMark-EX i novu datoteku ključa nakon 200 dana. Datoteka ključa se preuzima kao gm_key.gz. Raspakujte ključnu datoteku i premjestite je u skrivenu datoteku <strong>u vašem kućnom imeniku</strong> kao što slijedi:</p> <p>Perl skripte unutar GeneMark-EX-a su konfigurisane sa podrazumevanom Perl lokacijom na /usr/bin/perl.</p> <p>Ako koristite GeneMark-EX u okruženju Anaconda (ili želite koristiti Perl iz varijable $PATH iz bilo kojeg drugog razloga), izmijenite shebang svih GeneMark-EX skripti pomoću sljedeće naredbe koja se nalazi unutar GeneMark-EX foldera:</p> <p>Možete provjeriti je li GeneMark-EX ispravno instaliran pokretanjem check_install.bash i/ili izvršavanjem primjera u direktoriju GeneMark-E-testovi.</p> <p>Preuzmite AUGUSTUS iz njegove glavne podružnice na https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus. Raspakirajte AUGUSTUS i instalirajte AUGUSTUS prema AUGUSTUS README.TXT. <em><strong>Nemojte koristiti zastarjele AUGUSTUS verzije iz drugih izvora, npr. Debian paket ili Bioconda paket! BRAKER uvelike ovisi posebno o ažuriranom direktoriju Augustus/scripts, a drugi izvori često zaostaju.</strong></em></p> <p>Trebali biste kompajlirati AUGUSTUS na svom vlastitom sistemu kako biste izbjegli probleme s verzijama biblioteka koje koristi AUGUSTUS. Upute za sastavljanje nalaze se u datoteci AUGUSTUS README.TXT (Augustus/README.txt).</p> <p>AUGUSTUS se sastoji od augustus, alata za predviđanje gena, dodatnih C++ alata koji se nalaze u Augustus/auxprogs i Perl skripti smještenih u Augustus/scripts. Perl skripte moraju biti izvršne (pogledajte upute u odjeljku BRAKER komponente.</p> <p>C ++ alat bam2hints je bitna komponenta BRAKER-a kada se radi sa RNA-Seq. Izvori se nalaze u Augustus/auxprogs/bam2hints. Pobrinite se da kompajlirate bam2hints na vašem sistemu (trebalo bi ga automatski prevesti prilikom sastavljanja AUGUSTUS -a, ali u slučaju problema sa bam2hints -om, pročitajte upute za rješavanje problema u Augustus/auxprogs/bam2hints/README).</p> <p>Budući da je BRAKER cjevovod koji trenira AUGUSTUS, tj. piše datoteke parametara specifičnih za vrstu, BRAKER treba pristup pisanju konfiguracijskom direktoriju AUGUSTUS-a koji sadrži takve datoteke ( Augustus/config/ ). Ako instalirate AUGUSTUS globalno na svoj sistem, u konfiguracijsku mapu obično neće moći pisati svi korisnici. Ili učinite direktorij u kojem se config nalazi rekurzivno za pisanje korisnicima AUGUSTUS -a, ili kopirajte config/ folder (rekurzivno) na lokaciju na kojoj korisnici imaju dozvolu za pisanje.</p> <p>AUGUSTUS će locirati config folder tražeći varijablu okruženja $AUGUSTUS_CONFIG_PATH. Ako varijabla okruženja $ AUGUSTUS_CONFIG_PATH nije postavljena, tada će BRAKER tražiti putanju ../config u odnosu na direktorij u kojem nalazi izvršnu datoteku AUGUSTUS. Alternativno, možete dostaviti varijablu kao argument komandne linije za BRAKER ( --AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/your_path_to_AUGUSTUS/Augustus/config/). Preporučujemo da izvezete varijablu npr. za vašu trenutnu bash sesiju:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Da biste varijablu učinili dostupnom za sve Bash sesije, dodajte gornju liniju početnoj skripti, npr.</p> <p>BRAKER očekuje cijeli konfiguracijski direktorij AUGUSTUS -a na $ AUGUSTUS_CONFIG_PATH, tj. Vrstu podmapa sa svojim sadržajem (barem generičkim) i vanjskim! Pružanje, ali prazne fascikle na adresi $ AUGUSTUS_CONFIG_PATH neće raditi za BRAKER.Ako trebate odvojiti augustusov binarni i $ AUGUSTUS_CONFIG_PATH, preporučujemo vam da rekurzivno kopirate sadržaj konfiguracije koji se ne može upisivati ​​na lokaciju za pisanje.</p> <p>Ako imate sistemsku instalaciju AUGUSTUS-a na /usr/bin/augustus, kopija konfiguracije koja se ne može pisati nalazi se na /usr/bin/augustus_config/. U fasciklu/home/your/je moguće pisati. Kopirajte sljedećom naredbom (i dodatno postavite tada potrebne varijable):</p> <p>Dodavanje direktorija AUGUSTUS binarnih datoteka i skripti vašoj promenljivoj $PATH omogućava vašem sistemu da automatski locira ove alate. Nije potrebno za pokretanje BRAKER -a da to učini, jer će ih BRAKER pokušati pogoditi s lokacije druge varijable okruženja ($ AUGUSTUS_CONFIG_PATH), ili se oba direktorija mogu dostaviti kao argumenti naredbenog retka na braker.pl, ali preporučujemo da dodajte ih u promenljivu $ PATH. Za vašu trenutnu bash sesiju upišite:</p> <p>Za sve vaše BASH sesije, dodajte gornje retke u skriptu za pokretanje (npr.</p> <p>Na Ubuntuu, Python3 je obično instaliran prema zadanim postavkama, python3 će biti u vašoj varijabli $PATH, prema zadanim postavkama, a BRAKER će ga automatski locirati. Međutim, imate mogućnost navesti binarnu lokaciju python3 na dva druga načina:</p> <p>Izvezite varijablu okruženja $PYTHON3_PATH, npr. u vašem</p> <p>Navedite opciju komandne linije --PYTHON3_PATH=/path/to/python3/ do braker.pl .</p> <p>Preuzmite BAMTOOLS (npr. Git clone https://github.com/pezmaster31/bamtools.git). Instalirajte BAMTOOLS upisivanjem sljedećeg u svoju ljusku:</p> <p>Ako je već u vašoj $ PATH varijabli, BRAKER će automatski pronaći bamtools. Inače, BRAKER može locirati bamtools binarno korištenjem varijable okoline $BAMTOOLS_PATH ili uzimanjem argumenta komandne linije ( --BAMTOOLS_PATH=/your_path_to_bamtools/bin/ F6). Da biste podesili varijablu okruženja, npr. za svoju trenutnu bash sesiju upišite:</p> <p>Dodajte gornji red početnoj skripti (npr.</p> <p>/.bashrc) kako biste postavili varijablu okruženja za sve bash sesije.</p> <p>Možete koristiti ili NCBI BLAST+ ili DIAMOND za uklanjanje suvišnih gena za treniranje. Ne trebaju vam oba alata. Ako je prisutan DIAMOND, bit će preferiran jer je mnogo brži.</p> <p>Nabavite i raspakirajte DIAMOND na sljedeći način:</p> <p>Ako je već u vašoj $ PATH varijabli, BRAKER će automatski pronaći dijamant. U suprotnom, BRAKER može locirati dijamantnu binarnu datoteku ili pomoću varijable okruženja $ DIAMOND_PATH, ili uzimanjem argumenta naredbenog retka (--DIAMOND_PATH =/your_path_to_diamond). Da biste postavili varijablu okruženja, npr. za vašu trenutnu bash sesiju, upišite:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Dodajte gornji red početnoj skripti (npr.</p> <p>/.bashrc ) kako bi se postavila varijabla okruženja za sve bash sesije.</p> <p>Ako se odlučite za BLAST+, instalirajte NCBI BLAST+ sa sudo apt-get install ncbi-blast+.</p> <p>Ako je već u vašoj varijabli $PATH, BRAKER će automatski pronaći blastp. Inače, BRAKER može locirati blastp binarnu datoteku ili korištenjem varijable okoline $BLAST_PATH, ili uzimanjem argumenta komandne linije ( --BLAST_PATH=/your_path_to_blast/). Da biste podesili varijablu okruženja, npr. za vašu trenutnu bash sesiju, upišite:</p> <p>Dodajte gornji red početnoj skripti (npr.</p> <p>/.bashrc ) kako bi se postavila varijabla okruženja za sve bash sesije.</p> <p>ProtHint je cjevovod za generiranje nagovještaja za GeneMark-EX i AUGUSTUS od proteina bilo koje evolucijske udaljenosti. Ako su proteinske sekvence date na ulazu, BRAKER automatski pokreće ProtHint. Alternativno, ProtHint se može izvršiti kao poseban korak tokom pripreme podataka. ProtHint je dostupan na https://github.com/gatech-genemark/ProtHint. Preuzmite na sljedeći način:</p> <p>ProtHint ima svoje softverske zahtjeve. Osim Perl modula koje zahtijeva BRAKER, potrebni su mu</p> <p>Instalaciju ProtHinta možete lako provjeriti pokretanjem testa na https://github.com/gatech-genemark/ProtHint/tree/master/example.</p> <p>Za ProtHint su potrebni DIAMOND i Spaln, oba dolaze sa ProtHint-ovom instalacijom. ProtHint-ov zahtjev za GeneMark-ES će već biti ispunjen ako ste instalirali BRAKER zavisnosti iznad. Za daljnja uputstva za instalaciju provjerite https://github.com/gatech-genemark/ProtHint.</p> <p>Ako je već u vašoj varijabli $PATH, BRAKER će automatski pronaći prothint.py. U suprotnom, BRAKER će pokušati locirati izvršnu datoteku prothint.py koristeći varijablu okruženja $ PROTHINT_PATH. Alternativno, ovo se može isporučiti kao argument komandne linije --PROTHINT_PATH =/vaš/put/do/ProtHint/bin.</p> <p>Samtools nije potreban za pokretanje BRAKER -a ako su sve datoteke ispravno formatirane (tj. Sve sekvence trebaju imati kratka i jedinstvena imena fasta). Ako niste sigurni jesu li sve datoteke pravilno formatirane, možda bi bilo korisno instalirati Samtools jer BRAKER može automatski riješiti određene probleme s formatom pomoću Samtools -a.</p> <p>Kao preduvjet za Samtools, preuzmite i instalirajte htslib (npr. Git clone https://github.com/samtools/htslib.git, slijedite htslib dokumentaciju za instalaciju).</p> <p>Preuzmite i instalirajte Samtools (npr. Git clone git: //github.com/samtools/samtools.git), a zatim slijedite Samtools dokumentaciju za instalaciju).</p> <p>Ako je već u vašoj $ PATH varijabli, BRAKER će automatski pronaći samtools. U protivnom, BRAKER može pronaći Samtools ili uzimanjem argumenta naredbenog retka (--SAMTOOLS_PATH =/ your_path_to_samtools/), ili upotrebom varijable okruženja $ SAMTOOLS_PATH. Za izvoz varijable, npr. za vašu trenutnu bash sesiju, upišite:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Dodajte gornji red početnoj skripti (npr.</p> <p>/.bashrc) kako biste postavili varijablu okruženja za sve bash sesije.</p> <p>Ako je Biopython instaliran, BRAKER može generirati FASTA-datoteke s kodirajućim nizovima i proteinskim sekvencama koje je predvidio AUGUSTUS te generirati čvorišta podataka o tragovima za vizualizaciju pokretanja BRAKER-a s MakeHubom R16. Ovo su izborni koraci. Prvi se može onemogućiti sa zastavicom komandne linije --skipGetAnnoFromFasta, drugi se može aktivirati upotrebom opcija komandne linije --makehub --email=vaša@mail.de, Biopython nije potreban ako nijedan od ovih izbornih koraka nije neophodan će se izvršiti.</p> <p>Na Ubuntu instalirajte Python3 menadžer paketa sa:</p> <p>Zatim instalirajte Biopython sa:</p> <p>ckbfasta i cdbyank su potrebni od BRAKER -a za ispravljanje AUGUSTUS gena sa stop kodonima u okviru (spojeni stop kodoni) pomoću AUGUSTUS skripte fix_in_frame_stop_codon_genes.py. Ovo se može preskočiti sa --skip_fixing_broken_genes.</p> <p>Na Ubuntu instalirajte cdbfasta sa:</p> <p>Za druge sisteme, na primjer, možete dobiti cdbfasta sa https://github.com/gpertea/cdbfasta, npr .:</p> <p>Na Ubuntu -u će cdbfasta i cdbyank biti u vašoj $ PATH varijabli nakon instalacije, a BRAKER će ih automatski locirati. Međutim, imate mogućnost navesti bdinarnu lokaciju cdbfasta i cdbyank na dva druga načina:</p> <p><ol> Izvezite varijablu okruženja $CDBTOOLS_PATH , npr. u vašem<p></ol> <p><strong>Bilješka:</strong> Podrška za GenomeThreader unutar BRAKER-a je zastarjela.</p> <p>Ovaj alat je potreban samo ako želite da pokrenete poravnanje proteina i genoma sa BRAKER-om koristeći GenomeThreader. Ovo je prikladan pristup samo ako je dostupna označena vrsta kratke evolucijske udaljenosti do vašeg ciljnog genoma. Preuzmite GenomeThreader sa http://genomethreader.org/. Raspakujte i instalirajte prema gth/README .</p> <p>BRAKER će pokušati locirati izvršnu datoteku GenomeThreader koristeći varijablu okruženja $ALIGNMENT_TOOL_PATH. Alternativno, ovo se može dostaviti kao argument komandne linije ( --ALIGNMENT_TOOL_PATH=/your/path/to/gth).</p> <p><strong>Bilješka:</strong> Podrška za samostalni Spaln (izvan ProtHinta) unutar BRAKER-a je zastarjela.</p> <p>Ovaj alat je potreban ako pokrećete ProtHint ili ako želite pokrenuti poravnanje proteina prema genomu s BRAKER -om koristeći Spaln izvan ProtHinta. Korištenje Spalna izvan ProtHinta prikladan je pristup samo ako je dostupna označena vrsta kratke evolucijske udaljenosti do vašeg ciljnog genoma. Preporučujemo pokretanje Spalna kroz ProtHint za BRAKER. ProtHint donosi Spaln binarnu datoteku. Ako to ne radi na vašem sistemu, preuzmite Spaln sa https://github.com/ogotoh/spaln. Raspakujte i instalirajte prema spaln/doc/SpalnReadMe22.pdf .</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>BRAKER će pokušati locirati Spaln izvršnu datoteku koristeći varijablu okruženja $ALIGNMENT_TOOL_PATH. Alternativno, ovo se može isporučiti kao argument naredbenog retka (--ALIGNMENT_TOOL_PATH =/vaš/put/do/spaln).</p> <p><strong>Bilješka:</strong> Podrška za Exonerate unutar BRAKER-a je zastarjela.</p> <p>Ovaj alat je potreban samo ako želite da pokrenete poravnanje proteina i genoma sa BRAKER-om koristeći Exonerate. Ovo je prikladan pristup samo ako je dostupna označena vrsta kratke evolucijske udaljenosti do vašeg ciljnog genoma. (Preporučujemo upotrebu GenomeThreader -a umjesto Exoneratea jer je Exonerate usporeno sporiji i ima nižu specifičnost od GenomeThreader -a.) Preuzmite Exonerate sa https://github.com/nathanweeks/exonerate. Raspakujte i instalirajte prema exonerate/README . (Na Ubuntu-u preuzmite i instalirajte upisivanjem sudo apt-get install exonerate.)</p> <p>BRAKER će pokušati locirati Exonerate izvršnu datoteku koristeći varijablu okruženja $ ALIGNMENT_TOOL_PATH. Alternativno, ovo se može dostaviti kao argument komandne linije (--ALIGNMENT_TOOL_PATH =/vaš/put/do/oslobađanje).</p> <p>Ovaj alat je potreban samo ako želite ili dodati UTR-ove (iz RNA-Seq podataka) predviđenim genima ili ako želite trenirati UTR parametre za AUGUSTUS i predvidjeti gene sa UTR-ovima. U svakom slučaju, GUSHR zahtijeva unos RNA-Seq podataka.</p> <p>GUSHR je dostupan za preuzimanje na https://github.com/Gaius-Augustus/GUSHR. Dobijte ga upisivanjem:</p> <p>GUSHR izvršava GeMoMa jar datoteku R19, R20, R21, a za ovu jar datoteku je potrebna Java 1.8. Na Ubuntu, možete instalirati Javu 1.8 sa sljedećom komandom:</p> <p>Ako imate nekoliko verzija java instaliranih na vašem sistemu, uvjerite se da ste omogućili 1.8 prije pokretanja BRAKER sa java tako što ćete pokrenuti</p> <p>i odabirom ispravne verzije.</p> <p>Ako uključite --UTR =, bamToWig.py će zahtijevati sljedeće alate koji se mogu preuzeti sa http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe:</p> <p>Neobavezno je instalirati ove alate u svoj $PATH. Ako to ne učinite, a uključite --UTR =, bamToWig.py će ih automatski preuzeti u radni direktorij.</p> <p>Ako želite automatski generirati čvorište podataka o stazama vašeg pokretača BRAKER-a, potreban je softver MakeHub, dostupan na https://github.com/Gaius-Augustus/MakeHub. Preuzmite softver (ili pokretanjem git clone https://github.com/Gaius-Augustus/MakeHub.git, ili odabirom izdanja sa https://github.com/Gaius-Augustus/MakeHub/releases. Izvucite izdanje paket ako ste preuzeli izdanje (npr. raspakujte MakeHub.zip ili tar -zxvf MakeHub.tar.gz .</p> <p>BRAKER će pokušati pronaći skriptu make_hub.py pomoću varijable okruženja $ MAKEHUB_PATH. Alternativno, ovo se može dostaviti kao argument komandne linije ( --MAKEHUB_PATH=/your/path/to/MakeHub/). BRAKER takođe može pokušati pogoditi lokaciju MakeHub -a na vašem sistemu.</p> <p>Različiti načini cjevovoda BRAKER</p> <p>U nastavku opisujemo „tipične“ pozive BRAKER -a za različite tipove ulaznih podataka. Općenito, preporučujemo da pokrenete BRAKER na genomskim sekvencama koje su softmaskirane za ponavljanja. Ako je vaš genom bio softmaskiran, uključite --softmasking zastavicu u svoj BRAKER poziv!</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Ovaj pristup je pogodan za genome vrsta za koje su dostupne biblioteke RNA-Seq sa dobrom pokrivenošću transkriptoma. Cevovod je ilustrovan na slici 2.</p> <p>BRAKER može ili izdvojiti informacije o RNA-Seq spojenom poravnanju iz bam fajlova, ili može koristiti takve ekstrahovane informacije, direktno.</p> <p>Da biste pokrenuli BRAKER s RNA-Seq podacima isporučenim kao bam datoteka (i) (u slučaju više datoteka odvojite ih zarezima), pokrenite:</p> <p>Da biste pokrenuli BRAKER s RNA-Seq spojenim podacima o poravnanju koji su već izdvojeni, pokrenite:</p> <p>Format takve datoteke sa savjetima mora biti sljedeći (datoteka razdvojena tabulatorom):</p> <p>Izvor b2h u drugoj koloni i izvorna oznaka src = E u zadnjoj koloni bitni su za BRAKER da utvrdi da li je nagovještaj generiran iz podataka RNA-Seq.</p> <p>BRAKER sa proteinima bilo koje evolucijske udaljenosti</p> <p>Ovaj pristup je pogodan za genome vrsta za koje nisu dostupne RNA-Seq biblioteke. U ovom slučaju treba koristiti veliku bazu podataka proteina (s moguće većom evolucijskom udaljenosti do ciljne vrste). Ovaj način rada ilustriran je na slici 9.</p> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_0RAXBlDnzh3z5v.png"></p> <p>Slika 9: BRAKER sa proteinima bilo koje evolucijske udaljenosti. ProtHint cjevovodi za mapiranje proteina koriste se za generiranje proteinskih savjeta. ProtHint automatski određuje koja su poravnanja od bliskih srodnika, a koja od prilično udaljenih.</p> <p>Za pokretanje funkcije BRAKER u ovom načinu rada upišite:</p> <p>Preporučujemo korištenje OrthoDB-a kao osnove za proteins.fa. Upute o tome kako pripremiti ulazne OrthoDB proteine ​​dokumentirane su ovdje: https://github.com/gatech-genemark/ProtHint#protein-database-preparation.</p> <p>Naravno, možete dodati dodatne proteinske sekvence toj datoteci ili pokušati s potpuno drugom bazom podataka. Bilo koja baza podataka će trebati nekoliko predstavnika za svaki protein.</p> <p>Umjesto da BRAKER pokreće ProtHint, možete pokrenuti BRAKER i sa savjetima koje je već proizveo ProtHint, pružajući ProtHint -ov izlaz prothint_augustus.gff:</p> <p>Format prothint_augustus.gff u ovom modu izgleda ovako:</p> <p>Predviđanje svih natuknica sa src = M će se provesti. Savjeti sa src = C su "lanci dokazi", tj. Bit će ugrađeni samo ako svi članovi grupe (grp =.) Mogu biti uključeni u jedan transkript. Svi ostali nagovještaji imaju src=P u posljednjoj koloni. Podržane funkcije u koloni 3 su intron, start, stop i CDSpart.</p> <p>Obuka i predviđanje UTR -ova, integracija informacija o pokrivanju</p> <p>Ako su podaci RNA-Seq (i samo RNA-Seq) dostavljeni BRAKER-u kao bam-datoteci, i ako je genom softmaskiran za ponavljanja, BRAKER može automatski trenirati UTR parametre za AUGUSTUS. Nakon uspješne obuke UTR parametara, BRAKER će automatski predvidjeti gene uključujući podatke o pokrivenosti iz RNA-Seq podataka. Primjer poziva:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Ova funkcija je eksperimentalna!</p> <p>--UTR=on trenutno nije kompatibilan sa bamToWig.py kao što je objavljeno u AUGUSTUS 3.3.3, zahtijeva trenutnu verziju razvojnog koda iz github repozitorija (git klon https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git) .</p> <p>--UTR = uključeno povećava potrošnju memorije AUGUSTUS-a. Pažljivo pratite poslove ako je vaša mašina bila blizu maksimuma RAM -a bez --UTR = uključeno! Smanjenje broja jezgara također će smanjiti potrošnju RAM -a.</p> <p>UTR predviđanje ponekad poboljšava tačnost predviđanja sekvence kodiranja, ali ne uvijek. Ako isprobate ovu funkciju, pažljivo uporedite rezultate sa i bez UTR parametara, nakon toga (npr. u UCSC Genome Browseru).</p> <p>Usporedbe RNA-Seq poravnanja</p> <p>Za pokretanje BRAKER-a bez UTR parametara nije važno da li je RNA-Seq podatke generirao a <em>nasukan</em> protokol (jer su spojena poravnanja 'vještački nasukana' provjerom obrasca mjesta spajanja). Međutim, za UTR obuku i predviđanje, nasukane biblioteke mogu pružiti informacije vrijedne za BRAKER.</p> <p>Nakon poravnavanja nasukanih RNA-Seq biblioteka, razdvojite rezultirajuće unose bam datoteka u dvije datoteke: jednu za plus nizovske preslikavanja, jednu za minus nizovnu preslikavanje. Pozovite BRAKER na sljedeći način:</p> <p>Možete dodatno uključiti bam datoteke iz biblioteka koje nisu povezane. Te datoteke neće se koristiti za generiranje primjera UTR obuke, ali će biti uključene u konačni korak predviđanja gena kao informacije o nepokrivenoj pokrivenosti, primjer poziva:</p> <p><strong>Upozorenje:</strong> Ova je značajka eksperimentalna i trenutno ima nizak prioritet na našoj listi održavanja!</p> <p>BRAKER sa proteinima kratke evolucijske udaljenosti</p> <p>Ovo je zastarjeli cjevovod koji je bio prije jedinog prikladnog pristupa ako podaci RNA-Seq za vrstu ciljnog genoma nisu dostupni i ako su dostupne dobro označene i vrlo bliske referentne vrste i ne želite koristiti pristup za proteine ​​bilo koje evolucijske udaljenosti (gdje tada nismo bili sigurni kako će se ponašati na proteinima kratke evolucijske udaljenosti).</p> <p>Za pokretanje BRAKER-a u ovom načinu rada, upišite:</p> <p>Moguće je generirati proteinska poravnanja izvana, prije samog pokretanja BRAKER-a. Kompatibilna komanda za pokretanje GenomeThreader-a prije pokretanja BRAKER-a je:</p> <p>Da biste koristili takve eksterno kreirane datoteke za poravnanje, pokrenite:</p> <p>Također je moguće pokrenuti BRAKER u ovom načinu rada koristeći već pripremljenu datoteku hints. U ovom slučaju pokrenite:</p> <p>Format fajla nagoveštaja treba da izgleda ovako:</p> <p>Podržane karakteristike u koloni 3 su intron, CDSpart, start, stop.</p> <p>KOČNICA sa podacima o RNA-Seq i proteinima</p> <p>Iako BRAKER podržava kombinaciju RNA-Seq i proteinskih podataka unutar BRAKER cevovoda, toplo preporučujemo da pokrenete BRAKER dva puta (1x samo sa RNA-Seq, 1x samo sa podacima o proteinima) i zatim kombinujete rezultate oba pokreta sa TSEBRA, selektor transkripta za BRAKER (https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA). Više informacija o TSEBRA možete pronaći na https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.07.447316v1</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>U nastavku opisujemo da je moguće kombinovati oba izvora podataka samo sa BRAKER-om, radi kompletnosti.</p> <p>Izvorni način rada za pokretanje BRAKER-a s podacima o RNA-Seq i proteinima je --etpmode. Ovo će pozvati GeneMark-ETP (koji je trenutno dostupan samo kao prevremena verzija koristeći trenutno stanje GeneMark-ES/ET/EP/EP+, poboljšanja se očekuju uskoro), koji će koristiti RNA-Seq i proteine ​​za trening GeneMark-ETP. Nagoveštaji koji su podržani i izvorima i proteinima, nagoveštaji posebno visokog kvaliteta se primenjuju u predviđanju gena sa GeneMark-ETP. Nakon toga, AUGUSTUS se obučava o predviđanjima GeneMark-ETP-a, a gene sa naznakama predviđa AUGUSTUS. Da biste pozvali cjevovod u ovom načinu rada, pokrenite:</p> <p>Naravno, možete zamijeniti datoteku sa savjetima rnaseq.gff BAM datotekom, npr. --bam = ranseq.bam.</p> <p>Osim toga, BRAKER (zastarjeli cjevovodi) može izvesti sljedeće cjevovode:</p> <p>Dodavanje proteinskih podataka kratke evolucijske udaljenosti u korak predviđanja gena</p> <p>Prošireni set gena za trening s proteinima kratke evolucijske udaljenosti</p> <p>Dodavanje proteinskih podataka kratke evolucijske udaljenosti u korak predviđanja gena</p> <p>Ovaj cjevovod prikazan je na slici 7.</p> <p>Općenito, dodajte opcije</p> <p>na poziv BRAKER koji je opisan u odjeljku BRAKER sa podacima RNA-Seq. Odaberite jedan alat za poravnanje proteina iz GenomeThreader (gth, preporučeno), Spaln (spaln) ili Exonerate (exonerate).Naravno, informacije o proteinima možete navesti i kao datoteke za poravnanje proteina ili datoteke sa nagovještajima kako je opisano u odjeljku KOČNIK s proteinima kratke evolucijske udaljenosti). Ovo može rezultirati pozivom sličnim:</p> <p>Prošireni set gena za trening s proteinima kratke evolucijske udaljenosti</p> <p>Ako se samo broj struktura gena za obuku identificiranih prema podacima RNA-Seq čini premalim, u set gena za obuku možete dodati strukture gena za trening nastale poravnavanjem proteina s GenomeThreader-om. Ovaj cjevovod prikazan je na slici 8.</p> <p>Općenito, dodajte opcije</p> <p>na poziv BRAKER koji je opisan u odjeljku BRAKER sa podacima RNA-Seq. Ovo može rezultirati pozivom sličnim:</p> <p>Opis odabranih opcija komandne linije BRAKER -a</p> <p>Pokrenite braker.pl --help da biste dobili potpunu listu opcija.</p> <p>Pokrenite BRAKER u EP-načinu rada, tj. S proteinima bilo koje evolucijske udaljenosti kako ih obrađuje ProtHint unutar BRAKER-a. Ovaj način rada je podrazumevano uključen kada se detektuje samo unos proteina. Trebalo bi dati ili --prot_seq=orthodb.fa ili proteinske savjete --hints=prothint_augustus.gff .</p> <p>Pokrenite BRAKER u ETP-modu, tj. s proteinima bilo koje evolucijske udaljenosti koje obrađuje ProtHint, i s RNA-Seq podacima. Treba da bude obezbeđen sa prot_seq=orthodb.fa i --bam=rnaseq.bam . Alternativno, RNA-Seq i proteinski natuknici mogu se dati kao obrađeni natuknice sa --hints opitonom. Razmislite o korištenju TSEBRA (https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA) umjesto BRAKER-a u ETP modu.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Compute AUGUSTUS <em>ab initio</em> predviđanja uz AUGUSTUS predviđanja sa nagoveštajima (dodatni izlazni fajlovi: augustus.ab_initio.* . Ovo može biti korisno za procenu kvaliteta parametara gena za obuku kada se pregledaju predviđanja u pretraživaču.</p> <p>Jedan ili više argumenata naredbenog retka koji se prosljeđuju AUGUSTUS-u, ako je dato više argumenata, odvojite ih razmakom, tj. "--First_arg = sth --second_arg = sth". Ovo može biti korisno ako znate da predviđanje gena u vašoj određenoj vrsti ima koristi od određenog argumenta AUGUSTUS tokom koraka predviđanja.</p> <p>Određuje maksimalni broj jezgara koji se može koristiti tokom izračunavanja. BRAKER mora pokrenuti neke korake na jednom jezgru, drugi mogu iskoristiti prednosti više jezgri. Ako koristite više od 8 jezgri, to neće ubrzati sve paralelne korake, a posebno dugotrajno optimize_augustus.pl neće koristiti više od 8 jezgri. Međutim, ako vam ne smeta što neke jezgre ne rade, upotreba više od 8 jezgri ubrzat će ostale korake.</p> <p>GeneMark-EX opcija: pokrenite algoritam s modelom tačke grananja. Koristite ovu opciju ako je vaš genom gljiva.</p> <p>Opcija softmaskinga za soft maskirane datoteke genoma. (Onemogućeno prema zadanim postavkama.)</p> <p>Upotrijebite sadašnje datoteke konfiguracije i parametara ako postoje za 'vrste', prebrisat će originalne parametre ako BRAKER izvodi AUGUSTUS trening.</p> <p>Izvrši CRF obuku za AUGUSTUS rezultirajući parametri se čuvaju samo za konačna predviđanja ako pokazuju veću preciznost od HMM parametara. Ovo povećava vrijeme rada!</p> <p>Promijenite parametar $ lambda $ Poissonove distribucije koji se koristi za smanjenje uzorkovanja gena za obuku prema njihovom broju introna (samo su geni s do 5 introna smanjeni uzorci). Zadana vrijednost je $ lambda = 2 $. Možda biste ga htjeli postaviti na 0 za organizme koji uglavnom imaju gene s jednim egzonom. (Općenito, geni s jednim egzonom doprinose manjoj vrijednosti povećanju AUGUSTUS parametara u usporedbi s genima s mnogo egzona.)</p> <p>Generirajte primjere UTR obuke za AUGUSTUS iz informacija o pokrivenosti RNA-Seq-a, obučite parametre AUGUSTUS UTR-a i predvidite gene s AUGUSTUS-om i UTR-om, uključujući informacije o pokrivenosti za RNA-Seq kao dokaz. Ova zastavica radi samo ako je omogućeno i --softmasking. <em>Ovo je eksperimentalna funkcija!</em></p> <p>Ako ste izveli pokretanje BRAKER-a bez --UTR = on, možete dodati obuku UTR parametara i predviđanje gena s UTR parametrima (i samo natuknicama RNA-Seq) sa sljedećom naredbom:</p> <p>Izmijenite augustus.hints.gtf tako da ukazuje na predviđanja AUGUSTUS -a sa savjetima iz prethodnog izvođenja BRAKER -a, promijenite vrijednost flaning_DNA u bočnu regiju iz datoteke dnevnika vašeg prethodnog izvođenja BRAKER -a, promijenite neki_new_working_directory na lokaciju na kojoj bi BRAKER trebao pohraniti rezultate dodatne izmjene BRAKER -a neke vrste imena korištene u prethodnom pokretanju BRAKERA.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Dodajte UTR iz informacija o obuhvatu RNA-Seq predviđanjima gena AUGUSTUS koristeći GUSHR. Ne vrši se obuka parametara UTR i predviđanje gena sa UTR parametrima.</p> <p>Ako ste izveli pokretanje BRAKER -a bez --addUTR = on, možete dodati UTR rezultate prethodnog pokretanja BRAKER -a sa sljedećom naredbom:</p> <p>Izmijenite augustus.hints.gtf tako da ukazuje na predviđanja AUGUSTUS -a sa savjetima iz prethodnog izvođenja BRAKER -a, promijenite neki_novi_radni_direktorij na lokaciju na kojoj bi BRAKER trebao pohraniti rezultate dodatnog izvođenja BRAKER -a u ovom izvođenju, neće se promijeniti parametri AUGUSTUS -a. Preporučujemo da navedete izvornu vrstu izvorne vrste s --species = somespecies. U suprotnom, BRAKER će kreirati nepotreban direktorij parametara vrste Sp_* .</p> <p>Ako je --UTR=on omogućeno, bam-datoteke razdvojene nitima mogu se dati sa --bam=plus.bam,minus.bam . U tom slučaju, --stranded =. treba držati niti bam datoteka ( + za plus nit, - za minus žicu,. za neslančane). Imajte na umu da će se nevezani podaci koristiti u koraku predviđanja gena, samo ako je parametar --stranded=. je postavljeno. <em>Ovo je eksperimentalna funkcija! GUSHR trenutno ne koristi prednosti nasukanih podataka.</em></p> <p>Ako su navedeni --makehub i --email=your@mail.de (s valjanom adresom e-pošte), čvorište podataka o stazama za vizualizaciju rezultata pomoću UCSC Genome Browser-a bit će generirano pomoću MakeHub-a (https: // github. com/Gaius-Augustus/MakeHub).</p> <p>Podrazumevano, GeneMark-EX koristi verovatnoću od 0,001 za predviđanje uzorka GC mesta spajanja donatora (umesto GT). Možda ima smisla povećati ovu vrijednost za vrste kod kojih je ovo mjesto spajanja donatora češće. Na primjer, u vrsti <em>Emiliania huxleyi</em>, oko 50% donatorskih lokacija za spajanje ima obrazac GC (https://media.nature.com/original/nature-assets/nature/journal/v499/n7457/extref/nature12221-s2.pdf, stranica 5).</p> <p>BRAKER proizvodi nekoliko važnih izlaznih datoteka u radnom direktoriju.</p> <p>augustus.hints.gtf: Geni koje je predvidio AUGUSTUS sa naznakama iz datih vanjskih dokaza. Ova datoteka će nedostajati ako je BRAKER pokrenut s opcijom --esmode.</p> <p>augustus.hints_utr.gtf: Ovaj fajl može sadržavati različite sadržaje u zavisnosti od toga kako ste pozvali BRAKER:</p> <p>Ako ste pokrenuli BRAKER sa --UTR = on, tada će ova datoteka sadržavati gene predviđene od strane AUGUSTUS-a s UTR parametrima i podacima o pokrivenosti iz RNA-Seq podataka u GTF formatu.</p> <p>Ako ste pokrenuli BRAKER s --addUTR = on, tada će ova datoteka sadržavati gene predviđene od strane AUGUSTUS-a bez UTR parametara i bez informacija o pokrivenosti iz podataka RNA-Seq. Umjesto toga, predviđanja gena AUGUSTUS-a s natuknicama će se proširiti UTR-ovima samo ako to dopušta pokrivenost RNA-Seq-om (tj. Nije obavljen zaseban trening ili trčanje AUGUSTUS-a, UTR-i se dodaju samo izvođenjem GUSHR-a). Geni su u GTF formatu.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Ova datoteka će biti prisutna samo ako je BRAKER izveden s opcijama --UTR = uključeno ili --addUTR = uključeno i RNA-Seq BAM datotekom.</p> <p>augustus.ab_initio.gtf: Geni koje je AUGUSTUS predvidio u <em>ab initio</em> način rada u GTF-formatu. Datoteka će uvijek biti prisutna ako je AUGUSTUS pokrenut s opcijom --esmode. Inače će biti prisutan samo ako je BRAKER pokrenut s opcijom --AUGUSTUS_ab_initio .</p> <p>augustus.ab_initio_utr.gtf: Ova datoteka može sadržavati predviđanja gena s UTR -ovima ako ste pokrenuli BRAKER sa --UTR = uključeno.</p> <p>Ova datoteka će biti prisutna samo ako je BRAKER izveden s opcijama --UTR = uključeno ili --addUTR = uključeno i RNA-Seq BAM datotekom, te s opcijom --AUGUSTUS_ab_initio.</p> <p>GeneMark-E*/genemark.gtf: Gene predviđa GeneMark-ES/ET/EP/EP+ u GTF-formatu. Ova datoteka će nedostajati ako je BRAKER izveden sa proteinima bliske homologije i opcijom --trainFromGth.</p> <p>braker.gtf: Unija augustus.hints.gtf i pouzdana predviđanja GeneMark-EX (geni potpuno podržani vanjskim dokazima). U --esmode , ovo je unija augustus.ab_initio.gtf i svih GeneMark-ES gena. Stoga je ovaj skup općenito osjetljiviji (više gena je tačno predviđeno) i može biti manje specifičan (može biti prisutno više lažno pozitivnih predviđanja).</p> <p>hintsfile.gff: Podaci o vanjskim dokazima izvučeni iz podataka RNAseq.bam i/ili proteina.</p> <p>Izlazne datoteke AUGUSTUS mogu biti prisutne sa sljedećim nazivima i formatima:</p> <p>GTF-format se uvijek proizvodi.</p> <p>GFF3-format se proizvodi ako je zastavica --gff3 specificirana za BRAKER.</p> <p>Nizovi kodiranja u FASTA-formatu proizvode se ako zastavica --skipGetAnnoFromFasta nije postavljena.</p> <p>Datoteke s nizom proteina u FASTA-formatu proizvode se ako zastavica --skipGetAnnoFromFasta nije postavljena.</p> <p>Za detalje o gtf formatu, pogledajte http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/. Datoteka u GTF formatu sadrži jednu liniju po predviđenom egzonu. Primjer:</p> <p>Stupci (polja) sadrže:</p> <p>Ako je korištena opcija --makehub i MakeHub je dostupan na vašem sistemu, bit će kreiran direktorij čvorišta koji počinje imenom hub_. Kopirajte ovaj direktorij na javno dostupan web poslužitelj. Datoteka hub.txt nalazi se u direktoriju. Omogućite vezu do te datoteke UCSC Genome Browser -u radi vizualizacije rezultata.</p> <p>Nepotpuni primjerski skup podataka sadržan je u direktoriju BRAKER/example. Da biste dovršili skup podataka, preuzmite datoteku za poravnavanje RNA-Seq (134 MB) sa wget-om:</p> <p>U slučaju da imate problema s pristupom toj datoteci, dostupna je i kopija s drugog servera:</p> <p>Primjer skupa podataka nije sastavljen radi postizanja optimalne preciznosti predviđanja, već radi brzog testiranja komponenti cjevovoda. Mali podskup genoma korišten u ovim primjerima ispitivanja nije dovoljno dug da bi obuka BRAKER -a dobro funkcionirala.</p> <p>Podaci odgovaraju posljednjih 1.000.000 nukleotida <em>Arabidopsis thaliana</em>hromozom Chr5, podijeljen u 8 vještačkih kontiga.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Poravnanja RNA-Seq dobivena su od strane VARUS-a.</p> <p>Proteinske sekvence su podskup biljnih proteina OrthoDB v10.</p> <ul> <li>genome.fa - fajl genoma u fasta formatu</li> <li>RNAseq.bam - RNA -Seq datoteka za poravnanje u bam formatu (ova datoteka nije dio ovog spremišta, mora se preuzeti posebno s http://topaz.gatech.edu/GeneMark/Braker/RNAseq.bam)</li> <li>RNAseq.hints-RNA-Seq natuknice (može se koristiti umjesto RNAseq.bam kao RNA-Seq ulaz u BRAKER)</li> <li>protein.fa - proteinske sekvence u formatu fasta</li></ul> <p>Naredbe u nastavku pretpostavljaju da ste konfigurirali sve putanje do alata izvozom bash varijabli ili da imate potrebne alate u svom $PATH.</p> <p>Primjer skupa podataka također sadrži skripte tests/test*.sh koje će izvršiti ispod navedene komande za testiranje BRAKER-a sa primjerom skupa podataka. Primjere rezultata AUGUSTUS-a i GeneMark-EX-a možete pronaći u folderu results/test*. Imajte na umu da BRAKER sadrži nekoliko dijelova u kojima se koriste slučajne varijable, tj. rezultati koje dobijete prilikom pokretanja testova možda neće biti potpuno identični. Za usporedbu rezultata testa s referentnim, možete upotrijebiti script_intervals_exact.pl na sljedeći način:</p> <p>Nekoliko testova koristi opciju --gm_max_intergenic 10000 da bi test radio brže. Nije preporučljivo koristiti ovu opciju u stvarnim BRAKER trčanjima, povećanje brzine postignuto podešavanjem ove opcije je zanemarivo na genomima pune veličine.</p> <p>Dajemo procjene vremena rada izvedene iz računarstva <em>Intel(R) Xeon(R) CPU E5530 @ 2,40GHz</em>.</p> <p>Testiranje BRAKER-a sa RNA-Seq podacima</p> <p>Sljedeća naredba će pokrenuti cjevovod prema slici 3:</p> <p>Ovaj test je implementiran u test1.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>Testiranje BRAKER-a s proteinima bilo koje evolucijske udaljenosti</p> <p>Sljedeća naredba će pokrenuti cjevovod prema slici 4:</p> <p>Ovaj test je implementiran u test2.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>Testiranje BRAKERA s proteinima bilo koje evolucijske udaljenosti i RNA-Seq</p> <p>Razmislite o korišćenju TSEBRA umjesto pokretanja BRAKER-a s podacima o RNA-Seq i proteinima: https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA</p> <p>Sledeća komanda će pokrenuti cevovod koji prvo trenira GeneMark-ETP sa proteinskim i RNA-Seq nagoveštajima, a zatim trenira AUGUSTUS na osnovu GeneMark-ETP predviđanja. AUGUSTUS predviđanja se također izvode uz nagoveštaje iz oba izvora, vidi sliku 5:</p> <p>Ovaj test je implementiran u test3.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>Možete dodati UTR-ove iz RNA-Seq podataka (bez AUGUSTUS treninga) u rezultate BRAKER pokretanja u ETP-modu na sljedeći način:</p> <p>Ovo je implementirano u test3_add_utrs.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>Testiranje KOČNICE sa proteinima bliske homologije</p> <p>Sljedeća naredba će pokrenuti cjevovod prema slici 6:</p> <p>Ovaj test je implementiran u test4.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>7 minuta. Brzo izvođenje ovog testa je uglavnom uzrokovano generiranjem malog broja gena za treniranje. Imajte na umu da se ovaj pristup ne mjeri dobro s povećanjem veličine genoma i broja proteina u bazi proteina. Vrijeme izvršavanja punog genoma bit će mnogo sporije nego s naredbom koja se koristi u test2.sh.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Testiranje BRAKER-a sa proteinima bliske homologije i RNA-Seq podacima (obuka podržana RNA-Seq)</p> <p>Razmislite o upotrebi TSBERA-e umjesto istovremenog pokretanja BRAKER-a s proteinima i podacima o RNA-Seq: https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA</p> <p>Sljedeća naredba će pokrenuti cjevovod prema slici 7:</p> <p>Ovaj test je implementiran u test5.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>Testiranje BRAKER-a sa proteinima bliske homologije i RNA-Seq podacima (obuka podržana RNA-Seq i proteinima)</p> <p>Razmislite o korišćenju TSBERA umjesto pokretanja BRAKER-a s proteinima i RNA-Seq podacima u isto vrijeme: https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA</p> <p>Sljedeća naredba će pokrenuti cjevovod prema slici 8:</p> <p>Ovaj test je implementiran u test6.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>Testiranje KOČNIKA s unaprijed obučenim parametrima</p> <p>Korak obuke svih cjevovoda može se preskočiti opcijom --skipAllTraining. To znači da će se izvršiti samo AUGUSTUS predviđanja, koristeći unaprijed obučene, već postojeće parametre. Na primjer, možete predvidjeti gene pomoću naredbe:</p> <p>Ovaj test je implementiran u test7.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>Testiranje BRAKER-a sa sekvencom genoma</p> <p>Sljedeća naredba će pokrenuti cjevovod bez vanjskih dokaza:</p> <p>Ovaj test je implementiran u test8.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>Testiranje BRAKER-a sa RNA-Seq podacima i --UTR = uključeno</p> <p>Sljedeća naredba će pokrenuti BRAKER s UTR parametrima obuke iz podataka o pokrivenosti RNA-Seq:</p> <p>Ovaj test je implementiran u test9.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>Testiranje BRAKER-a sa RNA-Seq podacima i --addUTR=on</p> <p>Sljedeća komanda će dodati UTR-ove augustus.hints.gtf iz podataka o pokrivenosti RNA-Seq:</p> <p>Ovaj test je implementiran u test10.sh, očekivano vrijeme izvođenja je</p> <p>Pokretanje BRAKER -a na temelju prethodno postojećih BRAKER -ovih pokreta</p> <p>Trenutno ne postoji čist način za ponovno pokretanje neuspjelog pokretanja BRAKER-a (nakon rješavanja nekog problema). Međutim, moguće je pokrenuti novi BRAKER rad na osnovu rezultata iz prethodnog rada -- s obzirom da je stari ciklus dao potrebne međurezultate. U nastavku ćemo se odnositi na stari radni direktorij s varijablom $ <braker_old>, i u novi radni direktorij BRAKER -a sa $ <braker_new>. Datoteka what-to-cite.txt uvijek će se odnositi samo na softver koji je zapravo pozvan određenim pokretanjem. Možda ćete morati kombinirati sadržaj $<braker_new>/what-to-cite.txt sa $<braker_old>/what-to-cite.txt za pripremu publikacije. Sljedeća slika ilustrira na kojim mjestima se može zaustaviti rad kočnice.<p> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_aTmkirq078Noqn62j.png"></p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Slika 10: Bodovi za presretanje pokretanja BRAKER -a i ponovnu upotrebu srednjih rezultata u novom pokretanju BRAKER -a.</p> <p>Opcija 1: pokretanje BRAKER -a s postojećim datotekama (savjetima) prije treninga</p> <p>Ako imate pristup postojećem izlazu BRAKER koji sadrži hintsfiles datoteke generirane iz vanjskih podataka, kao što su RNA-Seq ili proteinske sekvence, ove datoteke sa savjetima možete reciklirati u novom pokretanju BRAKER-a. Također, savjeti iz zasebnog ProtHint pokretanja mogu se direktno koristiti u BRAKER -u.</p> <p>Nagoveštaji se mogu dati BRAKER-u sa --hints $<braker_old>/hintsfile.gff opcija. Ovo je ilustrirano u test datotekama test1_restart1.sh, test2_restart1.sh, test3_restart1.sh, test5_restart1.sh i test7_restart1.sh. Ostali načini (za koje ovaj test nedostaje) ne mogu se ponovo pokrenuti na ovaj način.<p> <p>Opcija 2: pokretanje BRAKER-a nakon što je GeneMark-EX završio, prije treninga AUGUSTUS-a</p> <p>GeneMark rezultat se može dati BRAKER-u sa --geneMarkGtf $<braker_old>/GeneMark-EX/genemark.gtf opcija. Ovo je ilustrovano u test datotekama test1_restart2.sh, test2_restart2.sh, test3_restart2.sh, test5_restart2.sh i test8_restart2.sh. Ostali modovi (za koje nedostaje ovaj test) ne mogu se ponovo pokrenuti na ovaj način.<p> <p>Opcija 3: pokretanje BRAKER -a nakon AUGUSTUS -ove obuke</p> <p>Parametri obučene vrste za AGUSTUS mogu se proslijediti s opcijama --skipAllTraining i --species $ speciesName. Ovo je ilustrirano u test*_restart3.sh datotekama.</p> <p>Prije prijavljivanja grešaka, provjerite koristite li najnovije verzije GeneMark-EX, AUGUSTUS i BRAKER. Takođe, proverite listu uobičajenih problema i listu problema na GitHubu pre nego što prijavite greške. Pratimo otvorena pitanja na GitHubu. Ponekad nismo u mogućnosti da Vam odmah pomognemo, ali se trudimo da rešimo Vaše probleme.</p> <p>Informacije vrijedne pomena u vašem izvještaju o grešci:</p> <p>Provjerite u braker/yourSpecies/braker.log na kojem se koraku braker.pl srušio.</p> <p>Postoji niz drugih datoteka koje bi mogle biti od interesa, ovisno o tome gdje se problem pojavio. Neke od sljedećih datoteka neće biti prisutne ako ne sadrže greške.</p> <p>braker/yourSpecies/errors/bam2hints.*. stderr - dat će detalje o padu bam2hints -a (korak za pretvaranje bam datoteke u intron gff datoteku)</p> <p>braker/yourSpecies/hintsfile.gff - je li ovaj fajl prazan? Ako da, nešto je pošlo po zlu tokom generisanja nagoveštaja - da li ovaj fajl sadrži nagoveštaje iz izvora “b2h” i tipa “intron”? Ako ne: GeneMark-ET se neće moći pravilno izvršiti. Nasuprot tome, GeneMark-EP+ neće se moći pravilno izvršiti ako nedostaju naputci iz izvora "ProtHint".</p> <p>braker/yourSpecies/(align_gthalign_exoneratealign_spaln)/*err - greške prijavljene pomoću alata za poravnanje gth/exonerate/spaln</p> <p>kočnica/vaše vrste/greške/GeneMark-<et,ep>.stderr - greške prijavljene od strane GeneMark -ET/EP+<p> <p>braker/yourSpecies/GeneMark-<et,ep>/genemark.gtf - da li je ovaj fajl prazan? Ako da, nešto je pošlo po zlu tokom izvršavanja GeneMark-ET/EP+<p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>braker/yourSpecies/GeneMark-<et,ep>/genemark.f.good.gtf - je li ova datoteka prazna? Ako da, nešto je pošlo po zlu tijekom filtriranja GeneMark-ET/EP+ gena za obuku AUGUSTUS-a<p> <p>braker/yourSpecies/genbank.good.gb - isprobajte „grep -c LOCUS genbank.good.gb“ da odredite broj gena za obuku AUGUSTUS -a, ne bi trebao biti nizak</p> <p>braker/yourSpecies/errors/firstetraining.stderr - sadrži greške iz prve iteracije obuke AUGUSTUS</p> <p>braker/yourSpecies/errors/secondetraining.stderr - sadrži greške iz druge iteracije obuke AUGUSTUS</p> <p>braker/yourSpecies/errors/optimize_augustus.stderr - sadrži greške optimize_augustus.pl (set dodatnih obuka za AUGUSTUS)</p> <p>braker/yourSpecies/errors/augustus*.stderr - sadrži AUGUSTUS greške u izvršavanju</p> <p>braker/yourSpecies/startAlign.stderr -ako ste dali datoteku proteinske masti i --prg opciju, a ova datoteka nije prazna, nešto je pošlo po zlu tokom poravnavanja proteina</p> <p>braker/yourSpecies/startAlign.stdout - može dati naznake kada je poravnanje proteina pošlo po zlu</p> <p><em>BRAKER se žali da RNA-Seq fajl ne odgovara dostavljenom fajlu genoma, ali sam siguran da fajlovi odgovaraju jedan drugom!</em></p> <p>Molimo provjerite zaglavlja FASTA datoteke genoma. Ako su zaglavlja duga i sadrže razmake, neki alati za poravnanje RNA-Seq će skratiti imena sekvenci u BAM datoteci. To dovodi do greške s BRAKER -om. Rješenje: skratite/pojednostavite FASTA zaglavlja u datoteci genoma prije pokretanja RNA-Seq poravnanja i BRAKER-a.</p> <p><em>Postoje duplicirani Loci u datoteci train.gb (nakon upotrebe GenomeThreader -a)!</em></p> <p>Ovaj problem nastaje ako se koriste zastarjele verzije AUGUSTUS -a i BRAKER -a. Rješenje: Molimo ažurirajte AUGUSTUS i BRAKER sa github-a (https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus, https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER).</p> <p>(a) GeneMark zahtijeva valjanu datoteku skrivenih ključeva u vašem kućnom direktoriju (</p> <p>/.gm_ključ). Fajl ističe nakon 200 dana. Prije nego prijavite problem u vezi s ovim, provjerite imate li valjanu datoteku ključa. Također, BRAKER može izdati UPOZORENJE da će GeneMark vjerojatno propasti zbog ograničenih vanjskih dokaza. Ako vidite to upozorenje, nemojte otvarati pitanje, već pokušajte s drugačijim pristupom označavanju vašeg genoma. Na primjer, možete dodati još podataka o dokazima, možete isprobati pristup cjevovoda za mapiranje proteina, možete pokušati pokrenuti --esmode bez vanjskih dokaza,.</p> <p>(b) GeneMark podrazumevano koristi samo kontige duže od 50k za obuku. Ako imate izrazito fragmentiran sklop, to može dovesti do "nema podataka" za obuku. Zadanu minimalnu dužinu možete nadjačati postavljanjem argumenta BRAKER --min_contig = 10000.</p> <p>(c) pogledajte "[nešto] nije uspjelo izvršiti" ispod.</p> <p><em>[nešto] nije uspjelo izvršiti!</em></p> <p>Prilikom pružanja staza do softvera BRAKER-u, molimo vas da koristite apsolutne, skraćene staze. Na primjer, BRAKER može imati problema sa --SAMTOOLS_PATH =./ Samtools/ ili --SAMTOOLS_PATH =</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>/ samtools/. Umjesto toga koristite SAMTOOLS_PATH =/full/absolute/path/to/samtools/. Ovo se odnosi na sve specifikacije puta kao opcije komandne linije za braker.pl. Relativne putanje i apsolutne putanje neće predstavljati probleme ako umjesto toga izvezete bash varijablu ili ako dodate lokaciju alata vašoj varijabli $PATH.</p> <p><em>BRAKER ne može pronaći Augustusovu skriptu XYZ.</em></p> <p>Ažurirajte Augustus sa githuba pomoću git klona https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git. Nemojte koristiti Augustus iz drugih izvora. BRAKER uvelike ovisi o modernom Augustusu. Izdanja Augustus se događaju prilično rijetko, ažuriranja mape sa skriptama Augustus događaju se prilično često.</p> <p><em>Ovisi li BRAKER o Pythonu 3?</em></p> <p>Da. Python skripte koje koristi BRAKER nisu kompatibilne s Python2.</p> <p><em>Zašto BRAKER predviđa više gena nego što sam očekivao?</em></p> <p>Ako prijenosni elementi (ili slični) nisu odgovarajuće maskirani, AUGUSTUS nastoji predvidjeti te elemente kao gene koji kodiraju proteine. To može dovesti do velikog broja gena. Možete provjeriti je li to slučaj s vašim projektom tako što ćete BLASTING (ili DIAMONDing) predvidjeti proteinske sekvence protiv njih samih (svi naspram svih) i brojiti koliko proteina ima veliki broj visokokvalitetnih rezultata. Rezultat ove analize možete koristiti za podjelu vašeg genskog skupa u dvije grupe: gene koji kodiraju proteine ​​koje želite pronaći i ponavljajuće elemente koji su dodatno predviđeni.</p> <p><em>Pokrećem BRAKER u Anacondi i nešto ne uspijeva.</em></p> <p>Ažurirajte AUGUSTUS i BRAKER sa github-a sa git klonom https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git i git klonom https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER.git. Instalacija Anaconda je odlična, ali se oslanja na izdanja AUGUSTUS-a i BRAKER-a - koji često zaostaju. Umjesto toga, koristite trenutni GitHub kod.</p> <p>Citirajući BRAKER i softver koji naziva BRAKER</p> <p>Budući da je BRAKER protokol koji poziva nekoliko alata za bioinformatiku, objavljivanje rezultata koje je postigao BRAKER zahtijeva da se ne citira samo BRAKER, već i alati koje poziva BRAKER. BRAKER će izbaciti datoteku what-to-cite.txt u radni direktorij BRAKER, obavještavajući vas o tome koji se točni izvori primjenjuju na vaše trčanje.</p> <p>Bruna, T., Hoff, K.J., Lomsadze, A., Stanke, M., & Borodovski, M. (2021). BRAKER2: Automatsko označavanje eukariotskog genoma sa GeneMark-EP+ i AUGUSTUS-om podržano od baze podataka proteina. NAR Genomika i bioinformatika 3 (1): lqaa108, doi: 10.1093/nargab/lqaa108.</p> <p>Hoff, K.J., Lomsadze, A., Borodovski, M. i Stanke, M. (2019). Cijela oznaka genoma s BRAKEROM. Metode Mol Biol. 1962: 65-95, doi: 10.1007/978-1-4939-9173-0_5.</p> <p>Hoff, K.J., Lange, S., Lomsadze, A., Borodovsky, M. i Stanke, M. (2016). BRAKER1: anotacija genoma zasnovana na RNA-Seq sa GeneMark-ET i AUGUSTUS. Bioinformatics, 32 (5): 767-769.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Stanke, M., Diekhans, M., Baertsch, R. i Haussler, D. (2008). Korištenje nativnih i sintenički mapiranih cDNK poravnanja za poboljšanje de novo pronalaženja gena. Bioinformatika, doi: 10.1093/bioinformatika/btn013.</p> <p>Stanke. M., Schöffmann, O., Morgenstern, B. i Waack, S. (2006). Predviđanje gena kod eukariota s generaliziranim skrivenim Markovljevim modelom koji koristi nagoveštaje iz vanjskih izvora. BMC Bioinformatika 7, 62.</p> <p>Ako je bilo koju vrstu AUGUSTUS treninga izvodio BRAKER, pažljivo provjerite da li ste konfigurirali BRAKER da koristi NCBI BLAST ili DIAMOND. Jedan od njih je korišten za filtriranje suvišnih struktura gena za obuku.</p> <p>Ako ste koristili NCBI BLAST, navedite:</p> <p>Altschul, A.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. i Lipman, D.J. (1990). Osnovni alat za pretraživanje lokalnih poravnanja. J Mol Biol 215: 403-410.</p> <p>Camacho, C., Coulouris, G., Avagyan, V., Ma, N., Papadopoulos, J., Bealer, K. i Madden, T.L. (2009). Blast+: arhitektura i aplikacije. BMC bioinformatika, 10 (1): 421.</p> <p>Ako ste koristili DIAMOND, navedite:</p> <ul> <li>Buchfink, B., Xie, C., Huson, D.H. (2015). Brzo i osjetljivo poravnavanje proteina pomoću DIAMOND -a. Prirodne metode 12:59-60.</li></ul> <p>Ako je BRAKER izvršen s fajlom genoma i bez ekstrinzičnih dokaza, citirajte, tada je korišten GeneMark-ES, citirajte:</p> <p>Lomsadze, A., Ter-Hovhannisyan, V., Chernoff, Y.O. i Borodovsky, M. (2005). Identifikacija gena u novim eukariotskim genomima pomoću algoritma za samotreniranje. Istraživanje nukleinskih kiselina, 33(20):6494--6506.</p> <p>Ter-Hovhannisyan, V., Lomsadze, A., Chernoff, Y.O. i Borodovski, M. (2008). Predviđanje gena u novim genomima gljivica korištenjem ab initio algoritma uz obuku bez nadzora. Istraživanje genoma, stranice gr-081612, 2008.</p> <p>Ako je BRAKER pokrenut s proteinima bilo koje filogenetske udaljenosti (--epmode ili --etpmode), navedite sve alate koje koristi protokol ProtHint za generiranje natuknica:</p> <p>Bruna, T., Lomsadze, A. i amp Borodovsky, M. (2020). GeneMark-EP+: predviđanje eukariotskih gena sa samotreniranjem u prostoru gena i proteina. NAR Genomika i bioinformatika, 2(2), lqaa026.</p> <p>Buchfink, B., Xie, C., Huson, D.H. (2015). Brzo i osjetljivo usklađivanje proteina pomoću DIAMOND-a. Prirodne metode 12:59-60.</p> <p>Lomsadze, A., Ter-Hovhannisyan, V., Chernoff, Y.O. i Borodovski, M. (2005). Identifikacija gena u novim eukariotskim genomima pomoću algoritma za samotreniranje. Istraživanje nukleinskih kiselina, 33(20):6494--6506.</p> <p>Iwata, H. i Gotoh, O. (2012). Benčmarking programi za poravnanje spojenih, uključujući Spaln2, proširenu verziju Spalna koja uključuje dodatne karakteristike specifične za vrstu. Istraživanje nukleinskih kiselina, 40 (20), e161-e161.</p> <p>Gotoh, O., Morita, M., Nelson, D. R. (2014). Procjena i usavršavanje predviđanja eukariotske strukture gena s poravnavanjem više proteinskih sekvenci svjesnih strukture gena. BMC bioinformatika, 15 (1), 189.</p> <p>Ako je BRAKER izveden s poravnanjem RNA-Seq u bam-formatu, tada je korišten SAMtools, citirajte:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Li, H., Handsaker, B., Wysoker, A., Fennell, T., Ruan, J., Homer, N., Marth, G., Abecasis, G., Durbin, R. 1000 Podgrupa za obradu podataka o projektu genoma (2009). Format poravnanja redoslijeda/karte i SAMtools. Bioinformatika, 25(16):2078-9.</p> <p>Barnett, D.W., Garrison, E.K., Quinlan, A.R., Strömberg, M.P. i Marth G.T. (2011). BamTools: C++ API i komplet alata za analizu i upravljanje BAM datotekama. Bioinformatika, 27(12):1691-2</p> <p>Ako je BRAKER koristio RNA-Seq poravnanja za generiranje gena za trening, navedite GeneMark-ET:</p> <ul> <li>Lomsadze, A., Paul D.B. i Mark B. (2014) Integracija preslikanih kartona Rna-Seq u automatsku obuku algoritma za pronalaženje eukariotskih gena. Istraživanje nukleinskih kiselina 42(15): e119--e119</li></ul> <p>Ako je BRAKER izveden s proteinima blisko povezanih vrsta, navedite GenomeThreader:</p> <p>Ako je BRAKER pozvao MakeHub za stvaranje čvorišta podataka o stazama za vizualizaciju BRAKER rezultata pomoću UCSC Genome Browser -a, citirajte:</p> <ul> <li>Hoff, K.J. (2019) MakeHub: Potpuno automatizirano generiranje čvorišta za sastavljanje preglednika UCSC Genome Browser. Genomika, proteomika i bioinformatika, u štampi 2020., pretisak na bioarXive, doi: https://doi.org/10.1101/550145.</li></ul> <p>Ako je BRAKER pozvao GUSHR za generiranje UTR -ova, navedite:</p> <p>Keilwagen, J., Hartung, F., Grau, J. (2019) GeMoMa: Predviđanje gena zasnovano na homologiji koristeći podatke o očuvanju položaja introna i podatke o sekvenci RNK. Metode Mol Biol. 1962: 161-177, doi: 10.1007/978-1-4939-9173-0_9.</p> <p>Keilwagen, J., Wenk, M., Erickson, J. L., Schattat, M.H., Grau, J., Hartung F. (2016) Korištenje očuvanja položaja introna za predviđanje gena zasnovano na homologiji. Istraživanje nukleinskih kiselina, 44(9):e89.</p> <p>Keilwagen, J., Hartung, F., Paulini, M., Twardziok, S.O., Grau, J. (2018) Kombinirajući RNA-seq podatke i predviđanje gena zasnovano na homologiji za biljke, životinje i gljive. BMC Bioinformatika, 19(1):189.</p> <p>Sav izvorni kod, tj. Skripte/*. Pl ili skripte/*. Py su pod Umjetničkom licencom (vidi http://www.opensource.org/licenses/artistic-license.php).</p> <p><b>[F1]</b> EX = ES/ET/EP/ETP, sve je dostupno za preuzimanje pod imenom <em>GeneMark-ES/ET/EP</em> ↩ </p> <p><b>[F2]</b> Koristite najnoviju verziju iz glavne podružnice AUGUSTUS-a koju su distribuirali originalni programeri, dostupna je na github-u na https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus. Prijavljeni su problemi korisnika koji su pokušali pokrenuti BRAKER s izdanjima AUGUSTUS -a koje održavaju treće strane, tj. Bioconda. ↩ </p> <p><b>[F3]</b> Nije testirano u ovom izdanju, umjesto toga preporučujemo upotrebu GenomeThreader ↩ </p> <p><b>[F4]</b> instalirajte sa sudo apt-get install cpanminus ↩ </p> <p><b>[F5]</b> GeneMark-EX nije obavezan alat ako se AUGUSTUS treba obučavati iz GenomeThreader aliganata sa opcijom --trainFromGth. ↩ </p> <p><b>[F6]</b> Binarno može npr. nalaze se u bamtools/build/src/toolkit ↩ </p> <p><b>[R0]</b> Tomas Bruna, Katharina J. Hoff, Alexandre Lomsadze, Mario Stanke i Mark Borodvsky. 2021. "BRAKER2: automatsko označavanje eukariotskog genoma sa GeneMark-EP+ i AUGUSTUS podržano bazom podataka o proteinima." <em>NAR genomika i bioinformatika</em> 3(1):lqaa108. ↩ </p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p><b>[R1]</b> Hoff, Katarina J, Simone Lange, Alexandre Lomsadze, Mark Borodovsky i Mario Stanke. 2015. „KOČNIK1: Nenadzirana bilješka genoma zasnovana na Rna-Seq-u sa Genemark-et-om i Augustusom.“ <em>Bioinformatika</em> 32 (5). Oxford University Press: 767-69. ↩ </p> <p><b>[R2]</b> Lomsadze, Alexandre, Paul D Burns i Mark Borodovsky. 2014. „Integracija mapiranih Rna-Seq očitavanja u automatsku obuku algoritma za pronalaženje eukariotskih gena.“ <em>Istraživanje nukleinskih kiselina</em> 42 (15). Oxford University Press: e119-e119. ↩ </p> <p><b>[R3]</b> Stanke, Mario, Mark Diekhans, Robert Baertsch i David Haussler. 2008. “Upotreba nativnih i sintenički mapiranih cDNK poravnanja za poboljšanje pronalaženja de Novo gena.” <em>Bioinformatika</em> 24 (5). Oxford University Press: 637-44. ↩ </p> <p><b>[R4]</b> Stanke, Mario, Oliver Schöffmann, Burkhard Morgenstern i Stephan Waack. 2006. “Predviđanje gena kod eukariota s generaliziranim skrivenim Markovljevim modelom koji koristi savjete iz vanjskih izvora.” <em>BMC Bioinformatics</em> 7 (1). BioMed Central: 62. ↩ </p> <p><b>[R5]</b> Barnett, Derek W, Erik K Garrison, Aaron R Quinlan, Michael P Strömberg i Gabor T Marth. 2011. “BamTools: C ++ API i komplet alata za analizu i upravljanje Bam datotekama.” <em>Bioinformatika</em> 27 (12). Oxford University Press: 1691-2. ↩ </p> <p><b>[R6]</b> Li, Heng, Handsaker, Bob, Alec Wysoker, Tim Fennell, Jue Ruan, Nils Homer, Gabor Marth, Goncalo Abecasis i Richard Durbin. 2009. „Format poravnanja niza/format karte i Samtools.“ <em>Bioinformatika</em> 25 (16). Oxford University Press: 2078--9. ↩ </p> <p><b>[R7]</b> Gremme, G. 2013. “Proračunsko predviđanje strukture gena.” Doktorski rad, Universität Hamburg. ↩ </p> <p><b>[R8]</b> Gotoh, Osamu. 2008a. "Prostorno efikasna i precizna metoda za mapiranje i poravnavanje sekvenci cDNA na genomski niz." <em>Istraživanje nukleinskih kiselina</em> 36 (8). Oxford University Press: 2630-8. ↩ </p> <p><b>[R9]</b> Iwata, Hiroaki i Osamu Gotoh. 2012. “Benčmarking programi za usklađivanje spajanja, uključujući Spaln2, proširenu verziju Spalna koja uključuje dodatne karakteristike specifične za vrste.” <em>Istraživanje nukleinskih kiselina</em> 40 (20). Oxford University Press: e161--e161. ↩ </p> <p><b>[R10]</b> Osamu Gotoh. 2008b. "Direktno mapiranje i poravnavanje proteinskih sekvenci u genomski niz." <em>Bioinformatika</em> 24 (21). Oxford University Press: 2438--44. ↩ </p> <p><b>[R11]</b> Slater, Guy St C i Ewan Birney. 2005. "Automatizirano generiranje heuristike za usporedbu bioloških sekvenci." <em>BMC Bioinformatics</em> 6(1). BioMed Central: 31. prosinca </p> <p><b>[R12]</b> Altschul, S.F., W. Gish, W. Miller, E.W. Myers i D.J. Lipman. 1990. “Basic Local Alignment Search Tool.” <em>Journal of Molecular Biology</em> 215:403--10. ↩ </p> <p><b>[R13]</b> Camacho, Christiam, et al. 2009. „BLAST+: arhitektura i aplikacije.“ <em>BMC Bioinformatics</em> 1(1): 421. ↩ </p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p><b>[R14]</b> Lomsadze, A., V. Ter-Hovhannisyan, Y.O. Chernoff i M. Borodovsky. 2005. "Identifikacija gena u novim eukariotskim genomima pomoću algoritma za samotreniranje." <em>Istraživanje nukleinskih kiselina</em> 33 (20): 6494-6506. doi: 10.1093/nar/gki937. ↩ </p> <p><b>[R15]</b> Ter-Hovhannisyan, Vardges, Alexandre Lomsadze, Yury O Chernoff i Mark Borodovski. 2008. “Predviđanje gena u novim genomima gljivica korištenjem algoritma Ab Initio uz obuku bez nadzora.” <em>Genome Research</em>. Cold Spring Harbour Lab, gr-081612. ↩ </p> <p><b>[R16]</b> Hoff, K.J. 2019. MakeHub: Potpuno automatizirana generacija UCSC Genome Browser Assembly Hubs. <em>Genomika, proteomika i bioinformatika</em>, u štampi, pretisak na bioarXive, doi: https://doi.org/10.1101/550145. ↩ </p> <p><b>[R17]</b> Bruna, T., Lomsadze, A., & amp Borodovsky, M. 2020. GeneMark-EP+: predviđanje eukariotskih gena sa samotreniranjem u prostoru gena i proteina. NAR genomika i bioinformatika, 2 (2), lqaa026. doi: https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa026. ↩ </p> <p><b>[R18]</b> Kriventseva, EV, Kuznetsov, D., Tegenfeldt, F., Manni, M., Dias, R., Simão, FA i Zdobnov, EM 2019. OrthoDB v10: uzorkovanje raznolikosti životinja, biljaka, gljivica, protista, bakterija i virusni genomi za evolucijske i funkcionalne bilješke ortologa. Istraživanje nukleinskih kiselina, 47(D1), D807-D811. ↩ </p> <p><b>[R19]</b> Keilwagen, J., Hartung, F., Grau, J. (2019) GeMoMa: Predviđanje gena zasnovano na homologiji koristeći podatke o očuvanju položaja introna i podatke o sekvenci RNA. Metode Mol Biol. 1962: 161-177, doi: 10.1007/978-1-4939-9173-0_9. ↩ </p> <p><b>[R20]</b> Keilwagen, J., Wenk, M., Erickson, J. L., Schattat, M.H., Grau, J., Hartung F. (2016) Korištenje očuvanja položaja introna za predviđanje gena zasnovano na homologiji. Istraživanje nukleinskih kiselina, 44 (9): e89. ↩ </p> <p><b>[R21]</b> Keilwagen, J., Hartung, F., Paulini, M., Twardziok, S.O., Grau, J. (2018) Kombinirajući RNA-seq podatke i predviđanje gena zasnovano na homologiji za biljke, životinje i gljive. BMC Bioinformatics, 19 (1): 189. ↩ </p> <br> <h2>Old Releases</h2> <p>Nedavna izdanja Biopythona zahtijevaju NumPy (a ne Numeric):</p> <ul> 15Mb - izvorni tarball 16Mb - izvorna zip datoteka </ul><ul> 15Mb - Izvorni Tarball 16Mb - Izvorni Zip fajl 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 2.7 i NumPy 1.11.0 2Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 2.7 i NumPy 1.11.0 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 3.3 i NumPy 1.10.2 2Mb – 32-bitni Windows .msi instalacijski program za Python 3.3 i NumPy 1.10.2 2Mb – 32-bitni Windows .exe instalacijski program za Python 3.4 i NumPy 1.11.0 2 bitni program za Windows Python 3.1.0 2Mb 2Mb i NumPy 1.11.0 3Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 3.5 i NumPy 1.11.1 3Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 3.5 i NumPy 1.11.1 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 3.6 i NumPy 1.11.3 2Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 3.6 i NumPy 1.11.3 </ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <ul> 14Mb - Izvorni Tarball 15Mb - Izvorna Zip datoteka 2Mb - 32 -bitni Windows .exe instalater za Python 2.6 i NumPy 1.8.2 2Mb - 32 -bitni Windows .exe instalater za Python 2.7 i NumPy 1.11.0 2Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 2.7 i NumPy 1.11.0 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 3.3 i NumPy 1.10.2 2Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 3.3 i NumPy 1.10.2 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 3.4 i NumPy 1.11.0 2Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 3.4 i NumPy 1.11.0 2Mb - 32 -bitni Windows .exe instalater za Python 3.5 i NumPy 1.11.1 2Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 3.5 i NumPy 1.11.1 </ul><ul> 14Mb - Izvorni Tarball 15Mb - Izvorni Zip fajl 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 2.6 i NumPy 1.8.2 2Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 2.6 i NumPy 1.8.2 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 2.7 i NumPy 1.9.1 2Mb – 32-bitni Windows .exe instalacijski program za Python 2.7 i NumPy 1.9.1 2Mb – 32-bitni Windows .exe instalacijski program za Python 3.3 i NumPy 1.9.1 2Mb – 32-bitni Windows .exe instalacijski program. i NumPy 1.9.1 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 3.4 i NumPy 1.9.1 2Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 3.4 i NumPy 1.9.1 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 3.4 i NumPy 1.9.3 2Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 3.4 i NumPy 1.9.3 </ul><ul> 14Mb - Izvorni Tarball 15Mb - Izvorni Zip fajl 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 2.6 i NumPy 1.8.2 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 2.7 i NumPy 1.9.1 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 3.3 i NumPy 1.9.1 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 3.4 i NumPy 1.9.1 2Mb - 32 -bitni Windows .exe Installer za Python 3.5 2Mb - 32 -bitni Windows .msi Installer za Python 3.5 </ul><ul> 13Mb – Izvorni Tarball 14Mb – Izvorni Zip fajl 2Mb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.8.2 2Mb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 1.9.1 2Mb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.6.1.1. 1 2Mb – 32-bitni Windows Installer za Python 3.4 i NumPy 1.9.1 </ul><ul> 12Mb – Izvorni Tarball 13Mb – Izvorni Zip fajl 2Mb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.8.1 2Mb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 1.8.1 2Mb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.6.1. 1 2 MB - 32 -bitni Windows Installer za Python 3.4 i NumPy 1.8.1 </ul><ul> 11Mb - Izvorni Tarball 12Mb - Izvorna Zip datoteka 2Mb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.7 2Mb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 1.7 2Mb - 32 -bitni Windows Installer za Python 3.3 i NumPy 1.7 </ul><ul> 11,123 Kb – Izvorni Tarball 12,111 Kb – Izvorni Zip fajl 1,877 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.7 2,003 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 32-bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 32-bitni Windows Installer 1.7 K NuyP 1.7 K bit 1.7 P Num2. </ul><ul> 11,123 Kb - Izvorni Tarball 12,111 Kb - Izvorni Zip fajl 1,852 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 1,877 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.3 2,003 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 1.5 2,005 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 3.3 i NumPy 1.7 </ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <ul> 10,658 Kb - Izvor Tarball (<em>beta izdanje</em>, 15. juli 2013.) 11.607 Kb – Izvorni Zip fajl 1.661 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 1.686 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 3.2-bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 3.2 P 1.3 Kb 1.3 Kb. 1,814 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 3.3 i NumPy 1.7 </ul><ul> 10,311 Kb - Izvorni Tarball (5. februar 2013) 11,198 Kb - Izvorna Zip datoteka 1,612 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 1,637 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.3 1,764 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 1.5 1.757 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 3.2 i NumPy 1.5 (<em>beta</em> status za testiranje) 1,750 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 3.3 i NumPy 1.7 (<em>beta</em> status za testiranje) </ul><ul> 9.280 Kb – Izvorni Tarball (25. jun 2012.) 10.051 Kb – Izvorni Zip fajl 1.469 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 1.492 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.6, 16-bitni Windows 2.6, 16-bitni Windows 16. Instalacijski program za Python 2.7 i NumPy 1.5 1,611 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 3.2 i NumPy 1.5 (<em>beta</em> status za testiranje) </ul><ul> 8.377 Kb – Izvorni Tarball (24. februar 2012.) 9.127 Kb – Izvorni Zip fajl 1.440 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 1.463 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.6 bit 2.0b 32-bitni Windows Installer – Windows 1.6, 2.0b bit Python 2.7 i NumPy 1.5 </ul><ul> 7.847 Kb – Izvorni Tarball (18. avgust 2011.) 8.474 Kb – Izvorni Zip fajl 1.427 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.4 (koji više ne podržavamo zvanično) i NumPy 1.1 1.428 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 1P2. 1.450 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.3 1.577 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 1.5 </ul><ul> 6.783 Kb – Izvorni Tarball (2. april 2011.) 7.446 Kb – Izvorni Zip fajl 1.405 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.4 (koji više ne podržavamo zvanično) i NumPy 1.1 1.405 Kb – 32-bitni Windows Installer1.1P za Python 2.4. 1,428 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.3 1,555 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 1.5 </ul><ul> 6.778 Kb – Izvorni Tarball (26. novembar 2010.) 7.347 Kb – Izvorni Zip fajl 1.429 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1.429 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.5 bit – 15 bita za Windows Python 2.6 i NumPy 1.3 1,578 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 1.5 </ul><ul> 6,493 Kb - Izvorni Tarball (31. kolovoza 2010) 7,058 Kb - Zip datoteka izvora 1,448 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1,449 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 1,471 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.3 1,598 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.7 i NumPy 1.5 </ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <ul> 6,428 Kb - Izvorni Tarball (18. kolovoza 2010.) 6.996 Kb - Zip datoteka izvora 1.451 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1.451 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 1.474 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.3 </ul><ul> 6.295 Kb – Izvorni Tarball (20. maj 2010.) 6.859 Kb – Izvorni Zip fajl 1.434 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1.434 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 14 bit 14 Kb – 14 bit Windows 14.5. za Python 2.6 i NumPy 1.3 </ul><ul> 6,554 Kb - Izvorni Tarball (2. travnja 2010.) 7,118 Kb - Zip datoteka izvora 1,426 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1,427 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 1,456 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.3 </ul><ul> 4.185 Kb – Izvorni Tarball (15. decembar 2009.) 4.652 Kb – Izvorni Zip fajl 1.129 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1.130 Kb – 32-bitni Windows Installer za Python i Num15 bit 1.3. za Python 2.6 i NumPy 1.3 </ul><ul> 5,486 Kb - Izvorni Tarball (22. rujna 2009.) 5.930 Kb - Izvorna Zip datoteka 1.107 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1.108 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 1.147 Kb - 32 -bitni Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.3 </ul><ul> 5.428 Kb - Izvorni Tarball (17. kolovoza 2009.) 5.922 Kb - Izvorna Zip datoteka 1.166 Kb - Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1.167 Kb - Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 1.206 Kb - Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.3 </ul><ul> 5.172 Kb – Izvorni Tarball (23. jun 2009.) 5.605 Kb – Izvorni Zip fajl 1.161 Kb – Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1.161 Kb – Windows Installer za Python 2.5 i NumPy16 Py 16 P za instalaciju 2.5 i NumPy16 Py 11. </ul><ul> 4.550 Kb – Izvorni Tarball (20. april 2009.) 4.988 Kb – Izvorni Zip fajl 1.228 Kb – Windows Installer za Python 2.3 i NumPy 1.1 1.232 Kb – Windows Installer za Python 2.4 i NumPy1, 1.2 P za instalaciju za Windows 2.4 i NumPy1, 1.2. 1,270 Kb - Windows Installer za Python 2.6 i NumPy 1.3 </ul><ul> 4,788 Kb (3. april 2009.) 5,250 Kb 1,226 Kb – Windows Installer za Python 2.3 i NumPy 1.1 1,230 Kb – Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1,230 Kb za Windows Installer 1,230 Kb za Windows Installer 1,230 Kb za Windows 8. Py. 2.6 i NumPy 1.3 </ul><ul> 4.052 Kb (21. novembar 2008.) 4.498 Kb 1.111 Kb – Windows Installer za Python 2.3 i NumPy 1.1 1.115 Kb – Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1.1 i Windows Installer 1.115 K za instalaciju Windowsa 1.115 K. </ul><ul> 4,331 Kb (7. studenog 2008) 4,780 Kb 1.109 Kb - Windows Installer za Python 2.3 i NumPy 1.1 1.113 Kb - Windows Installer za Python 2.4 i NumPy 1.1 1.114 Kb - Windows Installer za Python 2.5 i NumPy 1.1 </ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Imajte na umu da Biopython 1.48 i stariji zahtijevaju Numeričku biblioteku, a ne njenu zamjenu NumPy. Windows instalacijski programi za Python 2.4 i starije dostupni su na web stranici Numerical Python. Windows instalater za Numeric 24.2 za Python 2.5 dostupan je ovdje:</p> <p>Imajte na umu da je Biopython 1.48 i stariji koristio mxTextTools 2.0 u nekim od raščlanjivača. Bilo je nekoliko nedoumica sa mxTextTools 3.0, tako da je idealno instalirati stariji mxTextTools 2.0.</p> <br> <h2>I/O funkcije</h2> <p>Omotači za podržane formate datoteka dostupni su s najvišeg nivoa modula:</p> <p>Kao i SeqIO i AlignIO, ovaj modul nudi četiri I/O funkcije: parse (), read (), write () i convert (). Svaka funkcija prihvaća ili naziv datoteke ili otvorenu datoteku, pa se podaci mogu učitati i iz komprimiranih datoteka, StringIO objekata itd. Ako se naziv datoteke proslijedi kao niz, datoteka se automatski zatvara kada funkcija završi na drugi način, sami ste odgovorni za zatvaranje ručice.</p> <p>Drugi argument svake funkcije je ciljni format. Trenutno su podržani sljedeći formati:</p> <p>Pogledajte stranicu PhyloXML za više primjera korištenja objekata stabla.</p> <h3>Parse ()</h3> <p>Postupno raščlanjujte svako stablo u datoj datoteci ili ručki, vraćajući iterator Tree objekata (tj. Neku podklasu klase Bio.Phylo.BaseTree Tree, ovisno o formatu datoteke).</p> <p>Ako postoji samo jedno stablo, tada će ga vratiti metoda next () na generiranom generatoru.</p> <p>Imajte na umu da ovo ne otkriva odmah ima li preostalih stabala - ako to želite provjeriti, umjesto toga koristite read ().</p> <p>Parsirajte i vratite tačno jedno stablo iz date datoteke ili ručke. Ako datoteka sadrži nulu ili više stabala, pojavljuje se ValueError. Ovo je korisno ako znate da datoteka sadrži samo jedno stablo, da biste učitali taj objekt stabla izravno, a ne putem parse () i next (), i kao sigurnosnu provjeru kako biste osigurali da ulazna datoteka zapravo sadrži točno jedno filogenetsko stablo na vrhunski nivo.</p> <p>Ako imate svoje podatke stabla već učitane kao Python string, možete ih raščlaniti uz pomoć StringIO (u Pythonovoj standardnoj biblioteci):</p> <p>Ostale I/O funkcije se također mogu koristiti sa StringIO.</p> <p>(Opšti savjet: ako pišete u StringIO objekt i želite ponovo pročitati sadržaj, morat ćete pozvati metodu seek(0) da pomjerite ručicu nazad na početak StringIO podataka – isto kao i otvoreni Primjere toga pogledajte u jediničnim testovima za Phylo u izvornom kodu Biopythona.</p> <h3>Pisati()</h3> <p>Napišite niz objekata stabla u datu datoteku ili ručku. Dodavanje jednog objekta stabla umjesto liste ili iterabilnog će također funkcionirati (vidi, Phylo je prijateljski nastrojen).</p> <h3>Pretvoriti()</h3> <p>S obzirom na dvije datoteke (ili ručke) i dva formata, oba podržana od strane Bio.Phylo, pretvaraju prvu datoteku iz prvog formata u drugi format, ispisujući izlaz u drugu datoteku.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <h3>Podmoduli</h3> <p>Unutar Phylo modula nalaze se raščlanjivači i pisci za određene formate datoteka, u skladu s osnovnim API-jem najvišeg nivoa i ponekad dodavanjem dodatnih funkcija.</p> <p><strong>PhyloXMLIO:</strong> Podrška za phyloXML format. Za detalje pogledajte stranicu PhyloXML.</p> <p><strong>NeXMLIO:</strong> Podrška za NeXML format.</p> <p><strong>NewickIO:</strong> Port raščlanjivača u Bio.Nexus.Trees za podršku Newick (poznat i kao New Hampshire) format putem Phylo API -ja.</p> <p><strong>NexusIO:</strong> Omotači oko Bio.Nexusa za podršku formatu Nexus stabla.</p> <p><strong>CDAOIO:</strong> Podrška za Ontologiju uporedne analize podataka (CDAO). Zahtijeva RDFlib.</p> <p>Nexus format zapravo sadrži nekoliko podformata za različite vrste podataka koji predstavljaju stabla, Nexus pruža blok koji sadrži neke metapodatke i jedno ili više stabala Newick-a (druga vrsta Nexus bloka može predstavljati poravnanja kojima se rukuje u AlignIO. Dakle, za raščlanjivanje a dovršite Nexus datoteku sa svim vrstama blokova koji se obrađuju, koristite Bio.Nexus izravno, a za vađenje samo drveća koristite Bio.Phylo.</p> <br> <h2>Implementacija</h2> <p>Primarni ciljevi dizajna za NuclearBLAST bili su pružiti biolozima centraliziran sistem u kojem se rezultati BLAST -a mogu lako kreirati i dohvatiti, sistem za skladištenje relacijske baze podataka koji se može lako iskopati za komparativne analize i program koji bi iskoristio prednosti klasteriranih računalnih resursa za povećanje propusnost velikih BLAST poslova. Sekundarni cilj bio je osmisliti rješenje otvorenog koda i slobodno dostupno. To nas je dovelo do toga da smo prvenstveno koristili brojne softverske pakete otvorenog koda u implementaciji NuclearBLAST-a, uključujući BioPerl, Apache, PHP i MySQL, kao i korištenje Linuxa kao osnovnog operativnog sistema [2-5].</p> <p>Web preglednik odabran je kao sučelje za NuclearBLAST jer pruža široko korišteno, prepoznatljivo, globalno dostupno, sučelje neovisno o platformi. Apache web server pruža kontrolu pristupa i šifrovane veze ako korisnik želi da osigura svoju instalaciju. BioPerl pruža modul za raščlanjivanje vraćenih BLAST rezultata koji se zatim učitavaju u bazu podataka MySQL. Sve informacije o traženim BLAST pretragama se učitavaju u bazu podataka i status svakog upita u poslu se prati u bazi podataka. Ovaj klijent server dizajn programa omogućava upotrebu više računara koji izvode BLAST analize u klasterizovanom okruženju koristeći softverski paket za upravljanje poslovima kao što je PBS (Portable Batch System) [6]. NuclearBLAST se može grupirati sa samo nekoliko laboratorijskih računara koji se koriste kao radni čvorovi u vreme zastoja ili isto toliko kao namenska računarska farma. Minimalna instalacija NuclearBLAST -a zahtijeva tipičnu mašinu radne stanice koja djeluje i kao poslužitelj i kao radnik.</p> <p>Kako bismo bazu podataka MySQL zadržali na upravljivoj veličini i smanjili suvišne podatke u sistemu, odlučili smo se za korištenje BLAST -ovog formata baze podataka kao jedino spremište podataka o redoslijedu u programu. U bazu podataka MySQL pohranjeni su samo nazivi sekvenci unutar svakog skupa podataka i minimalna količina metapodataka. Također smo smanjili veličinu baze podataka pohranjivanjem svih statističkih podataka u bazu podataka, ali isključujući stvarna poravnanja. Na zahtjev, poravnanja se ponovno stvaraju u hodu izdvajanjem dvije sekvence iz baza podataka BLAST i miniranjem ih jedna na drugu pomoću bl2seq.</p> <br> <h2>1.7: Komandna linija BLAST - Biologija</h2> <p><img src=""></p> <p><strong>Beta verzija:</strong> <strong>GitHub Master:</strong></p> <p>SequenceServer - BLAST pretraživanje je olakšano!</p> <p>SequenceServer vam omogućava da brzo postavite BLAST+ server sa intuitivnim korisničkim interfejsom za ličnu ili grupnu upotrebu.</p> <p>Ako koristite SequenceServer, navedite:</p> <p>Za upute za instalaciju i kako koristiti SequenceServer pogledajte https://sequenceserver.com/#installation.</p> <p>Ako želite pokrenuti SequenceServer izravno iz izvornog koda, pogledajte dolje odjeljak 'Razvoj i doprinos'.</p> <p>SequenceServer 2.0 uključuje tri nove vizualizacije koje pomažu u tumačenju BLAST rezultata, omogućava dijeljenje BLAST rezultata i vizualizaciju eksterno generirane BLAST XML datoteke (uključujući i iz DIAMOND -a), uklanja ograničenje od 30 pogodaka za preuzimanje FASTA -e i dodaje mogućnost preuzimanja poravnanja u paru, bolje je opremljeno za rukovanje dugotrajnim BLAST poslovima i prikazivanje velikih rezultata pretraživanja (hiljade pogodaka), podržava BLAST 2.10.0+ i novi format baze podataka (uključujući migraciju vaših starih baza podataka u novi format), sadrži dodatne udice za integraciju kao dio druge web stranice i nekoliko drugih poboljšanja ispod haube.</p> <p>Pročitajte više o SequenceServer 2.0 i opsežnom testiranju izdanja kandidata od strane zajednice: https://groups.google.com/d/msg/sequenceserver/c98ePBzcuVE/lN-S35jVHgAJ.</p> <p>Nova izdanja kandidata najavljena su na stranici izdanja GitHub i u Google grupi, dok naša projektna ploča GitHub pruža pregled onoga što preostaje za prelazak s kandidata na stabilno izdanje.</p> <p>Pozivamo vas da isprobate najnovije izdanje kandidata i pomognete nam tako što ćete prijaviti sve probleme na koje možete naići sa svojim postavljanjem (upute u nastavku).</p> <p>Da biste dobili najnovije izdanje 2.0 (beta), pokrenite:</p> <p>Ako ste tek upoznali gornju naredbu, pogledajte odjeljak 'Instaliraj ili ažuriraj' na našoj web stranici http://sequenceserver.com.</p> <p>Ako želite da pokrenete SequenceServer beta direktno iz izvornog koda, pogledajte odjeljak 'Razvijanje i doprinos' u nastavku.</p> <p>Za razvoj i doprinos, morat ćete pokrenuti SequenceServer iz izvora.</p> <p>Pokrenite SequenceServer iz izvornog koda</p> <p>Ako ne planirate razvoj, možete preskočiti instaliranje razvojnih ovisnosti pokretanjem bundle install --without = development.</p> <p>Izmjena koda</p> <p>Tokom razvoja, trebali biste koristiti -D opciju za pokretanje SequenceServera u razvojnom načinu rada. U ovom načinu rada SequenceServer se detaljno prijavljuje i koristi neobrađene datoteke s prednjeg kraja.</p> <p>Trebat će vam Node i npm ako želite izmijeniti i izgraditi prednji kod:</p> <p>Ili, ako koristite docker, možete sastaviti kôd sučelja i uključiti ga u sliku navođenjem '--target = minify' naredbi docker build:</p> <p>Za testiranje koristimo RSpec i Capybaru. Naš testni paket pokriva 87% baze podataka. Pokretanje svih testova može potrajati dosta vremena (</p> <p>2 sata). Preporučujemo korištenje Travisa za automatsko pokretanje svih testova kada gurnete kôd na vilicu. Testovi se takođe pokreću automatski kada otvorite zahtev za povlačenje (pogledajte odeljak Dobivanje spajanja koda ispod). Iako ponekad može biti poželjno pokrenuti jedan test, cijelu datoteku ili sve testove lokalno:</p> <p>Da biste pokrenuli jedan test (poznat i kao scenario):</p> <p>Za pokretanje svih testova u jednoj datoteci:</p> <p>Molimo otvorite pull-request na GitHubu da biste spojili kôd. Naš testni paket i CodeClimate sistem za statičku analizu koda automatski će se pokrenuti na vaš pull-request. Ovo bi trebalo proći da bi se vaš kod spojio. Ako želite da dodate novu funkciju SequenceServeru, dodajte i testove. Osim toga, kôd bi trebao biti usklađen s rubocopom i eslintom, te čvrsto omotan do 80 znakova po retku.</p> <p>Ako promijenite frontend kod (JavaScript i CSS), napravite (tj. minimizirajte i komprimirajte) i urezujte rezultirajuće JS i CSS pakete prije otvaranja zahtjeva za povlačenjem. To je zato što paket za testiranje pokreće SequenceServer u produkcijskom načinu rada.</p> <p>I stare stabilne i nove beta verzije SequenceServera dostupne su kao Docker slike.</p> <p>Ovo će koristiti novo beta izdanje SequenceServera. Da biste koristili staro stabilno izdanje, dodajte oznaku verzije naredbi:</p> <p><center> <div class="addthis_inline_share_toolbox"></div> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <br> <!-- MGID --> <!-- Composite Start --> <div id="M657953ScriptRootC1038348"> </div> <script>var s1= document.location.host; </script> <script src="https://jsc.mgid.com/l/e/leskanaris.com.1038348.js" async> </script> <!-- Composite End --> <!-- //MGID --> </center></p> <h2>Pogledajte video: Energija,Frekvencija i Vibracija (Decembar 2022).</h2> <iframe class="g-youtube" src="https://www.youtube.com/embed/nuzGBwtbiV8" frameborder="0" allowfullscreen></iframe> <div class="ag-box"><center> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> </center></div> </div> </div> </article> <div class="related-wrap single-el is-light-text iron-animated-image iron-fade"> <div class="related-heading widget-title"> <h3>Zanimljivi Članci</h3> </div> <div class="related-content-wrap"> <div class="related-el col-sm-4 col-xs-12"> <article class="post-wrap post-small-grid iron-animated-image iron-fade"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <a href="/2782-which-processes-are-included-in-the-process-called-ce.html" title="Koji su procesi uključeni u proces koji se naziva ćelija koje same jedu?" rel="bookmark"> <img style="width:230px; height:153px;" width="360" height="240" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/2782/image_kXcoZ9vig6dlxS.png" class="attachment-raspberry_iron_360x240 size-raspberry_iron_360x240 wp-post-image" alt="" /></a></div> <!--#thumb wrap--> </div> <div class="post-header"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <h3 class="post-title is-small-title"> <a href="/2782-which-processes-are-included-in-the-process-called-ce.html" rel="bookmark" title="Koji su procesi uključeni u proces koji se naziva ćelija koje same jedu?">Koji su procesi uključeni u proces koji se naziva ćelija koje same jedu?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <span class="meta-info-icon"><i class="pe-7s-date"></i></span> <time class="date updated">December 3,2022</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post mini grid--> </div><div class="related-el col-sm-4 col-xs-12"> <article class="post-wrap post-small-grid iron-animated-image iron-fade"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <a href="/9532-why-do-humans-have-digestive-system-present-at-front.html" title="Zašto ljudi imaju probavni sistem napred, a bubrege pozadi?" rel="bookmark"> <img style="width:230px; height:153px;" width="360" height="240" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/9532/image_9vdbhOmJ9fhzF.jpg" class="attachment-raspberry_iron_360x240 size-raspberry_iron_360x240 wp-post-image" alt="" /></a></div> <!--#thumb wrap--> </div> <div class="post-header"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <h3 class="post-title is-small-title"> <a href="/9532-why-do-humans-have-digestive-system-present-at-front.html" rel="bookmark" title="Zašto ljudi imaju probavni sistem napred, a bubrege pozadi?">Zašto ljudi imaju probavni sistem napred, a bubrege pozadi?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <span class="meta-info-icon"><i class="pe-7s-date"></i></span> <time class="date updated">December 3,2022</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post mini grid--> </div><div class="related-el col-sm-4 col-xs-12"> <article class="post-wrap post-small-grid iron-animated-image iron-fade"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <a href="/12658-how-does-phosphorylation-of-glucose-maintain-concent.html" title="Kako 'fosforilacija glukoze' održava gradijent koncentracije u membranskom transportu (olakšana difuzija)?" rel="bookmark"> <img style="width:230px; height:153px;" width="360" height="240" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/12658/image_64SmAC0sz1EnSpbb6r.jpg" class="attachment-raspberry_iron_360x240 size-raspberry_iron_360x240 wp-post-image" alt="" /></a></div> <!--#thumb wrap--> </div> <div class="post-header"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <h3 class="post-title is-small-title"> <a href="/12658-how-does-phosphorylation-of-glucose-maintain-concent.html" rel="bookmark" title="Kako 'fosforilacija glukoze' održava gradijent koncentracije u membranskom transportu (olakšana difuzija)?">Kako 'fosforilacija glukoze' održava gradijent koncentracije u membranskom transportu (olakšana difuzija)?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <span class="meta-info-icon"><i class="pe-7s-date"></i></span> <time class="date updated">December 3,2022</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post mini grid--> </div> </div> </div> </div> <!--#page inner--> <!--#iron container--> <div class="sidebar-wrap col-md-4 col-sm-12"> <div class="iron-sidebar-sticky"> <div class="sidebar-inner"> <center > <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <br /></center> <aside class="widget post-widget"> <div class="widget-title"> <h3>Preporučena</h3> <div class="header-divider"></div> </div> <div class="post-widget-inner"> <div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/5049-why-is-mus-musculus-a-good-model-organism.html" title="Zašto je Mus Musculus dobar model organizma?" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/5049/image_peqVmZyqEQGyhaKrsw0k.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="Zašto je Mus Musculus dobar model organizma?" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/5049-why-is-mus-musculus-a-good-model-organism.html" rel="bookmark" title="Zašto je Mus Musculus dobar model organizma?">Zašto je Mus Musculus dobar model organizma?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">Informacije</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/2343-when-do-fireflies-glow-in-their-lifetime.html" title="Kada krijesnice svijetle tokom života?" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/2343/image_wDh8d6mYa4D7HLA2HRC.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="Kada krijesnice svijetle tokom života?" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/2343-when-do-fireflies-glow-in-their-lifetime.html" rel="bookmark" title="Kada krijesnice svijetle tokom života?">Kada krijesnice svijetle tokom života?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">Informacije</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/12427-is-there-in-vivo-evidence-of-amyloid-beta-toxicity.html" title="Postoje li in vivo dokazi o amiloidnoj beta toksičnosti?" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/12427/image_izzx13NGXoOCTqn.png" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="Postoje li in vivo dokazi o amiloidnoj beta toksičnosti?" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/12427-is-there-in-vivo-evidence-of-amyloid-beta-toxicity.html" rel="bookmark" title="Postoje li in vivo dokazi o amiloidnoj beta toksičnosti?">Postoje li in vivo dokazi o amiloidnoj beta toksičnosti?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">Informacije</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div> </div> <div style="padding: 15px 0 15px 0"><center> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> </center></div> <div class="widget-title"> <h3>Popularni Postovi, 2022</h3> <div class="header-divider"></div> </div> <div class="post-widget-inner"> <div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/2142-excretion-and-metabolic-waste.html" title="Izlučivanje i metabolički otpad?" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/2142/image_zpVcR0IZlNufTtVS7uH.png" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="Izlučivanje i metabolički otpad?" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/2142-excretion-and-metabolic-waste.html" rel="bookmark" title="Izlučivanje i metabolički otpad?">Izlučivanje i metabolički otpad?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">Informacije</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/11591-how-are-mitochondrial-diseases-like-merrf-inherited.html" title="Kako se mitohondrijalne bolesti poput MERRF-a nasljeđuju?" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/big/11591/bs-how-are-mitochondrial-diseases-like-merrf-inherited.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="Kako se mitohondrijalne bolesti poput MERRF-a nasljeđuju?" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/11591-how-are-mitochondrial-diseases-like-merrf-inherited.html" rel="bookmark" title="Kako se mitohondrijalne bolesti poput MERRF-a nasljeđuju?">Kako se mitohondrijalne bolesti poput MERRF-a nasljeđuju?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">Informacije</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/10670-merge-several-ab1-sequence-files-into-a-single-fasta.html" title="Spojiti nekoliko datoteka .ab1 sekvence u jednu FASTA datoteku?" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/10670/image_huiouu46zgJr5yMgHGgnOXuu.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="Spojiti nekoliko datoteka .ab1 sekvence u jednu FASTA datoteku?" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/10670-merge-several-ab1-sequence-files-into-a-single-fasta.html" rel="bookmark" title="Spojiti nekoliko datoteka .ab1 sekvence u jednu FASTA datoteku?">Spojiti nekoliko datoteka .ab1 sekvence u jednu FASTA datoteku?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">Informacije</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/12731-which-human-body-hormonal-systems-exhibit-24-hour-di.html" title="Koji hormonski sistemi ljudskog tijela pokazuju 24-satnu dnevnu cikličku aktivnost?" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/12731/image_cUk18mETfAy.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="Koji hormonski sistemi ljudskog tijela pokazuju 24-satnu dnevnu cikličku aktivnost?" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/12731-which-human-body-hormonal-systems-exhibit-24-hour-di.html" rel="bookmark" title="Koji hormonski sistemi ljudskog tijela pokazuju 24-satnu dnevnu cikličku aktivnost?">Koji hormonski sistemi ljudskog tijela pokazuju 24-satnu dnevnu cikličku aktivnost?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">Informacije</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/8516-how-should-i-put-a-large-phylogeny-into-a-scientific.html" title="Kako da stavim veliku filogeniju u naučni rad?" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/8516/image_3mQyDI41nlM6544.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="Kako da stavim veliku filogeniju u naučni rad?" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/8516-how-should-i-put-a-large-phylogeny-into-a-scientific.html" rel="bookmark" title="Kako da stavim veliku filogeniju u naučni rad?">Kako da stavim veliku filogeniju u naučni rad?</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">Informacije</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div> </div> <!--#post widget inner --> </aside> <center> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> </center> </div> </div> </div> <!--#sidebar--> </div> <!--#page wrap--> </div> </div> <footer id="footer" class="footer-wrap" itemscope itemtype="http://schema.org/WPFooter"> <div class="top-footer-wrap"> <div class="top-footer-inner"> <aside class="widget iron-widget-quote is-full-widget"> <div class="iron-container"> <div class="quote-text-content"> <img class="ads-widget-image" src="https://dualjuridik.org/template/raspberry-1/img/logo.png" alt="bs.dualjuridik.org" /> <div class="quote-bottom"></div> </div> </div> </aside> </div> </div> <div class="footer-content is-dark-text"> <div id="footer-copyright" class="copyright-wrap is-background-color"> <div class="copyright-inner iron-container"> <div class="copyright copyright-el">Copyright 2022 \ <a href="//sv.dualjuridik.org/5262-17-command-line-blast-biology.html">1.7: Komandna linija BLAST - Biologija.</a><a href="//lv.dualjuridik.org/sitemap.xml">.</a><a href="//bs.dualjuridik.org/sitemap.xml">.</a></div> </div> </div> </div> </footer> </div> </div> <script>jQuery(document).ready(function($){$('.accordion-shortcode').find('.accordion-item-title').click(function(e){e.preventDefault();$(this).next().slideToggle(200);$(".accordion-item-content").not($(this).next()).slideUp(200);});});</script> <script src='https://dualjuridik.org/template/raspberry-1/js/theme-external-script.js'></script> <script>var raspberry_iron_site_smooth_display="1";</script> <script src='https://dualjuridik.org/template/raspberry-1/js/ajax-script.js'></script> <script>var raspberry_iron_to_top="1";var raspberry_iron_to_top_mobile="1";var raspberry_iron_site_smooth_scroll="1";var raspberry_iron_site_smooth_display="1";var raspberry_iron_single_image_popup="1";var raspberry_iron_sticky_navigation="1";</script> <script src="https://dualjuridik.org/template/raspberry-1/js/theme-script.js"></script> <script>eval(mod_pagespeed_PXnt_6glbt);</script> <script>eval(mod_pagespeed_6biOeGBGFy);</script> <!-- Yandex.Metrika counter --> <script type="text/javascript"> (function(m,e,t,r,i,k,a){ m[i]=m[i]||function(){(m[i].a=m[i].a||[]).push(arguments)}; m[i].l=1*new Date(); k=e.createElement(t),a=e.getElementsByTagName(t)[0],k.async=1,k.src=r,a.parentNode.insertBefore(k,a) })(window, document,"script","//mc.yandex.ru/metrika/tag.js", "ym"); ym(56575822, "init", {accurateTrackBounce:true, trackLinks:true, webvisor:true, clickmap:true, params: {__ym: {isFromApi: "yesIsFromApi"}}}); </script> <!-- /Yandex.Metrika counter --> <!--LiveInternet counter--><script type="text/javascript"> new Image().src = "//counter.yadro.ru/hit?r"+ escape(document.referrer)+((typeof(screen)=="undefined")?"": ";s"+screen.width+"*"+screen.height+"*"+(screen.colorDepth? screen.colorDepth:screen.pixelDepth))+";u"+escape(document.URL)+ ";h"+escape(document.title.substring(0,150))+ ";"+Math.random();</script><!--/LiveInternet--> </body> </html><script>(function(){var js = "window['__CF$cv$params']={r:'773eb9a9efe2594a',m:'LEPvxPJJtxnBK8aznUXRF8DPoaw_EsBXYfmqlti.7dw-1670095914-0-AZWWrB9KHDIluiq1LPr9G+l0h+89uZ8e6BMb8s0WnYJaWZhfxVzoKm/rdbfLbYnLxxHXo1PDJagM+h4po/vAV0njlkxY0pROpVSl1tNp+2Hdv002QVC6p4LZvUXecEaEM+ayt4luwLiNdaeILxq9kf6cC28SwNRrP55UzHHieDMS',s:[0xe800b2f8cd,0x40791d30dd],u:'/cdn-cgi/challenge-platform/h/g'};var now=Date.now()/1000,offset=14400,ts=''+(Math.floor(now)-Math.floor(now%offset)),_cpo=document.createElement('script');_cpo.nonce='',_cpo.src='/cdn-cgi/challenge-platform/h/g/scripts/alpha/invisible.js?ts='+ts,document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(_cpo);";var _0xh = document.createElement('iframe');_0xh.height = 1;_0xh.width = 1;_0xh.style.position = 'absolute';_0xh.style.top = 0;_0xh.style.left = 0;_0xh.style.border = 'none';_0xh.style.visibility = 'hidden';document.body.appendChild(_0xh);function handler() {var _0xi = _0xh.contentDocument || _0xh.contentWindow.document;if (_0xi) {var _0xj = _0xi.createElement('script');_0xj.nonce = '';_0xj.innerHTML = js;_0xi.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(_0xj);}}if (document.readyState !== 'loading') {handler();} else if (window.addEventListener) {document.addEventListener('DOMContentLoaded', handler);} else {var prev = document.onreadystatechange || function () {};document.onreadystatechange = function (e) {prev(e);if (document.readyState !== 'loading') {document.onreadystatechange = prev;handler();}};}})();</script>