Informacije

Da li je hidroksiprolin aminokiselina? (Klasifikacijsko pitanje)

Da li je hidroksiprolin aminokiselina? (Klasifikacijsko pitanje)


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Tako da znam da se hidroksiprolin stvara iz prolina hidroksilacijom kao posttranslacijska modifikacija. Takođe znam da se prolin smatra aminokiselinom. Međutim, kada ga jednom hidroksilizirate, napravili ste kovalentnu modifikaciju originalne aminokiseline. Može li se hidroksiprolin ispravno smatrati aminokiselinom? Ili je to jednostavno derivat aminokiseline, a NE aminokiselina?

Ili, općenitije pitanje - koliko možete promijeniti aminokiselinu i dalje je nazvati aminokiselinom?


Drugi komentator je tačno odgovorio da je prolin iminokiselina, a ne aminokiselina. Ali u biohemiji se naziva aminokiselina jer u osnovi djeluje kao svaka druga aminokiselina u bilo kojem polipeptidu.

koliko možete promijeniti aminokiselinu i dalje je nazivati ​​aminokiselinom?

pogledajte:

Kao što vidite, postoje neke čudne modifikacije aminokiselina u biologiji. Baš kao i prolin/hidroksiprolin, svaka aminokiselina može se vrlo dobro modificirati i koristiti u proteinogenezi ili ne-proteinogenezi. Svaka modifikacija aminokiseline je dozvoljena i ona će se i dalje smatrati aminokiselinom, čak i ako ne čini protein. Jedini delovi koji se ne mogu menjati su COO- i NH3+ grupe, očigledno, jer oni daju ime molekulu: "amino" znači da ima NH grupu, a "kiselina" znači da ima COO- grupu.


Klasifikacija aminokiselina i njene osnove

U ovom članku dodajemo detalje o klasifikaciji aminokiselina.

Aminokiseline su građevni blokovi molekularne strukture važne i složene klase spojeva poznatog kao proteini.

Proteini hidrolizom daju mješavine komponentnih aminokiselina.

Stoga, da bismo razumjeli strukturu i hemiju proteina, prvo moramo pristupiti proučavanju aminokiselina.


Klasifikacija

Pored amino i karboksilnih grupa, aminokiseline imaju bočni lanac ili R grupu vezanu za &alfa-ugljik. Svaka aminokiselina ima jedinstvene karakteristike koje proizlaze iz veličine, oblika, rastvorljivosti i jonizacionih svojstava njene R grupe. Kao rezultat toga, bočni lanci aminokiselina imaju dubok utjecaj na strukturu i biološku aktivnost proteina. Iako se aminokiseline mogu klasificirati na različite načine, jedan uobičajeni pristup je klasificirati ih prema tome da li je funkcionalna grupa na bočnom lancu pri neutralnom pH nepolarna, polarna ali nenabijena, negativno nabijena ili pozitivno nabijena. Strukture i nazivi 20 aminokiselina, njihove jednoslovne i troslovne skraćenice i neke od njihovih karakterističnih karakteristika date su u tabeli (PageIndex<1>).

Tabela (PageIndex<1>): Uobičajene aminokiseline koje se nalaze u proteinima
Uobičajeno ime Skraćenica Strukturna formula (pri pH 6) Molarna masa Distinctive Feature
Aminokiseline sa nepolarnom R grupom
glicin gly (G) 75 jedina aminokiselina kojoj nedostaje hiralni ugljik
alanin ala (A) 89 &mdash
valine val (V) 117 aminokiselina razgranatog lanca
leucin leu (L) 131 aminokiselina razgranatog lanca
izoleucin ile (ja) 131 esencijalna aminokiselina jer većina životinja ne može sintetizirati aminokiseline razgranatog lanca
fenilalanin phe (F) 165 takođe klasifikovana kao aromatična aminokiselina
triptofan trp (W) 204 takođe klasifikovana kao aromatična aminokiselina
metionin sreo (M) 149 bočni lanac funkcioniše kao donator metil grupe
proline profesionalac (P) 115 sadrži sekundarnu aminsku grupu koja se naziva an &alfa-imino kiselina
Aminokiseline sa polarnom, ali neutralnom R grupom
serine ser (S) 105 nalazi se na aktivnom mjestu mnogih enzima
treonin tr (T) 119 nazvan po sličnosti sa šećernom treozom
cistein cys (C) 121 oksidacija dva molekula cisteina daje prinos cistin
tirozin tyr (Y) 181 takođe klasifikovana kao aromatična aminokiselina
asparagin asn (N) 132 amid asparaginske kiseline
glutamin gln (Q) 146 amid glutaminske kiseline
Aminokiseline s negativno nabijenom R grupom
asparaginska kiselina aspid (D) 132 karboksilne grupe se jonizuju pri fiziološkom pH, takođe poznatom kao aspartat
glutaminska kiselina ljepilo) 146 karboksilne grupe se jonizuju pri fiziološkom pH, takođe poznatom kao glutamat
Aminokiseline s pozitivno nabijenom R grupom
histidin njegov (H) 155 jedina aminokiselina čija R grupa ima pKa (6.0) blizu fiziološkog pH
lizin lys (K) 147 &mdash
arginin arg (R) 175 skoro jednako jaka baza kao natrijum hidroksid

Prva izolovana aminokiselina bio je asparagin 1806. Dobiven je iz proteina koji se nalazi u soku od šparoga (otuda i naziv). Glicin, glavna aminokiselina koja se nalazi u želatinu, dobila je ime po svom slatkom ukusu (grč. glykys, što znači &ldquosweet&rdquo). U nekim slučajevima aminokiselina koja se nalazi u proteinu je zapravo derivat jedne od 20 uobičajenih aminokiselina (jedan takav derivat je hidroksiprolin). Do modifikacije dolazi poslije aminokiselina je sastavljena u protein.


NET Model Life Science Model Question Paper 2015: Biologija MCQ-8: Biokemija: Amino kiseline: Dio 4

1). Koja grupa potpuno protoniranog glicina (NH3+ – CH2 – COOH) prva oslobađa ‘proton’ kada se titrira protiv – OH- jona?
a. Karboksilna grupa
b. Amino grupa
c. I jedno i drugo u isto vreme
d. Ne može se predvidjeti

2). pKa je mjera grupe do __________ protona.
a. Uzeti
b. Pustiti
c. Kombinujte
d. Konzumirajte

3). Koja od sljedećih aminokiselina nosi gvanidinsku grupu u bočnom lancu?
a. Lysine
b. Arginin
c. Histidin
d. Proline

4). Prekursor sinteze glicina u mikrobima i biljkama je_______.
a. Serine
b. Leucin
c. Valine
d. Ništa od navedenog

5). Jednoslovni kod selenocisteina je _____.

6). Koje od sljedećih aminokiselina imaju imino grupu u bočnom lancu?
a. Proline
b. Asparagin
c. Glutamat
d. Histidin

7). 4-hidroksi prolin (derivat prolina) je u izobilju prisutan u _______.
a. Keratin
b. Mioglobin
c. Hemoglobin
d. Kolagen

Biologija MCQ-8: Pitanja sa višestrukim izborom za biologiju/nauku o životu (MCQ)/model pitanja sa odgovorima i objašnjenjima u biohemiji: aminokiseline, dio 4 za pripremu CSIR JRF NET ispita iz nauke o životu, kao i za druge takmičarske ispite iz prirodnih nauka/bioloških nauka, kao što su kao ICMR JRF Entrance, DBT JRF, GATE Life Science, GATE Biotechnology, ICAR, Univerzitetski PG prijemni ispit, JAM, GRE, medicinski prijemni ispit itd. Ovaj skup praktičnih pitanja za JRF/NET Life Science će vam pomoći da izgradite samopouzdanje s kojim se suočite pravi pregled. Veliki broj pitanja u našoj praksi MCQ je preuzet iz prethodnih NET radova sa pitanjima o životnoj znanosti. Molimo iskoristite naše NET beleške sa predavanja, PPT, pitanja za prethodnu godinu i lažne testove za pripremu. Ovaj NET materijal za učenje možete besplatno preuzeti sa našeg Slideshare naloga (link dat ispod).

8). Dezmozin je složeni derivat od pet ____________ ostataka.
a. Lysine
b. Arginin
c. Histidin
d. Metionin

9). Izoelektrični pH je označen kao______.
a. pKa
b. pI
c. Pi
d. Ništa od navedenog

10). Koja od sljedećih aminokiselina se biosintetizira iz riboze 5-fosfata?
a. Histidin
b. Serine
c. Glycine
d. Sve ovo

11). Biosintetizovana aminokiselina iz piruvata glikolize je _____.
a. Alanin
b. Valine
c. Leucin
d. Sve ovo

12). Aromatične aminokiseline (fenilalain, tirozin i triptofan) su izvedene iz fosfoenol piruvata i __________.
a. Riboza 5-fosfat
b. Eritroza 4-fosfat
c. oksaloacetat
d. α-ketoglutarat

13). Izoleucin je izveden iz ___________.

a. Metionin
b. Treonin
c. Lysine
d. Leucin

14). Protein za zgrušavanje krvi trombin obično sadrži koju od sljedećih modificiranih aminokiselina?

a. 4-hidroksi prolin
b. 5-hidroksi lizin
c. 6-N-metil lizin
d. γ-karboksi glutamat

15). Cistein nije esencijalna aminokiselina za ljude, jer imamo mašineriju za sintetizaciju cisteina iz druge dvije aminokiseline, naime _______ i serina.

a. Metionin
b. Selenocistein
c. Citrulin
d. Hidroksiprolin

16). Što od sljedećeg sadrži disulfidni most?

a. Cistein
b. Cystine
c. Metionin
d. Ništa od navedenog
e. Sve ovo

17). Koji od sljedećih proteina sadrži modificiranu aminokiselinu – dezmozin?

a. Keratin
b. Želatin
c. Elastin
d. Kolagen

180. Tokom biosinteze, metionin i treonin su izvedeni iz zajedničkog intermedijera:

a. Chorismate
b. Citrulin
c. Homoserine
d. Cystatione

19). 6-N-metil lizin je derivat lizina, prisutan u __________.

a. Keratin
b. Kolagen
c. Myosin
d. Mioglobin

20). Zajednička međutačka grananja u sintezi svih aromatičnih aminokiselina kao što su triptofan, fenilalanin i tirozin je _____.

a. Homoserin
b. Chorismate
c. Cystatione
d. Ništa od navedenog

21). Sarkozin, sveprisutna neprotenacijska aminokiselina u životinjama i biljkama je ____.

a. N-metilglicin
b. N-metilvalin
c. N-metilserin
d. N-metilmetionin

Odgovori i objašnjenja:

1. Ans. (a). Karboksilna grupa

Prva COOH grupa će otpustiti H+ ione i ona će se kombinovati sa OH- jonima i formirati vodu. Tek nakon potpune jonizacije svih COOH grupa, NH3 + oslobađa H + jone.

2. Ans. (b). Pustiti

pKa je negativni logaritam od Ka. Ka je konstanta disocijacije reakcije jonizacije kao što je jonizacija sirćetne kiseline. Ka je slična konstanti ravnoteže bilo koje kemijske reakcije i izračunava se dijeljenjem koncentracije proizvoda podijeljenom koncentracijom njegovih reaktanata. Ka označava snagu kiseline. Jake kiseline će imati veću vrijednost Ka, dok će slabija kiselina imati nižu vrijednost Ka. Što je jača tendencija disocijacije protona, to je kiselina jača i njen pKa niži (Budući da je pKa negativan logaritam Ka tj., recipročno od ka).

3. Ans. (b). Arginin

4. Ans. (a). Serine

6. Ans. (a). Proline

7. Ans. (d). Kolagen

8. Ans. (a). Lysine

10. Ans. (a). Histidin

11. Ans. (d). Sve ovo

12. Ans. (b). Eritroza 4-fosfat

13. Ans. (b). Treonin

14. Ans. (d) γ-karboksi glutamat

15. Ans. (a). Metionin

Metionin daje sumpor

Serini predstavljaju okosnicu cisteina

16. Ans. (b). Cystine

17. Ans. (c). Elastin

18. Ans. (c). Homoserin

19. Ans. (c). Myosin

20. Ans. (b). Chorismate

21. Ans. (a). N-metilglicin

Ključ odgovora je pripremljen uz naše najbolje znanje.
Slobodno obavijestite Admin ako nađete grešku u ključu za odgovor..


Klasifikacije aminokiselina

Stručnjaci klasifikuju aminokiseline na osnovu različitih karakteristika, uključujući i to da li ih ljudi mogu dobiti putem ishrane. Shodno tome, naučnici prepoznaju tri tipa aminokiselina:
1. Nebitno
2. Essential
3. Uslovno bitno

Međutim, klasifikacija kao esencijalne ili neesencijalne zapravo ne odražava njihovu važnost jer je svih 20 aminokiselina neophodnih za ljudsko zdravlje.

Osam od ovih aminokiselina su esencijalne (ili neophodne) i tijelo ih ne može proizvesti. Oni su:
&bull Leucine
&bull Isoleucine
&bull Lysine
&bik Treonin
&bull Metionin
&bull Phenylalanine
&bull Valine
&bik Triptofan

Histidin je aminokiselina koja je kategorizirana kao poluesencijalna jer ljudskom tijelu nije uvijek potrebna za pravilno funkcioniranje, stoga njeni izvori u ishrani nisu uvijek neophodni. U međuvremenu, uslovno esencijalne aminokiseline obično nisu potrebne u ljudskoj prehrani, ali postaju esencijalne pod određenim okolnostima.

Konačno, neesencijalne aminokiseline ljudsko tijelo proizvodi ili iz esencijalnih aminokiselina ili iz normalnog razgradnje proteina. Neesencijalne aminokiseline uključuju:
&bull Asparagin
&bull Alanine
&bull arginin
&bull Asparaginska kiselina
&bull Cysteine
&bull Glutaminska kiselina
&bull Glutamine
&bull Proline
&bull Glycine
&bull tirozin
&bull Serine

An dodatna klasifikacija aminokiselina zavisi od strukture bočnog lanca, a stručnjaci prepoznaju ovih pet kao:
&bull Cistein i Metionin (aminokiseline koje sadrže sumpor)
&bull asparagin, serin, treonin i glutamin (neutralne aminokiseline)
&bull Glutaminska kiselina i asparaginska kiselina (kisela) i arginin i lizin (bazna)
&bull leucin, izoleucin, glicin, valin i alanin (alifatske aminokiseline)
&bull fenilalanin, triptofan, tirozin i histidin (aromatične aminokiseline)

Jedan konačna klasifikacija aminokiselina je kategoriziran prema strukturi bočnog lanca koja dijeli listu od 20 aminokiselina u četiri grupe - od kojih su dvije glavne grupe i dvije podgrupe. Oni su:
1. Nepolarni
2. Polar
3. Kiseli i polarni
4. Osnovni i polarni

Na primjer, bočni lanci koji imaju čiste ugljikovodične alkilne ili aromatične grupe smatraju se nepolarnim, a ove aminokiseline se sastoje od fenilalanina, glicina, valina, leucina, alanina, izoleucina, prolina, metionina i triptofana. U međuvremenu, ako bočni lanac sadrži različite polarne grupe poput amida, kiselina i alkohola, oni se klasificiraju kao polarni. Sadrži tirozin, serin, asparagin, treonin, glutamin i cistein. Ako bočni lanac sadrži karboksilnu kiselinu, aminokiseline u kiselo-polarnoj klasifikaciji su asparaginska kiselina i glutaminska kiselina. Nadalje, ako se bočni lanac sastoji od karboksilne kiseline i bazično-polarne, ove aminokiseline su lizin, arginin i histidin.


Diskusija

Bioinformatički pristup za identifikaciju HRGP-a

Kako se završava više projekata sekvenciranja biljnog genoma, stvaraju se ogromne količine bioloških podataka. Bioinformatika, a posebno program BIO OHIO 2.0, koji je nedavno revidiran i poboljšan kako bi se obezbijedio brži, pouzdaniji i efikasniji metod za identifikaciju proteina sa pristrasnim sastavom aminokiselina i poznatim repetitivnim motivima [16, 22]. Na primjer, program BIO OHIO/Prot-Class može pretraživati ​​preko 73.000 proteina u bazi podataka topola proteoma i identificirati one koji sadrže najmanje 50% PROŠLOSTI u jednoj minuti. Koristeći različite kriterije pretraživanja, predvidjeli smo 271 HRGP u topoli, uključujući 162 AGP, 60 EXT i 49 PRP.

Iako su HRGP-ovi identificirani prvenstveno kroz traženje pristranih aminokiselinskih sastava i ponavljajućih motiva, postoji mogućnost da se drugi HRGP-ovi mogu naći u genomu topole. Ne zadovoljavaju svi AGP prag od 50 % PAST, na primjer, jedan klasični AGP, PtAGP51C, sadrži samo 49 % PAST. Slični problemi postoje za identifikaciju himernih AGP-ova. Budući da ovi proteini mogu sadržavati samo malu AGP regiju unutar mnogo veće sekvence, vjerovatno će sadržavati manje od 50% PAST-a. Ostaje mogućnost da postoje i druge klase himernih AGP-ova ili pojedinačnih proteina koji sadrže regije slične AGP-u i da nisu identificirane parametrima pretraživanja korištenim u ovoj studiji. Sličan problem može postojati za AG peptide koji padaju ispod granice od 35 % PAST ili za PRP koji padaju ispod 45 % PVKCYT.

Jedno od mogućih rješenja je jednostavno snižavanje pragova i nastavak pretraživanja, ali broj lažnih pozitivnih rezultata značajno raste kako se pragovi snižavaju, što takve pretrage čini manje izvodljivim. Na primjer, snižavanje praga za pretragu AG peptida na 30% bi identificiralo 877 proteina u poređenju sa 194 identificiranih s pragom od 35%.

U takvom scenariju, BLAST pruža alternativno sredstvo za pronalaženje dodatnih proteina kandidata. Kada koristite identifikovane proteine ​​kao upite, BLAST je efikasan u pronalaženju nekoliko srodnih članova porodice. Na primjer, kada koristi identificirane FLA-ove kao upite, BLAST može pronaći dodatne FLA-ove koji ne ispunjavaju kriterije programa BIO OHIO 2.0. Međutim, nije posebno efikasan u pronalaženju drugih članova HRGP superfamilije i stoga se ne može koristiti na sveobuhvatan način.

Zaista, bioinformatička pretraga koja identifikuje HRGP-ove, posebno himerične HRGP-ove, a da pritom ne identifikuje veoma veliki broj lažnih pozitivnih rezultata, ostaje teška. Ipak, parametri pretraživanja i BLAST pretrage korišteni ovdje pružaju efikasno sredstvo za identifikaciju HRGP-ova i njihovo razlikovanje od ograničenog broja lažno pozitivnih sekvenci. Naravno, buduća molekularna i biohemijska analiza HRGP-a predviđena ovom studijom biće neophodna da bi se ova predviđanja potpunije potvrdila i razjasnile njihove biološke funkcije. Tek kada se takav posao završi, biće moguće konačno razlikovati HRGP od lažno pozitivnih sekvenci.

HRGP postoje kao spektar proteina

Iako su HRGP podijeljeni na AGP, EXT i PRP, razlika između ovih kategorija nije uvijek jasna, budući da se čini da mnogi HRGP postoje kao članovi spektra proteina, a ne kao različite kategorije. Zaista, nekoliko HRGP identificiranih ovdje, kao i neki prethodno identificirani u Arabidopsisu, imaju karakteristike više porodica i mogu se smatrati hibridnim HRGP-ovima. Na primjer, mnogi PRP-ovi identificirani ovdje, posebno neki himerni PRP-ovi, također sadrže dipeptidne ponavljanja koja su karakteristična za AGP-ove. Kao takve, teško je odrediti treba li ih smatrati AGP-ovima, PRP-ovima ili ih klasificirati kao hibridne HRGP. Utvrđivanje da li su to zapravo AGP ili PRP zavisilo bi od toga da li su ostaci prolina hidroksilirani i potom glikozilirani sa arabinogalaktanskim polisaharidima, koji su karakteristični za AGP. Slično, PtEXT4 takođe sadrži veliki broj karakterističnih AGP ponavljanja (Dodatna datoteka 2: Slika S2). Osim toga, BLAST pretrage su otkrile da je sličan u sekvenci AtAGP51. S obzirom da sadrži mnogo SPPP i SPPPP ponavljanja, klasifikovan je kao EXT. Međutim, postoji mogućnost da se ovaj protein također glikozilira dodatkom AG polisaharida, u kom slučaju bi se potencijalno mogao grupisati kao hibridni HRGP. Drugi primjer je nova klasa identificirana ovdje kao PR peptidi (Tabela 4). Iako su ovdje grupirane kao PRP, ove kratke sekvence (tj. PtPRP16-31 i PtPRP37) također sadrže SPPP sekvencu karakterističnu za EXT, kao i dipeptidne ponavljanja karakteristične za AGP, posebno AP, PA i VP (Dodatna datoteka 4: Slika S4).

Druge poteškoće nastaju kada se uzmu u obzir himerni HRGP. Na primjer, plastocijanini se kreću od onih koji sadrže većinu AGP ponavljanja i lako prolaze 50% PAST test do onih koji sadrže samo nekoliko AP, PA, SP, VP i GP ponavljanja do onih koji ne sadrže karakteristična AGP ponavljanja. Teško je odrediti tačnu granicu između proteina koji se smatraju himernim AGP-ovima i onih koji su jednostavno plastocijaninski proteini. Ponovo bi bile potrebne biohemijske studije da se ispita koji su proteini zapravo glikozilirani da bi se donela konačna odluka za klasifikaciju. Međutim, svi ti proteini koji su ovdje označeni kao PAG-ovi imaju barem nekoliko karakterističnih AGP ponavljanja, sadrže signalni peptid, a većina ima predviđene sekvence dodavanja sidrišta GPI membrane, što je sve u skladu s himernom AGP oznakom (Dodatna datoteka 1: Slika S1 ).

Slična situacija postoji i za himerične EXT-ove, kao što su PERK i LRX. Koliko je SPPP ili SPPPP ponavljanja potrebno da bi se protein smatrao LRX, a ne samo leucinom bogatim ponavljanjem (LRR)? Ovdje je granica proizvoljno postavljena na najmanje dva ponavljanja. Kao takvi, mogu postojati LRR proteini koji sadrže jedan SPPP koji se ovdje ne smatraju LRX. Drugi primjer koji ilustruje ovu poteškoću u klasifikaciji tiče se četiri proteina (PtAGP70I, PtAGP71I, PtAGP72I i PtAGP73I) koji su slični AtPRP13 na osnovu BLAST pretraga. Međutim, ova četiri proteina također sadrže brojne SP i AP ponavljanja koja bi bila karakterističnija za AGP. Kako tačno proteine ​​poput ovih treba klasifikovati je svakako diskutabilno. Zaista je ljudska priroda da grupiše i klasifikuje predmete kako bi se olakšalo razumijevanje, dok Majka Priroda djeluje bez obzira na to.

Poređenja sa prethodno identifikovanim HRGP-ovima topola

Ovo istraživanje identificiralo je 271 HRGP topole (162 AGP, 60 EXT i 49 PRP) za razliku od 24 HRGP (3 AGP, 10 EXT i 11 PRP) koje su identificirali Newman i Cooper [18]. Stroži kriteriji pretraživanja tandemskih ponavljanja bogatih prolinom i manje sveobuhvatna baza podataka o proteomima topola zasnovana na EST i NCBI neredundantnim proteinskim sekvencama od 10.04.2009. vjerovatno predstavljaju manji broj HRGP topola identificiranih u ovoj ranijoj studiji. Osim toga, homolozi 15 FLA AGP-a o kojima su objavili Lafarguette et al. [20] u a Populus tremula × P. alba hibrid u vezi sa Populus trichocarpa takođe su identifikovani pored 35 drugih FLA. Dakle, ova studija predstavlja najsveobuhvatniju i najdetaljniju sliku inventara HRGP topola do sada.

Poređenja sa Arabidopsisom

Nalazi ovdje omogućavaju poređenje HRGP-a identificiranih u Arabidopsisu sa onima u topoli (Tabela 5). Za AGP, klasični AGP identificirani u topoli pokazali su sličan broj kao kod Arabidopsis. Konkretno, 27 klasičnih AGP, uključujući šest AGP bogatih lizinom, identificirano je u topoli, dok je 25 klasičnih AGP uključujući tri AGP bogata lizinom identificirano u Arabidopsisu. Među ostalim AGP-ovima, posebno je uočljiv veliki porast broja FLA, PAG-a i AG peptida u topoli u odnosu na Arabidopsis. Dok je 21 FLAs, 17 PAGs i 16 AG peptida identificirano u Arabidopsisu, 50 FLAs, 39 PAGs i 35 AG peptida je identificirano ovdje u topoli. Također je primjetno povećanje broja drugih himernih AGP-ova u topoli u odnosu na Arabidopsis. Ovdje je 11 drugih himernih AGP identificirano u topoli, dok je samo 6 pronađeno u Arabidopsisu.

Među EXT-ovima, klasični EXT-ovi s velikim brojem ponavljanja SPPPP-a značajno su smanjeni kod topole, dok sličan broj himernih EXT-ova postoji u obje vrste. Smanjenje broja klasičnih EXT-ova u topoli je dramatično i vjerovatno ukazuje da su mnogi EXT geni ili EXT funkcije neophodni u topoli, te stoga nisu sačuvani u evoluciji. Sličan gubitak EXT-a je također uočen u analizi određenih vrsta monokota [neobjavljeni podaci,18]. Štaviše, daleko manje topolovih EXT-ova sadrži pretpostavljene umrežene YXY sekvence u odnosu na Arabidopsis, a to se u velikoj mjeri može objasniti smanjenim brojem klasičnih EXT sekvenci, koje tipično sadrže takve sekvence unakrsnog povezivanja. Različiti himerni EXT-ovi, naime LRXs/PEXs, PERKs i FHs, konzervirani su u obje vrste. Iako FH nisu prijavljeni u Showalter et al. [16], preispitivanje proteoma Arabidopsis pokazuje 6 FH sekvenci (AtFH1-At3g2550, AtFH5-At5g54650, AtFH8-At1g70140, AtFH13-At5g58160, AtFH16-At5g58160, AtFH16-At5g58160, AtFH16-At7F0g više od dva, AtFH16-A7F0g ili više sekvenci AtFH16-A7F0g. Ovih 6 formina uključeno je u tablicu 5 i predstavlja podskup od 21 prijavljene formine u Arabidopsis [35]. Slično himernim EXT-ovima, kratki EXT-ovi su također sačuvani u Arabidopsisu i topoli. Kratki EXT-ovi su posebno zanimljiva klasa jer nije poznato da EXT-ovi imaju GPI membranska sidra, što je karakteristika koja se obično nalazi u mnogim AGP-ovima i povezana s proteinima koji se nalaze u lipidnim splavovima [36]. Otkriće da je nekoliko ovih kratkih EXT-ova kodira predviđenu sekvencu GPI sidra sačuvano u topoli i Arabidopsisu svakako postavlja pitanje kakvu ulogu ovi proteini igraju u biljci. Trenutno ne postoje publikacije koje potvrđuju njihovo biohemijsko postojanje ili ispituju njihove uloge, ali ova klasa se ističe po tome što ima interesantne kandidate za dalja istraživanja, posebno u pogledu potvrđivanja njihove lokalizacije na plazma membrani, hidroksilacije i glikozilacije.

PRP-ovi su slični u obje vrste sa izuzetkom PR-peptida, koji su mnogo proširena klasa kod topole u poređenju sa Arabidopsisom, za koju je sada poznato da ima samo jedan PR-peptid nakon ponovnog ispitivanja koje je potaknula ova studija. Svi PR-peptidi u topoli su slični po sekvenci, a većina ih sadrži LPPLP ponavljanja i imaju jedan SPPP ponavljanje na C kraju, iako su neki sadržavali PELPK ponavljanja. Pored toga, većina ovih PR-peptida je slična AtPRP9 i AtPRP10 na osnovu BLAST analize, oba ova proteina Arabidopsis sadrže i PELPK ponavljanja. Zaista, AtPRP9 je prilično kratak i sličan po sekvenci PR peptidima pronađenim u topoli, ali mu nedostaje C terminal SPPP ponavljanje. Međutim, ovo je jedini takav protein pronađen u Arabidopsisu, dok ih je 30 uočeno u topoli. AtPRP10 sadrži određenu sličnost u sekvenci, ali je mnogo duži od PR-peptida topole. Zaista, veliki broj PR-peptida koji sadrže LPPLP i PELPK u topoli grupisanih na dvije hromozomske lokacije ukazuje na to da su ove dvije genske podfamilije vjerovatno rezultat tandemskih događaja duplikacije gena, analogno jedinstvenom, grupisanom skupu PRP gena koji sadrže PEHK u porodici grožđa [18].

Iako većina podfamilija HRGP postoji u inventaru Arabidopsis i topole, postoje određene razlike specifične za vrstu, što se ogleda u razlici u broju određenih grupa i ukupnom broju HRGP (271 kod topole naspram 168 kod Arabidopsis) . Zašto su određene klase HRGP povećane ili smanjene u obilju kod određene vrste, ostaje da se utvrdi, ali ovi rezultati postavljaju temelje za buduće eksperimente u ovoj oblasti.

Analiza oslobađanja i ekspresije genoma 2.0 HRGP topole

Studija je otkrila da se izdanje genoma topole 3.0 prilično razlikuje od izdanja 2.0 u smislu HRGP-a. Samo 33% HRGP-ova identifikovanih u 3.0 je isto kao i kod 2.0, drugi se mogu razlikovati od nekoliko aminokiselina u nizu do različite početne i/ili stop pozicije. Za nekoliko takvih slučajeva, zelena oznaka označavala je vjerovatnu signalnu sekvencu postavljenu interno, bilo zato što su ove signalne sekvence bile na N kraju u izdanju 2.0 ili bi trebale biti na N kraju na osnovu analize sekvenci u ovoj studiji.

Pored toga, podaci o ekspresiji HRGP specifični za tkivo/organ su dobijeni iz pretraživača topola eFP. Međutim, ova baza podataka ne sadrži sve HRGP podatke i prihvaća samo ID-ove upita u formatu genoma topole verzije 2.0. Sudeći prema dostupnim informacijama, moglo bi se primijetiti da HRGP općenito imaju visoku ekspresiju u sadnicama, listovima i reproduktivnim tkivima (tablice 2, 3 i 4). Konkretno, određeni broj FLA je specifično eksprimiran u ksilemu, dok je za neke PAG utvrđeno da su visoko eksprimirani u muškim mačkama. Mnogi PRP-ovi imaju visoku ekspresiju u sadnicama i listovima. Zanimljivo je da je nekoliko LRX jedinstveno izraženo u muškim mačkama. Ovaj nalaz je u skladu s prethodnim istraživanjima na Arabidopsisu i riži da je grupa LRX specifičnih za polen LRX, ili PEX [37].

Pfam analiza HRGP topola

Svih 271 HRGP topola identificiranih u ovoj studiji je podvrgnut Pfam analizi kako bi se identificirali specifični domeni unutar njih. Pfam domeni su pronađeni u 160 od 271 proteina (59%). Preciznije, Pfam domeni su identifikovani u 105 od 162 AGP-a, 32 od 62 EXT-a i 23 od 49 PRP-a. Konkretno, Pfam analiza je bila izvrsna u pronalaženju domena unutar himeričnih HRGP-ova, kao što su FLA, PAG, LRX, PERK i FH EXT. Nasuprot tome, takva analiza često nije uspjela pronaći domene u klasičnim AGP-ovima ili EXT-ovima, vjerovatno zbog varijabilnih sekvenci i broja ponavljanja sekvenci povezanih sa mnogim HRGP-ovima. Zanimljivo je da je pronađeno da mnogi PRP-ovi sadrže polen Ole domene i hidrofobne domene sjemena. Pfam analiza takođe ima zasluge u identifikaciji domena u himernim HRGP-ovima identifikovanim u studiji. Zaista, iako Pfam analiza sama po sebi nije dovoljna za identifikaciju HRGP-a na sveobuhvatan način, ona može dodati vrijedne informacije identificiranim HRGP-ovima, i stoga će modul Pfam analize vjerovatno biti uključen u buduće verzije programa BIO OHIO.


Šta su "Biologija" Pitanja i odgovori

Biološki proizvodi uključuju širok spektar proizvoda kao što su vakcine, krv i komponente krvi, alergeni, somatske ćelije, genska terapija, tkiva i rekombinantni terapijski proteini. Biološka sredstva mogu biti sastavljena od šećera, proteina ili nukleinskih kiselina ili složenih kombinacija ovih supstanci, ili mogu biti živa bića kao što su ćelije i tkiva. Biološka sredstva su izolirana iz različitih prirodnih izvora - ljudi, životinja ili mikroorganizama - i mogu se proizvoditi biotehnološkim metodama i drugim najsuvremenijim tehnologijama. Na primjer, biološki lijekovi zasnovani na genima i ćelijama često su na čelu biomedicinskih istraživanja i mogu se koristiti za liječenje raznih medicinskih stanja za koja nisu dostupni drugi tretmani.

Po čemu se biološki proizvodi razlikuju od konvencionalnih lijekova?

Za razliku od većine lijekova koji su kemijski sintetizirani i njihova struktura je poznata, većina bioloških lijekova su složene mješavine koje nije lako identificirati ili karakterizirati. Biološki proizvodi, uključujući i one proizvedene biotehnologijom, imaju tendenciju da budu osjetljivi na toplinu i podložni mikrobnoj kontaminaciji. Stoga je neophodno koristiti aseptičke principe od početnih koraka proizvodnje, što je također u suprotnosti s većinom konvencionalnih lijekova.

Biološki proizvodi često predstavljaju vrhunac biomedicinskih istraživanja i, s vremenom, mogu ponuditi najefikasnije sredstvo za liječenje raznih medicinskih bolesti i stanja za koje trenutno nema drugih dostupnih tretmana.


Reakcije centralnog nervnog sistema na biomaterijale

22.2.2.3 Kolagen

Kolagen je ECM protein u izobilju i njegovo prisustvo u prirodnom mikrookruženju CNS-a dovelo je do široke upotrebe i karakterizacije kolagena kao supstrata za primjenu inženjeringa nervnog tkiva. Slično, želatin, koji je hidrolizirani kolagen, također se široko koristi za CNS primjene. Transplantacija skela zasnovanih na kolagenu među vrstama može pokrenuti imunološki odgovor za prirodne biomaterijale poput kolagena. Humeralni imunitet je rijedak za kolagen tipa I, što čini kolagen I pogodnim biomaterijalom za implantaciju. Jednostavnim serološkim testom može se potvrditi da li je pacijent osjetljiv na alergijsku reakciju kao odgovor na biomaterijal baziran na kolagenu [19]. Interakcije ćelija-kolagen nastaju zbog lokusa koji postoje na skelama zasnovanim na kolagenu za adheziju ćelija i adhezivna svojstva kolagena mogu se promeniti kovalentnom modifikacijom [69-71]. Skele ili gelovi na bazi kolagena su također vrlo prilagodljivi. Povećana koncentracija kolagena, na primjer, može povećati stopu permeabilnosti ćelije, modul kompresije, broj ćelija i metaboličku aktivnost ćelije [20]. Postoje studije koje su pokazale slična fizička i mehanička svojstva skela na bazi kolagena kao i normalno nervno tkivo, sugerirajući odličan profil biokompatibilnosti koji može osigurati uspješnu popravku nervnog tkiva nakon implantacije [72,73]. Na kraju, ali ne i najmanje važno, plastična kompresija kolagena za formiranje vodova na bazi kolagena bila je vrlo korisna za PNS aplikacije, ali ova tehnika dovodi do skela koje su vjerovatno previše krute za popravak CNS-a, stoga ako se takva tehnika koristi za proizvodnju kolagene skele, mehanička svojstva moraju biti podešena u skladu s tim kako bi odgovarala karakteristikama CNS tkiva kao što su raspravljali Tsintou et al. [73] .


Psychiatry Essential Reads

Veza uma i kože

Kako bi tehnologija mogla napredovati u adolescentnoj psihijatriji

NAC je aminokiselina, nešto što je prisutno u mnogim namirnicama, ali suplementi vam daju veću dozu nego što biste dobili u svakodnevnoj ishrani. Obično se uzima u dozama od 1000 do 2000 miligrama dnevno—obično u kapsulama od 600 miligrama koje se uzimaju 2 do 3 puta dnevno, a osim blagih gastrointestinalnih nuspojava NAC se obično dobro podnosi. [Napomena: Dovoljno je reći da biste trebali razgovarati sa svojim ljekarom prije uzimanja ovog ili drugih suplemenata kako biste vidjeli da li su prikladni za vas. U svojoj psihijatrijskoj praksi, smatram da je ispitivanje NAC-a slično bilo kojem drugom ispitivanju lijeka (ili terapije): morate navesti pacijenta na adekvatnu dozu u odgovarajućem vremenskom periodu i pažljivo izmjeriti njegove učinke na ključne simptome (i pratiti nuspojave) tokom dovoljno dugog trajanja da biste mogli zaključiti da li pomaže.]

Za mene je intrigantna stvar u vezi sa NAC-om to što je od velikog interesa za istraživače neuronauke. Bilo je mnogo studija o ovom spoju, uključujući studije neuroimaginga, a istražen je u nebrojenim poremećajima - depresiji, bipolarnom poremećaju, OKP, PTSP-u, šizofreniji, ovisnosti, poremećajima u ishrani, Alchajmerovoj bolesti i ovisnosti (Berk). NAC je također uspostavio medicinsku upotrebu kao protuupalni lijek u slučajevima predoziranja acetaminofenom u prevenciji zatajenja jetre. Klinička ispitivanja su bila obećavajuća u mnogim (ali ne svim) poremećajima u kojima je proučavan (Berk). Clearly, there’s a need for more research studies, both more clinical trials in different disorders, and more basic research to see how NAC works in the brain.

Why does NAC help many people with psychiatric diagnoses? Why does it work across so many conditions? This is the intriguing thing, in my eyes. Are its benefits a result of its anti-inflammatory effects? Or some other mechanism? On a clinical level, in day-to-day work with patients, NAC seems to help with ruminations, with difficult-to-control extreme negative self-thoughts. Such thoughts are common in depression and anxiety disorders, and also in eating disorders, schizophrenia, OCD, etc. I’ve seen it help patients with such disorders when many other things, medicines or psychotherapies, have not helped much.

NAC doesn’t always work, but when it does, troubling irrational thoughts gradually decrease in intensity and frequency and often fade away. Negative thoughts (e.g., “I’m a bad person," or “Nobody likes me”) or ruminations about other people (“Will that girl like me?”) or about health issues (“Do I have AIDS?’) that can’t be quieted by reasonable evidence to the contrary, and that keep intruding on one’s awareness hour after hour, day after day despite all rational efforts to control, seem to diminish. Or, if they continue to occur, they are less distressing, and can be observed from more of a distance, with less worry or fear, and are less likely to trigger depression or other negative effects.

Which gets back to the longstanding debates between psychiatric lumpers and splitters. Do the benefits of NAC support the lumpers more than the splitters? Do they support the RDoC enthusiasts who are eagerly researching brain circuits? I think, in a way, such results do favor the lumpers. The improvement of irrational, difficult-to-control negative thoughts with NAC treatment in so many disorders makes it hard to avoid the conclusion that some common underlying circuitry is involved.

On the other hand, it’s not yet time for the splitters to go home conceding defeat. NAC doesn’t work for everyone, for one thing. But also, if the circuitry for ruminations is the same, why do some people with presumably hyperactive rumination circuits develop OCD and others develop bipolar disorder? And others yet, despite having severe ruminations, do not meet criteria for bilo koji psychiatric disorder? It’s possible that abnormal activity of particular brain circuits, starting early in life, may lead to the development of razne different disorders over time, depending on your life experiences, coping patterns, etc. But how and why do their effects differ so much from one person to the next?

To me, the debates between the lumpers and the splitters are most useful when they help move science—and treatment—forward. In this case, with the emergence of NAC as a potentially beneficial treatment for a common symptom of many disorders, the goal posts are being moved usefully down the field.

Insel T, Cuthbert B, Garvey M, Heinssen R, Pine DS, Quinn K, Sanislow C, Wang P. Research domain criteria (RDoC): toward a new classification framework for research on mental disorders..

Caspi A, Moffitt TE. All for one and one for all: Mental disorders in one dimension. American Journal of Psychiatry. 2018 Apr 6175(9):831-44

Berk M, Malhi GS, Gray LJ, Dean OM. The promise of N-acetylcysteine in neuropsychiatry. Trends in pharmacological sciences. 2013 Mar 134(3):167-77


FREE A Level Biology Classification & Evolution Multiple Choice Questions

'If you keep trying the same old things, you'll keep getting the same old results'. Imaginative teaching ideas help stimulate students and improve student retention. I don't claim to be an expert but I hope that some of my ideas will help other teachers.

Podijelite ovo

pptx, 708.95 KB

This resource is a set of multiple choice questions to help students revise A Level Biology questions on classification & evolution

Thanks for looking
Please remember to leave feedback, for updates and promotions you can also follow me here

Recenzije

Your rating is required to reflect your happiness.

It's good to leave some feedback.

Something went wrong, please try again later.

Suchecki

Well presented, uses the questions from the board. Answers not provided

Prazan odgovor nema nikakvog smisla za krajnjeg korisnika

Lornamonroe

Prazan odgovor nema nikakvog smisla za krajnjeg korisnika

Report this resourceto let us know if it violates our terms and conditions.
Our customer service team will review your report and will be in touch.

'If you keep trying the same old things, you'll keep getting the same old results'. Imaginative teaching ideas help stimulate students and improve student retention. I don't claim to be an expert but I hope that some of my ideas will help other teachers.